La foi n'interdit pas aux chrétiens de réfléchir. Beaucoup de chrétiens ont une foi mûrement réfléchie. Que l'on pense, par exemple, à Thomas d'Aquin, Blaise Pascal ou Teilhard de Chardin. Mais cette réflexion est facultative. La foi est une expérience d'enfant et c'est d'ailleurs comme des enfants que le Christ nous invite à venir à lui.
Les chrétiens qui tentent de formuler une "science chrétienne" partent de leur foi dans les textes saints et tentent de les vérifier empiriquement. D'un point de vue théologique, ils ne sont pas en contradiction avec eux-mêmes. D'un point de vue scientifique, cependant, ils s'exposent à un danger, un danger qui n'est pas exclusif aux chrétiens d'ailleurs : le danger de s'auto-confirmer. Jean-François a un peu raison de nous mettre en garde contre ce danger qui fait régulièrement des ravages en science (voir, par exemple, l'affaire des rayons N, l'affaire de la fusion froide ou l'affaire Benveniste)
Lorsque qu'un sujet de recherche tient trop à cœur au chercheur, qu'il a déjà pris position personnellement et qu'il est très engagé dans sa prise de position, il lui est difficile de découvrir autre chose que ce qu'il croit être vrai. Ça peu paraître drôle, mais il semble que dans ces conditions même les instruments de mesure se mettent à produire les résultats attendus (raison pour laquelle les mesures "en aveugle" sont une condition moderne de la plupart des recherches impliquant une part de subjectivité dans la mesure).
Le scientiste chrétien est généralement très engagé dans sa foi. La foi est par définition au centre de la vie d'un individu. Aussi, en procédant à des recherches empiriques portant sur une question de dogme, le scientiste chrétien s'expose au risque de ne faire que confirmer ses propres préjugés.
On pourra toujours arguer que les scientifiques athées ont aussi des préjugés. Dans le cas d'athées "militants" très engagé dans leur athéisme, il y aurait, en effet, symétrie. On remarque cependant que la théorie de l'évolution fait des adeptes partout chez les scientifiques de toutes confessions. Pourquoi? Parce qu'elle jette une lumière incomparable sur les faits d'observation.
En astronomie, il est toujours possible de concevoir un système de rotation des planètes ayant la Terre pour centre. Il est beaucoup plus simple et intelligent de concevoir un système ayant pour centre* le soleil. Dans le même esprit, il est toujours possible, par des efforts intellectuels surhumains, de continuer à nier l'évolution et de rester cohérent, mais on se prive alors d'un système simple et intelligible pour comprendre le monde du vivant.
Je ne crois pas que Dieu se joue de nous. Je ne crois pas non plus qu'il nous invite à être étroit d'esprit. Il a créé une nature ordonnée par des lois intelligibles. Il nous a faits intelligents et capables de découvrir ces lois. Pourquoi se priver?
(*enfin un centre de masse plus proche du centre soleil que de n'importe quelles planètes )