Forum Sceptique

PKJ a écrit :Dans les faits: on a engendré (sans aucun "dessein" précis) un E Coli qui bouffe des citrates.

Et ce n'est qu'un exemple parmi d'autres.

Julien : Non, non, non, ce n’est pas un exemple parmi d’autres mais plutôt exactement le même type d’argument tordu pour abruti fanatiquement convaincu. Comme d’habitude, la bactérie possédait déjà les enzymes nécessaires à la digestion des citrates. Sachant cela, comment qualifier le propos suivant : "Dans les faits, on a engendré (sans aucun "dessein" précis) un E Coli qui bouffe des citrates."

Vous faites quoi mercredi soir prochain ? Vous êtes libre pour venir en parler à un diner que j'organise avec des amis ?

Darwinism Demonstrated in the Lab 06/10/2008
June 10, 2008 — Lenski’s done it. The champion of Avida, a computerized evolution demo (see Evolution News) has demonstrated Darwinian evolution with real live organisms. His achievement announces his inauguration into the prestigious National Academy of Sciences.1

Lenski and team ran one of the longest-running evolution experiments ever with E. coli bacteria. After more than 30,000 generations, some of the bacteria traversed several random mutations to achieve a new function: the ability to digest citrate. This occurred without any guidance and quickly made the new variety more fit in the culture. New Scientist trumpeted this as a demonstration of a “major evolutionary shift in the lab” that has unfurled right before the researchers’ eyes.

Darwin critic Dr. Michael Behe, biochemist at Lehigh University, author of Darwin’s Black Box, seems unconvinced. He thinks, as he discusses on his Amazon blog that Lenski has only demonstrated something far less Darwinian: the Edge of Evolution. A response was also posted on Access Research Network.
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1. Zachary Blount, Christina Borland and Richard E. Lenski, “Historical contingency and the evolution of a key innovation in an experimental population of Escherichia coli,” Proceedings of the National Academy of Sciences USA, June 4, 2008, 10.1073/pnas.0803151105.

It’s a good thing Dr. Behe quickly dispelled the significance of this experiment. It saves us a lot of work having to trudge through the overhyped claims in the paper. Basically, the E. coli already had the machinery to digest citrate, but just lacked a gateway to get the nutrient inside, which was not that improbable a hurdle for a couple of mutations to permit. This accomplishment is orders of magnitude simpler than the kind of luck required to build the machinery in the first place. It’s like blindly pushing and finding a weakness in a fence. This is all the longest-running lab experiment in evolution was able to accomplish in 20 years of trying, with almost 40,000 generations. Are you impressed? If you can tell a lawyer is lying when his lips are moving, you can tell an evolutionist is lying when the reporters go wild about how Darwin has been vindicated.

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Behe :

In his new paper Lenski reports that, after 30,000 generations, one of his lines of cells has developed the ability to utilize citrate as a food source in the presence of oxygen. (E. coli in the wild can’t do that.) Now, wild E. coli already has a number of enzymes that normally use citrate and can digest it (it’s not some exotic chemical the bacterium has never seen before). However, the wild bacterium lacks an enzyme called a “citrate permease” which can transport citrate from outside the cell through the cell’s membrane into its interior. So all the bacterium needed to do to use citrate was to find a way to get it into the cell. The rest of the machinery for its metabolism was already there. As Lenski put it, “The only known barrier to aerobic growth on citrate is its inability to transport citrate under oxic conditions.” (1)

Other workers (cited by Lenski) in the past several decades have also identified mutant E. coli that could use citrate as a food source. In one instance the mutation wasn’t tracked down. (2) In another instance a protein coded by a gene called citT, which normally transports citrate in the absence of oxygen, was overexpressed. (3) The overexpressed protein allowed E. coli to grow on citrate in the presence of oxygen. It seems likely that Lenski’s mutant will turn out to be either this gene or another of the bacterium’s citrate-using genes, tweaked a bit to allow it to transport citrate in the presence of oxygen. (He hasn’t yet tracked down the mutation.)

Julien a écrit :Ah bon, je dis n'importe quoi !?

Je le pense, oui. (Je ne dis pas qu'il n'y a jamais perte de fonction, je dis qu'il n'y a pas toujours perte de fonction.) Mais je crains qu'on n'en reparlera pas parce que si vous pensez que la réponse se trouve dans votre liste, vous ne comprenez vraiment pas ce que je dis. En grande partie parce que vous simplifez les choses: votre connaissance reste superficielle ("regardez la liste, voici la liste").

Toutefois, vous qui aimez les bactéries qui mutent l'article dont il est question dans ce texte devrait normalement vous intéresser. Bien entendu, je compte sur vous pour déformer/ne pas accepter les conclusions logiques de telles études... elles appuient fortement l'évolution après tout.

Jean-François

JF : Je le pense, oui. (Je ne dis pas qu'il n'y a jamais perte de fonction, je dis qu'il n'y a pas toujours perte de fonction.)

Julien : Donc, il y a presque toujours perte d’affinité (pas perte totale de fonctions). Ensuite, il n’y a jamais de nouveau gène fonctionnel. C’est une protéine cible qui est « déformée ». C’est cela qui déjoue l’antibiotique. (note : on exclut bien entendu les cas de transfert de plasmise). C’est ça l’évolution ? Une bactérie dont le génome est identique sauf qu’une protéine est déformée, JOUE LE MÊME ROLE APRÈS MUTATION, ET EST DANS LA MAJORITÉ DES CAS MOINS EFFICACES ?

Alors, je dis n’importe quoi. Éviiiiiidemment, mais comme d’habitude, il n’y a pas l’ombre d’un fait ou d’un argument dans ton discours. Si ya qqchose qui n’évolue pas c’est bien ce bon vieux JF.

JF : Mais je crains qu'on n'en reparlera pas parce que si vous pensez que la réponse se trouve dans votre liste,

Julien : La réponse a été expliquée de long en large !!!!! La liste indique les phénotypes induisant la résistance, ce ne serait pas pertinent par hasard dans cette discussion ?? Aaaaaaaallo ?? Reste-il un tantinet de bonne foi sur ce forum ??

Donc, je te dis de relire la liste pcq tu affirmes que je dis n’importe quoi. Comme si j’avais inventé les phénotypes ! Est-ce que « loss of affinity » est un gain sur le plan biochimique ? Est-ce un nouveau gène ? Non, non et non. Fin du débat.

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JF : Toutefois, vous qui aimez les bactéries qui mutent

Julien : Et ben, je répondais à cet argument tordu au même moment, voir mon précédent message.

Une question pour tous

Après avoir constaté votre empressement à recycler l’étude de Lenski au profit de votre propagande, je me demande si vous pensez qu’une espèce de bactéries peut devenir un eucaryote unicellulaire, par exemple et avec le nb de millions d’années que vous voulez bien faire apparaître dans l’équation, SANS AUCUN GÈNE NOUVEAU ADDITIONNEL ?

Non mais ça prend vraiment une réponse claire parce qu’on ne s’entend pas du tout sur ce qu’est le débat si je considère les exemples de bactéries mutantes que vous proposez comme des grandes preuves alors qu’il s’agit de gènes back-up, de protéines dégénérées, ou de surexpression (en milieu oxygéné) d’une protéine pré-existante qui importe le citrate en absence d’oxygène.

Alors, est-ce que l'évolution donne comme résultat (éventuellement) une espèce avec un nouveau gène opérant une nouvelle fonction ?

Moi, c'est la seule chose en laquelle je ne crois pas dans votre discours. Des trillions de copie de E coli sur 30 000 générations n’ont pu produire rien de nouveau. Et c’est votre meilleur exemple !? Et que dire des autres exemples comme la résistance aux antibiotiques dans lequel une espèce au génome dégénéré (mais survivante) résulte ?

Julien a écrit :Ensuite, il n’y a jamais de nouveau gène fonctionnel

Comment le savez-vous? Juste parce que "la liste, la liste!" ou parce qu'il y a eu des études exhaustives sur le géno-/phénotype?

C’est ça l’évolution ?

Non, ce n'est qu'un élément. C'est seulement la démonstration que l'environnement sélectionne ceux qui sont le mieux adaptés et que des mutations peuvent parfaitement être bénéfiques* pour une espèce. L'évolution, c'est beaucoup plus d'éléments que ça.

Vous vous souvenez avoir nié avec véhémence que s'était possible, une mutation bénéfique? Vous avez l'occasion de montrer que vous n'êtes pas totalement enfoncé dans votre mauvaise foi et admettre que les mutations bénéfiques ont une réalité. Je ne crois pas que vous le ferez. En effet, si vous commencez à mettre en perspective votre attitude bornée face à l'évidence des mutations "positives", vous risquez de commencer à débuter de vous apercevoir que nous vous avons dit beaucoup de choses vraies mais que vous refusez par pur (mauvaise) foi religieuse.

Donc, je te dis de relire la liste pcq tu affirmes que je dis n’importe quoi

Vous continuez à affirmer n'importe quoi... et à ne pas essayer de comprendre.

Après avoir constaté votre empressement à recycler l’étude de Lenski au profit de votre propagande

"Empressement", "propagande"... Qu'est-ce que vous êtes fumiste, Juju, et prétentieux. Encore une chance que vous n'êtes pas catholique, vous passeriez vos journées au confessionnal tellement vous péchez par l'orgueil

Lenski est le premier à "recycler" son étude. Mais, j'imagine bien que pour vous Lenski est un con qui ne sait pas de quoi il parle. Son opinion d'expert n'a aucune importance car, comme pour Richardson, vous vous dites: "il admet l'évolution donc ce qu'il pense n'a aucun intérêt". Alors, forcément, vous percevez cette étude scientifique, ou les articles qui en parlent judicieusement, comme de la "propagande". Surtout que vous n'avez pas dû la lire ni vous renseigner correctement dessus, ça aide.

Non mais ça prend vraiment une réponse claire parce qu’on ne s’entend pas du tout sur ce qu’est le débat

Pour qu'on s'entende sur le débat, il faudrait que vous acceptiez de faire la part des choses et admettiez la réalité: que l'évolution est le modèle scientifique accepté et que le créationnisme n'est pas scientifique car il fait intervenir un agent surnaturel (Dieu). Il faudrait que vous acceptiez ce qu'est la science (et que vos feuillets paroissiaux ne sont pas des journaux scientifiques*) et ce que disent les scientifiques qui, malgré la très haute estime que vous avez de vous, en savent plus que vous sur ces sujets. Mais comme vous tenez à jouer sur les mots offrir une vision faussée de la science pour accommoder votre mythe religieux, le "débat" ne risque pas d'être clair un jour. Grandement, parce que vous avez l'esprit troublé. D'ailleurs, si vous aviez lu correctement ce que Platecarpus ou moi ou d'autres vous avons déjà dit et répété, vous ne poseriez même pas votre question sur la transformation d'une bactérie en eukaryote.

Je vous aurais bien demandé en quoi la résistance aux antibiotiques apporte quoi que se soit au créationnisme. (Est-ce que vous pensez que Dieu intervient personnellement derrière chacune de ses mutations bactériennes? ) Mais ce genre de question vous met sur la défensive et vous dites vraiment n'importe quoi. Ce qui est normal, votre modèle ne cherchant pas à expliquer quoi que se soit, il apparaît trop facilement bancal quand vous élaborez dessus.

Ajout:

Comme d’habitude, la bactérie possédait déjà les enzymes nécessaires à la digestion des citrates. Sachant cela, comment qualifier le propos suivant : "Dans les faits, on a engendré (sans aucun "dessein" précis) un E Coli qui bouffe des citrates."

Le propos aurait pu être formulé autrement mais votre illogisme (et celui de Behe) couple le souffle.

Jean-François

* Pas plus que Laurence Tisdall n'est vraiment un scientifique malgré sa Maîtrise et l'article (au singulier) qui en a découlé.

Comme il m'arrive de manquer d'organisation, j'ai perdu mon mot de passe. Mais comme il m'arrive de manquer d'organisation, je me trouve avoir quelques minutes à tuer, donc je repasse par ici (pas pour très longtemps, je vous rassure).

Julien a écrit :Darwin a dit (à cause des travaux de Haeckel) :

« (…) selon moi, l’embryologie est de loin la classe de faits la plus en faveur d’un changement des formes (…) »

Il a en effet dit ça. En 1861. Haeckel a publié ses dessins en 1874. Darwin dit ça à cause, non pas des dessins de Haeckel, mais des observations réelles sur les embryons réels qui étaient (et qui sont toujours) une preuve frappante de la réalité de l'évolution. Et vous le savez, parce que je vous l'ai déjà dit.

Vous vouliez une preuve factuelle de l'assertion de JF selon laquelle vous répétez vos arguments même une fois qu'on a montré qu'ils étaient faux ? Eh ben voilà.

Platecarpus_2 a écrit :Comme il m'arrive de manquer d'organisation, j'ai perdu mon mot de passe.

Salut Platecarpus,

C'est de ma faute (pour une raison que j'ignore, ton compte a mal passé une des migrations du forum dans sa version bêta - meilleur cryptage des mots de passe, le tien a bloqué).

Je te redonnes accès à ton ancien compte, par MP.

Désolé,
diablo

JF : Vous vous souvenez avoir nié avec véhémence que s'était possible, une mutation bénéfique?

Julien : Tout le problème en est un de définition. Une mutation permettant la survit mais au détriment de l’efficacité de l’enzyme (pcq perte d’affinité) est-elle une mutation ‘bénéfique’ ?

Du point de vue de la survit, oui bénéfique. Du point de vue du débat sur les origines, LES O-R-I-G-I-N-E-S, des gènes, cette mutation a rendu la protéine ciblée moins efficace (ou neutre) pour sa fonction. Donc, du point de vue ‘fonctionnel’, la mutation est neutre ou délétère. Tu piges ? Je dis n’importe quoi encore ? Non, au contraire, je clarifie tout mon argument au lieu de passer mon temps à déformer les propos et démoniser mon interlocuteur, toujours sans l’ombre d’un argument sérieux et toujours en atténuant n’importe quelle définition se rapportant au débat de façon a rendre la discussion vaine. Tout un troll ce JF.

JF : Lenski est le premier à "recycler" son étude. Mais, j'imagine bien que pour vous Lenski est un con qui ne sait pas de quoi il parle. Son opinion d'expert n'a aucune importance

Julien : Et ben, premièrement, arrête de pleurnicher. Ensuite, dans le ‘n’importe quoi’ tu donnes pas ta place. Lenski UTILISE le terme ‘Évolution’ pour qualifier le phénomène pcq EVOLUTION ne veut plus rien dire autre aujourd’hui que qqchose qui change. Ce qui m’intéresse ce sont les FAITS et ces faits, Lenski les reconnaît, c'est que E Coli utilise le citrate, MAIS PAS EN MILLIEU OXYGÉNÉ, c'est un porblème de transport dans un milieu précis.

Lenski :
« La seule barrière connue à la croissance sur le citrate en milieu aérobic est l’inhabilité de transporter le citrate en présence d’oxygène. »

Toute la machinerie est disponible pour la digestion du citrate. Même que les enzymes de transport (via le gène citT) existent mais n’agissent pas en présence d’oxygène.

Maintenant, il reste aux chercheurs la tâche de découvrir quelle mutation a permis aux bactéries d’ouvrir la porte aux citrates en milieu oxygéné. Déjà, quelques possibilités ont été proposées :

1) La bactérie possède des canaux membranaires qui laissent passer certaines molécules spécifiques. Il est possible que l’un d’eux ait été « déformé » pour laisser entrer le citrate ;

2) E Coli produit une protéine qui importe le citrate en milieu sans oxygène (via le gène CitT). Il est possible qu’une mutation ait affecté la régularisation du gène sous jacent et ait entrainé la surproduction de la protéine.

Dans tous les cas, il n’y a aucune apparition d’un mécanisme nouveau permettant de digérer le citrate. Aucune innovation n’est nécessaire car la machinerie très complexe nécessaire à cet effet existait déjà au début de l’expérience.

Analogie : Imaginez une usine très complexe qui transforme des billots d’arbre en bois d’œuvre. Cette usine possède des machines complexes qui taillent le bois et des produits chimiques très précis. Le problème est que la porte de l’usine n’est pas assez grande pour laisser entrer le bois. La porte existe et les machines pour transporter le bois aussi. Il suffit d’agrandir la porte. Un jour, une tornade passe par là et détruit un flan de l’usine ce qui laisse une assez grande ouverture pour laisser entrer le bois.

Diriez-vous qu’une innovation majeure menant à la transformation du bois brut en bois d’œuvre a été engendré par une tornade ? Ça serait à mon avis tordu et malhonnête de présenter la nouvelle ainsi.

C’est pourtant très exactement ce que les évolutionnistes font dans ce cas cis et dans les quelques autres cas de bactéries mutantes rapportés.

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JF : Je vous aurais bien demandé en quoi la résistance aux antibiotiques apporte quoi que se soit au créationnisme.

Julien : Bien, tu prends ton trou et t’a finalement compris que la RAA est tout le contraire d’une évolution. C’est ce que je constate en identifiant aucune trace d’argument et ton détournement de la discussion (troll).

Maintenant, la réfutation de l’argument tordu sur la RAA n’apporte rien au créationnisme. Ca démontre tout au plus que la tentative des évolutionnistes de nier que l’information est l’effet stricte de l’intelligence est une perte de temps. Vous pouvez aussi vous battre contre la gravité tant qu’à faire.

Platecarpus_2 a écrit :Comme il m'arrive de manquer d'organisation, j'ai perdu mon mot de passe. Mais comme il m'arrive de manquer d'organisation, je me trouve avoir quelques minutes à tuer, donc je repasse par ici (pas pour très longtemps, je vous rassure).

Julien a écrit :Darwin a dit (à cause des travaux de Haeckel) :

« (…) selon moi, l’embryologie est de loin la classe de faits la plus en faveur d’un changement des formes (…) »

Il a en effet dit ça. En 1861. Haeckel a publié ses dessins en 1874. Darwin dit ça à cause, non pas des dessins de Haeckel, mais des observations réelles sur les embryons réels qui étaient (et qui sont toujours) une preuve frappante de la réalité de l'évolution. Et vous le savez, parce que je vous l'ai déjà dit.

Vous vouliez une preuve factuelle de l'assertion de JF selon laquelle vous répétez vos arguments même une fois qu'on a montré qu'ils étaient faux ? Eh ben voilà.

Julien : Donc, vous affirmez que les esquisses de Haeckel n'ont pas été dans tout bon bouqin traitant de l'évolution durant les 130 dernières années ?? Merci de répondre à cette première question, pcq c'est surtout sur ce point qu'on débattait.

Ensuite, j'ai fait une erreur en supposant que Darwin avait fait son affirmation influencé par les travaux de Haeckel. Peut-être l'a-t-il été pcq Haeckel a probablement pas attendu la publication des esquisses pour affirmer son opinion, lui qui a été excessivement publié et qui était un fanatique "dérangé" de Darwin.

Ce sont les observations de Von Baer qui auraient influencé Darwin, des observations qui tendaient à montrer très exactement ce que Haeckel a sur-amplifier dans ses dessins, MAIS, Baer ne concluait ni à l'évolution, ni à la théorie de Haeckel en ce qui attrait aux causes de la ressemblance dans les stades précoces.

Désolé pour l'erreur.

Julien a écrit :Julien : Donc, vous affirmez que les esquisses de Haeckel n'ont pas été dans tout bon bouqin traitant de l'évolution durant les 130 dernières années ?? Merci de répondre à cette première question, pcq c'est surtout sur ce point qu'on débattait.

Je remarque d'abord que vous changez le sujet. Ensuite, non, je n'affirme pas ça : ces dessins ont en effet traîné un peu partout. Ils sont une mauvaise illustration d'un fait réel. Mais ce qui compte, scientifiquement, c'est que le fait soit réel et pas qu'il ait été mal illustré.

Ce sont les observations de Von Baer qui auraient influencé Darwin, des observations qui tendaient à montrer très exactement ce que Haeckel a sur-amplifier dans ses dessins, MAIS, Baer ne concluait ni à l'évolution, ni à la théorie de Haeckel en ce qui attrait aux causes de la ressemblance dans les stades précoces.

De Von Baer, de tout le monde en général et des siennes en particulier (Darwin a aussi étudié des larves et des embryons). En d'autres termes, la réalité.

Julien a écrit :Je dis n’importe quoi encore ?

Oui, en invoquant "LES O-R-I-G-I-N-E-S des gènes" (sic) dans les histoires de mutations bénéfiques, vous changez de sujet. Un de vos gros problèmes c'est que vous vous arrangez pour toujours parler d'autre chose pour n'avoir pas à comprendre.

Lenski UTILISE le terme ‘Évolution’ pour qualifier le phénomène pcq EVOLUTION ne veut plus rien dire autre aujourd’hui que qqchose qui change
[...] Bien, tu prends ton trou et t’a finalement compris que la RAA est tout le contraire d’une évolution

Je passe sur votre incompréhension de l'article de Lenski (qui démontre un fait supposé mais mal démontré de la théorie de l'évolution, celui de la contingence) pour conserver cette magnifique perle. Donc, l'évolution selon vous "ne veut plus rien dire autre aujourd’hui que qqchose qui change" mais la résistance aux antibiotiques, qui est un changement, "est tout le contraire d’une évolution"

Maintenant, la réfutation de l’argument tordu sur la RAA n’apporte rien au créationnisme.

J'imagine que votre argutie sur Lenski n'"apporte rien" non plus au créationnisme. Comment disiez-vous déjà: "[l]'évolution est une opposition au créationnisme et à la croyance en Dieu, c'est une approche de négation camouflée derrière un discour pseudo scientifique". Là, on a encore une fois une belle manifestation d'"opposition" à la science de votre part.

Vous pouvez aussi vous battre contre la gravité tant qu’à faire

Pourquoi? Comme l'évolution, la gravité est un fait et une théorie scientifiquement acceptés. Il est étonnant que vous ne prôniez pas une gravité-créationniste. Après tout, à cause de Babel, on peut invoquer un mécanisme divin qui maintiendrait les choses collées proche de la Terre (quitte à nier les fusées)?

P.S.: Julien, j'ai déjà illustré un peu plus en détail dans ce message (auquel je viens de penser) à quel point vous ne comprenez même pas votre "la liste! La liste"

Jean-François

Platecarpus : Mais ce qui compte, scientifiquement, c'est que le fait soit réel et pas qu'il ait été mal illustré.

Julien : Y'a beaucoup plus a tiré comme leçon qu'une interprétation très subjective du fait de la "ressemblance" dans les stades précoces. Il y a d'abord et avant tout le fait historique du "recyclage insensé" (Gould) de ces esquisses par la littérature évolutionniste. Le guru de l'évolution au Québec, Cirylle Barrette (Ph. D biologie), utilise ces dessins dans son ouvrage (qui date de quelques années) comme preuve de l'évolution !!

Imaginez, un supposé grand connaisseur de l'évolution, auteur de deux ouvrages sur le sujet, utilise bêtement ces esquisses frauduleuses. Ces dernières over simplifient la "réalité" en ne tenant pas compte des différences de grosseurs des embryons et des différences dans les states précédents le stade illustré par Haeckel et par les images plus récentes. L'argument embryologique se tient si et seulement si on regarde très superficiellement un seul stade du développement et qu'on évite de creuser plus profondément.

Julien a écrit :
Julien : Non, non, non, ce n’est pas un exemple parmi d’autres mais plutôt exactement le même type d’argument tordu pour abruti fanatiquement convaincu. Comme d’habitude, la bactérie possédait déjà les enzymes nécessaires à la digestion des citrates. Sachant cela, comment qualifier le propos suivant : "Dans les faits, on a engendré (sans aucun "dessein" précis) un E Coli qui bouffe des citrates."

Misère, Julien. As-tu seulement lu l'article en question? Car d'après le texte que tu cites (provenant de Creation Safaris encore une fois) ce n'est pas le cas. Savourons cet extrait révélateur:

Creation safaris a écrit : it’s a good thing Dr. Behe quickly dispelled the significance of this experiment. It saves us a lot of work having to trudge through the overhyped claims in the paper.

(emphase ajoutée par mes soins)

Ce qui ajoute à l'ironie est que la réponse de Behe ne réfute rien, en fait. Behe n'a pas de problème avec l'apparition de nouvelles fonctions. En fait, il n'a pas de problème non plus avec le fait que Denis et sa chatte ont un ancêtre commun. Seulement, il n'aime pas la contingence qu'implique la théorie synthétique de l'évolution, préférant quand c'est "arrangé avec le gars des vues".

Behe ne croit pas qu'il soit possible que deux mutations différentes se soient accumulées et qu'ensuite une troisième est venue compléter le système. En tout cas il ne croit pas que ce soit possible par hasard. En revanche, c'est exactement ce que montre l'expérience de Lenski, et contre ça Behe n'a rien à dire. Il se contente d'affirmer que les résultats supportent en réalité sa théorie à lui (téléologie, préfiguration, dessein intelligent, etc) et non le "darwinisme" parce que les mutations ne sont pas réellement bénéfiques*.

À supposer que Dieu se préoccupe réellement de faire évoluer des cellules dans une expérience scientifique. Tiens, peut-être pour tester la foi des créationnistes?

*Mais... personne ne dit qu'une mutation doit être utile immédiatement. En fait, l'expérience de Lenski montre bien que des structures inactives peuvent êtres recrutées plus tard.

Vous faites quoi mercredi soir prochain ? Vous êtes libre pour venir en parler à un diner que j'organise avec des amis ?

Peux pas, réunion avec des conspirateurs humanistes. Peut-être une autre fois.

JF : Oui, en invoquant "LES O-R-I-G-I-N-E-S des gènes" (sic) dans les histoires de mutations bénéfiques, vous changez de sujet. Un de vos gros problèmes c'est que vous vous arrangez pour toujours parler d'autre chose pour n'avoir pas à comprendre.

Julien : Euh !? Donc, si je comprends bien, JF n’est pas au courant que les évolutionnistes supposent que les gènes sont « apparus » par mutations génétiques sur des gènes dédoublés.

Alors, la nouvelle tendance est de m’accuser de changer de sujet quand je parle de mutation génétique et d’origine de gène conjointement. Il va falloir clarifier en quoi est-ce un changement de sujet. Bon patinage.

JF : Donc, l'évolution selon vous "ne veut plus rien dire autre aujourd’hui que qqchose qui change"

Julien : Dans la littérature scientifique, effectivement oui. Pas selon la définition d’une évolution qui se dit expliquer l’origine des formes de vie. Pour expliquer l’origine d’un caractère biologique par mutation, il faut un exemple de mutation qui cause l’apparition d’un nouveau gène induisant un nouveau caractère biologique. Logique non ?

JF : mais la résistance aux antibiotiques, qui est un changement, "est tout le contraire d’une évolution"

Julien : Si l’évolution est un mécanisme qui induit l’apparition des caractères biologiques (et donc des nouvelles formes de vie) et bien NON, la PERTE d’affinité d’un protéine n’explique rien en ce sens (ça va plutôt dans le sens opposé même).

Julien précédemment : (…) Comme d’habitude, la bactérie possédait déjà les enzymes nécessaires à la digestion des citrates. Sachant cela, comment qualifier le propos suivant : "Dans les faits, on a engendré (sans aucun "dessein" précis) un E Coli qui bouffe des citrates."

PKJ : Ce qui ajoute à l'ironie est que la réponse de Behe ne réfute rien, en fait.

Julien : On se fou de Behe. Les faits sont que « la bactérie possédait déjà les enzymes nécessaires à la digestion des citrates ». Ton propos est qu’on a « engendré des E Coli qui bouffe des citrates », comme si la bactérie n’avait pas la machinerie métabolique pour le faire dans la génération 0 et qu’elle l’a acquise au bout de 30 000 générations. Ce qui montre que tu n’as pas lu l’article et encore moins le sommaire de Lenski disponible sur le net. Et tu dis quoi ensuite ? « Misère, Julien. As-tu seulement lu l'article en question? » Un champion du monde !

Rien d’étonnant, New scientist affirme : « Une évolution d’une innovation majeure s’est déployée directement devant les yeux des chercheurs. C’est la première fois que l’évolution est captée au moment de produire un nouveau trait aussi rare et complexe. »

Tu n’es pas le seul fanatique aveuglé qui ne prends pas le temps de lire les articles et qui ne s’intéressent pas aux faits.

Julien a écrit :Platecarpus : Mais ce qui compte, scientifiquement, c'est que le fait soit réel et pas qu'il ait été mal illustré.

Julien : Y'a beaucoup plus a tiré comme leçon qu'une interprétation très subjective du fait de la "ressemblance" dans les stades précoces. Il y a d'abord et avant tout le fait historique du "recyclage insensé" (Gould) de ces esquisses par la littérature évolutionniste.

Oui, il y a le recopiage des manuels scolaires entre eux, et Gould l'attribue correctement ce à phénomène. Vous avez déjà feuilleté/comparé des manuels de maths, chimie, physique... du secondaire ? C'est atterrant. L'organisation des chapitres est la même, les schémas sont les mêmes, etc. Les manuels se recopient entre eux, et quand une erreur (ou une phrase saugrenue) est présente, elle se retrouve amplifiée et recopiée sans vérification. C'est un phénomène général, sans rapport avec l'évolution.

Le guru de l'évolution au Québec, Cirylle Barrette (Ph. D biologie), utilise ces dessins dans son ouvrage (qui date de quelques années) comme preuve de l'évolution !!

Et alors ? Je suis convaincu que Barrette 1) n'est pas embryologiste 2) ne savait pas que ces dessins étaient faux. Vous pensez autre chose ?

Imaginez, un supposé grand connaisseur de l'évolution, auteur de deux ouvrages sur le sujet, utilise bêtement ces esquisses frauduleuses. Ces dernières over simplifient la "réalité" en ne tenant pas compte des différences de grosseurs des embryons et des différences dans les states précédents le stade illustré par Haeckel et par les images plus récentes. L'argument embryologique se tient si et seulement si on regarde très superficiellement un seul stade du développement et qu'on évite de creuser plus profondément.

C'est exactement le contraire. Plus on creuse, plus il se tient.

Julien a écrit : Julien : On se fou de Behe.

Vraiment? Parce que la réfutation que tu as recopié initialement était essentiellement basée sur la réponse de Behe. Tu t'en fous maintenant?

Ensuite voilà Julien P. qui avoue être un

...fanatique aveuglé qui ne prends pas le temps de lire les articles et qui ne s’intéress[e] pas aux faits.

Le problème est qu'il m'accuse d'en faire autant. Je suppose que quand je mentionnais directement des thèses principales de l'article, je sortais ça de mon derrière.

Tiens, par rapport à la contingence:

"Our results instead support the hypothesis of historical contingency, in which a genetic background arose that had an increased potential to evolve the Cit+ phenotype." (Blount, Borland & Lenski, 2008, p. 7903)

Autrement dit, certaines bactéries se sont retrouvées avec une configuration génétique favorisant l'émergence du trait Cit+, et ce sans que cette potentialité soit en elle-même une adaptation. Personne n'a encouragé les cellules à développer ce trait initial, qui est rersté dormant pendant de nombreuses générations (rappel: il n'était pas présent au départ*). Ce qui revient à ce que j'ai dit au tout début: on a engendré (sans aucun "dessein" précis) un E Coli qui bouffe des citrates.

* En fait l'incapacité à bouffer le citrate est une caractéristique déterminante de l'espèce E Coli, et bien qu'il y a déjà eu un cas documenté d'émegence de cette même caractéristique, ça ne veut pas dire qu'ils ont ça dans leur phénotype. En plus, l'étude a porté sur une souche de E Coli qui n'avait manifestement pas cette caractéristique. (voir l'article "que je n'ai pas lu", page. 7900, colonne de gauche:)

Blount, Borland et Lenski, 2008 a écrit :E. coli cells cannot grow on citrate under oxic conditions, and that inability has long been viewed as a defining characteristic of this important, diverse, and widespread species. In a long-term experiment, we propagated 12 populations of E. coli, all founded from the same ancestral strain, in a medium containing glucose, which is the limiting resource, and abundant citrate.

Salut Julien,

À propos des vieux dessins de Haeckel, tu dis :

Ces dernières over simplifient la "réalité" en ne tenant pas compte des différences de grosseurs des embryons...

Horreur !

Dans ce diagramme, les planètes sont frauduleusement illustrées sans tenir compte de leurs différences de taille.

Je suppose que ça justifie un retour au géocentrisme...

Misère !

Denis

Platecarpus a écrit :Et alors ? Je suis convaincu que Barrette 1) n'est pas embryologiste 2) ne savait pas que ces dessins étaient faux. Vous pensez autre chose ?

C'est vrai que Barrette n'est pas embryologiste. Mais, il demeure dommage qu'il n'ait pas mis un avertissement à l'effet que les dessins sont repris pour leur valeur historique plus qu'autre chose.

Celà dit, Julien exagère beaucoup en disant que Cyrille Barrette est le "gourou" de l'évolution au Québec. C'est surtout une figure publique qui s'intéresse suffisamment aux magouilles créationnistes pour essayer de les dénoncer publiquement. En ce qui concerne la recherche, il y a plusieurs chercheurs (surtout en systématique) qui sont plus connus que lui... mais totalement inconnu de Julien (qui ne connait rien au milieu de la recherche).

C'est exactement le contraire. Plus on creuse, plus il se tient.

Ce que j'aime avec ce genre de petit effet de style, c'est qu'il est prononcée par quelqu'un qui n'a jamais vu d'embryons de sa vie (autrement qu'en photos, peu nettes en plus, si j'en juge par ce qu'il a mis dans son pamphlet), qui n'a jamais étudié l'embryologie, dont les seules "recherches" portent sur comment faire croire que l'embryologie n'appuie pas l'évolution (et non sur "que dit l'embryologie"), et qui dénie toute autorité à ceux - comme Gould et Richardson, par exemple - qui ont réellement fait l'effort d'étudier l'embryologie, sur la seule base qu'ils admettent que L,embryologie appuie l'évolution. Evidemment, Julien prétend qu'il faut regarder seulement les "faits" (ce qu'il ne fait même pas correctement) mais Julien ne fait pas de recherche et il s'en fiche si son modèle est parfaitement stérile et s'il prône l'ignorance plus que l'acquisition de connaissances.

Qui, déjà, disait "ignorance begets confidence"... moi, je trouve que dans le cas de Julien, il s'arrange souvent pour faire rimer "orgueilleux" avec "niaiseux"

Tu penses qu'il comprendra un jour pourquoi sa liste et, surtout, sa manière de la présenter, c'est du gros n'importe quoi?

Jean-François

Jean-Francois a écrit :C'est vrai que Barrette n'est pas embryologiste. Mais, il demeure dommage qu'il n'ait pas mis un avertissement à l'effet que les dessins sont repris pour leur valeur historique plus qu'autre chose.

Pour être honnête, je n'ai pas lu Le miroir du monde donc je ne sais pas si Barrette a repris ces figures pour leur valeur historique ou parce qu'il ignorait qu'elles étaient erronées. Dans les deux cas, le fait que des figures fausses figurent dans certains manuels ne change évidemment rien au fait que ce sont les vraies données qui comptent et qu'elles sont pleines de traces de l'évolution.

Tu penses qu'il comprendra un jour pourquoi sa liste et, surtout, sa manière de la présenter, c'est du gros n'importe quoi?

"Sa" liste, c'est vite dit, c'est un bête copié-collé d'un quelconque article niaiseux de True.Origin. Cela dit, tu es généreux en disant que c'est "surtout sa manière de présenter" qui est fausse : moi je trouve que la liste est déjà bien fausse en elle-même, ou plutôt incomplète au point d'être mensongère. La résistance aux antibiotiques doit quand même beaucoup aux enzymes qui les dégradent, aux pompes qui les expulsent, etc. et qui sont surexprimées/modifiées dans le cas des bactéries résistantes. Ce ne sont généralement pas de "nouveaux gènes avec de nouvelles fonctions" (et j'écris bien "généralement", car il y a quelques cas où l'enzyme qui dégrade l'antibiotique est apparue par mutation d'une enzyme agissant sur un substrat totalement différent) mais ce ne sont certainement pas des "gènes dégradés". Ce sont juste des changements, sans "diminution" ni "augmentation" nette de l'information... bref, ce qui fait l'essentiel de l'évolution ;-)

PKJ : Vraiment? Parce que la réfutation que tu as recopié initialement était essentiellement basée sur la réponse de Behe. Tu t'en fous maintenant?

Julien : Je me fou de ses opinions et de l’opinion des évolutionnistes ou créationnistes. Les faits sont que « la bactérie possédait déjà les enzymes nécessaires à la digestion des citrates ». C’est toi qui change de sujet en me parlant de Behe qui a ou a pas un problème avec telle ou telle croyance. On s’en balance, le fait est que toi autant que tous les croyants évolutionnistes rapportez la nouvelle comme si la bactérie avait acquis les innovations nécessaires à la digestion du citrate à partir de rien. Dans les faits il s’agit d’un problème de transport du nutriment en milieu oxygéné seulement.

Mais bon, je ne m’attends pas à de l’honnêtement de ta part.

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JF : Celà dit, Julien exagère beaucoup en disant que Cyrille Barrette est le "gourou" de l'évolution au Québec.

Julien : Il a écrit deux ouvrages touchant le sujet, accorde des entrevues et participe à des débats publics sur le sujet.

JF : Tu penses qu'il comprendra un jour pourquoi sa liste et, surtout, sa manière de la présenter, c'est du gros n'importe quoi?

Julien : Ce que tu dis, c’est que la science pure est n’importe quoi. La démonstration du phénotype qui mène à la résistance à une dizaine d’antibiotiques c’est « n’importe quoi ». Imagine alors à quel point ton discours vide d’argument et plein d’insinuations, de pleurnichage et d’insultes est puant et digne d’un authentique troll.

Dans les faits, c’est loin de m’étonner parce que la RAA démontre que mutation+sélection peut mener à des individus qui, oui, survivent à une pression sélective MAIS, l’information génétique est moindre ou neutre en terme de quantité ou d’efficacité. Ça détruit complètement l’idée de progression liée à l’évolution des formes de vies. Et vous continuez à vous obstiner !

Finalement, le retour de Platecarpus semble ranimer les parties de lèches mutuelles . Vous êtes adorables.

Julien a écrit :PKJ : Vraiment? Parce que la réfutation que tu as recopié initialement était essentiellement basée sur la réponse de Behe. Tu t'en fous maintenant?

Julien : Je me fou de ses opinions et de l’opinion des évolutionnistes ou créationnistes.

J'en prend bonne note. En fait, ça explique bien des choses.

Les faits sont que « la bactérie possédait déjà les enzymes nécessaires à la digestion des citrates ». C’est toi qui change de sujet en me parlant de Behe qui a ou a pas un problème avec telle ou telle croyance. On s’en balance, le fait est que toi autant que tous les croyants évolutionnistes rapportez la nouvelle comme si la bactérie avait acquis les innovations nécessaires à la digestion du citrate à partir de rien.

J'ai traité ça plus haut, mais tu ne l'as pas lu. (Personne n'a dit que c'était à partir de rien.)

Julien a écrit :Ce que tu dis, c’est que la science pure est n’importe quoi.

Wow, la "science pure", rien que ça ? Votre liste tirée d'un site créationniste quelconque, oui, c'est effectivement n'importe quoi d'un point de vue scientifique.

La démonstration du phénotype qui mène à la résistance à une dizaine d’antibiotiques c’est « n’importe quoi ».

Yep. D'abord, c'est un choix extrêmement biaisé de dix mutations sur des centaines présenté comme s'il était représentatif de tout le phénomène, ce qui est déjà n'importe quoi. Pour ne rien arranger, tous les exemples choisis sont des cas d'altération de la cible, sous-entendant que c'est le seul mécanisme de résistance, ce qui est faux : encore plus n'importe quoi. Et pour couronner le tout, le texte est formulé de façon à faire croire que les altérations des cibles diminuent leur fonctionnalité ("loss of affinity", etc.) même quand ce n'est pas le cas. Bref, cette liste touche le fond en matière de malhonnêteté intellectuelle.

Dans les faits, c’est loin de m’étonner parce que la RAA démontre que mutation+sélection peut mener à des individus qui, oui, survivent à une pression sélective MAIS, l’information génétique est moindre ou neutre en terme de quantité ou d’efficacité.

Pourriez-vous nous rappeler ce que vous ne considéreriez pas comme une modification "moindre ou neutre" de la quantité d'information génétique ?

Julien : Tu n’es pas le seul fanatique aveuglé qui ne prends pas le temps de lire les articles et qui ne s’intéressent pas aux faits.

Au fur et à mesure de tes messages, ce que moi je constate, c'est que le seul fanatique aveuglé ici c'est toi.
Tu prétends que les lois naturelles interdisent aux vivants de manifester la moindre émergence d'informations nouvelles malgré que ce soit une caractéristique fondamentale observée en physique ou en chimie élementaire.
Donc, si je te suis bien, les êtres vivants sont forcément apparus par l'entremise d'une intelligence supérieure.
Mais Julien explique nous un peu par quel miracle est apparue cette intelligence supérieure ?
Perso, si on me le demandait, je dirais que je n'en sais rien, et de fait je m'occuperais plutot de composer avec les lois que je connais pour tenter de saisir le mode de fonctionnement du règne vivant.
Il est là le fond du problème.

Julien : Je me fou de ses opinions et de l’opinion des évolutionnistes ou créationnistes.

Julien en pleine évolution de pensée. Voilà une preuve que l'information émerge sans aide extérieure.

Platecarpus a écrit :["Sa" liste, c'est vite dit, c'est un bête copié-collé d'un quelconque article niaiseux de True.Origin

Tu as parfaitement raison. Dans ce message-ci, je donne le lien vers l'article. Mais, à mon avis et malgré ses défauts, cet article n'est pas du calibre franchement minable des pamphlets à Julien. L'auteur semble avoir du mal à en venir à la conclusion logique - qu'il s'agit bel et bien de sélection naturelle, qui profite aux bactéries - mais il admet que c'est une possibilité.

Cela dit, tu es généreux en disant que c'est "surtout sa manière de présenter" qui est fausse : moi je trouve que la liste est déjà bien fausse en elle-même, ou plutôt incomplète au point d'être mensongère [...] ce texte est formulé de façon à faire croire que les altérations des cibles diminuent leur fonctionnalité ("loss of affinity", etc.) même quand ce n'est pas le cas

Tu as sans doute raison: comme je le présentais pour l'effet de la Rifampine, le tableau présente les choses ("Rifampin -- Loss of affinity to RNA polymerase") comme si la mutation concernait une perte d'affinité d'une enzyme envers la polymérase de l'ARN (voire de la polymérase envers l'ARN). Mais, ce n'est pas du tout le cas. En fait, c'est une perte d'affinité de l'antibiotique envers cette polymérase. Cela ne dit absolument rien en termes de pertes (ou gain) sur la fonction de la polymérase... et il y a fort à parier que celle-ci fonctionne encore comme avant puisque les bactéries survivent. En fait, toutes les lignes décrivent sans doute des "pertes de fonctionalité" des antibiotiques et non pas des molécules cibles. Il y a donc tromperie (maladresse ou malignité? Je trouve difficile de trancher dans ce cas-ci).

Et Juju qui photocopie sa liste comme si ça prouvait automatiquement une quelconque dégradation du génome

Tu as remarqué cet autre exemple de la lamentable irrationalité de Julien lorsqu'il aborde l'expérience de Lenski:
il commence par une grossière exagération "[c]omme d’habitude, la bactérie possédait déjà les enzymes nécessaires à la digestion des citrates". Il continue en citant un pamphlet créationniste d'où il tire son information fausse, mais qui contient une perle de vérité (je souligne): "the E. coli already had the machinery to digest citrate, but just lacked a gateway to get the nutrient inside, which was not that improbable a hurdle for a couple of mutations to permit". Enfin, il ajoute "Des trillions de copie de E coli sur 30 000 générations n’ont pu produire rien de nouveau". C'est déjà savoureux ce "tout est là dàs le départ mais ça prend 33 000 générations avant qu'il se passe quelque chose mais c'est pas des mutations même s'il n'est pas improbable que des mutations soient intervenues"

En plus, c'est vraiment du gros n'importe quoi puisque:
- même si on acceptait le mécanisme était présent "dès le départ" (ce qui n'est certainement pas vrai de la manière dont Julien - qui n'y connait rien - le présente), il ne s'exprimait pas;
- ça a pris 33 127 générations avant que ce mécanisme s'exprime dans une lignée A de la souche bactérienne de Lenski, il y a donc bien eu nouveauté;
- ce mécanisme s'exprime plus rapidement dans de nouvelles lignées produites à partir d'ancêtres de la lignée A;
- ce mécanisme est dépendant de plusieurs mutations, chacune contingentant l'apparition des suivantes;

En plus, il étale son incompréhension de manière flagrante: "via le gène citT". Il voit des gènes là où il est question de phénotype*. Et il vient narguer PKJ en en essayant de faire croire qu'il a (lu** et) compris l'article

* Probablement parce qu'il n'a pas compris le passage: "Other findings suggest that E. coli has the potential to evolve a Cit+ phenotype. Hall (41) reported the only documented case of a spontaneous Cit+ mutant in E. coli. He hypothesized that some complex mutation, or multiple mutations, activated cryptic genes that jointly expressed a citrate transporter, although the genes were not identified. Pos et al. (43) identified an operon in E. coli K-12 that apparently allows anaerobic citrate fermentation, and which includes a gene, citT, encoding a citrate–succinate antiporter". Qui, pourtant, concerne d'autres études, d'autres souches de E. coli et non celle de Lenski.
** Charitablement, je vais supposer qu'il l'a effectivement survolé afin de piocher ici et là de quoi alimenter sa propagande fondamentaliste.

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Julien a écrit :Ce que tu dis, c’est que la science pure est n’importe quoi

Comme vous désignez généralement par "science" (pure ou non) votre "créationnisme scientifique", oui c'est du gros n'importe quoi... à commencer par une contradiction dans les termes. (Notez que le créationnisme, lui, se justfifie en tant que modèle religieux.)

Moi, je dis surtout que quand un ignorant (i.e., Julien) se fait une idée fausse de la science cette idée fausse c'est du n'importe quoi. La science, elle, n'est pas concernée par vos propos car vous n'en faites qu'une caricature.

En plus de la gravité et de l'héliocentrisme, vous devriez aussi nier la dérive des continents Juju***... Le faites-vous? Et pour l'égalité des sexes, si contraire à l'enseignement de l'Ancien Testament, comment avez-vous résolu ce problème... par le déni, encore?

Finalement, le retour de Platecarpus semble ranimer les parties de lèches mutuelles

Ah, échanger selon nos affinités c'est se lécher pour vous... dans ce cas, qu'est-ce que c'est que ça: une orgie de léchage institutionalisée?

Jean-François

*** Ca nuit fortement à l'idée que Noé ait eu accès à toutes les espèces animales. Je sais que vous - ou un autre créationniste - avez déjà défendu que les continents ont pu dériver pendant/après le déluge mais, comme vous supposez un âge de la Terre qui est très jeune, cela supposerait des vitesses incroyables.