Il suffit de regarder le monde antique : dès le début, en Egypte, la réforme d’Akhénaton est la première tentative de monothéisme, et ce sont aussi les premières persécutions religieuses de l’histoire.
C’est assez normal. Le polythéisme peut facilement assimiler les dieux des autres peuples, car ce n’est pas un système philosophique et religieux cohérent : les dieux des autres ne sont pas des dieux différents mais des dieux parmi d’autres. On voit d’ailleurs avec quelle facilité les grecs ont intégré les dieux égyptiens à l’époque hellenistique. Tous les systèmes polythéistes participent de la même vision du monde, et même quand parfois des spéculations métaphysiques viennent se greffer sur le système, comme en Inde, elles restent singulièrement détachées de ses aspects purement mythologiques. De la même manière que les mythes sont (probablement) apparus pour expliquer les rites qui les précédaient (et non l’inverse), les philosophies sont apparues pour combler les lacunes des explications mythiques : mais dans les systèmes polythéistes les rapports entre ces différents niveaux restent assez lâches, cela reste des niveaux superposés - contrairement au monothéisme où un désir général d’unité pousse à une cohérence plus profonde, mais aussi plus illusoire.
Le monothéisme port en lui les germes de l’intolérance : à partir du moment où on affirme qu’il n’y a qu’un seul dieu, tous les autres dieux apparaissent comme des faux dieux; et les adeptes de ceux-ci sont vus dans le meilleur des cas comme des brebis égarées qui ont droit à la pitié ou au mépris, dans le pire comme d’ignobles infidèles qu’il faut convertir ou tuer.
Tu as raison, la mauvaise réputation des juifs ne date pas d’hier, mais il faut dire qu’ils l’ont cherché. Les romains voyaient les juifs comme des fanatiques, et effectivement les juifs de l’antiquité étaient des fanatiques, surtout dans l’atmosphère messianique du début de l’ère chrétienne. Quand Caligula a voulu faire installer une statue de lui-même dans le temple de Jerusalem, cela a provoqué une guerre : les romains ne pouvaient comprendre un tel extrémisme en réponse à ce qui pour eux n’était pour eux que la marque formelle d’acceptation de l’autorité impériale, sans volonté d’attaquer la religion juive.
C’est le même phénomène qui a mené aux persécutions des chrétiens : refusant le culte impérial, ceux-ci refusaient l’autorité de l’empereur, car ils ne pouvaient voir que le culte impérial n’était que rituel, sans implications philosophiques. Rome n’est pas Thèbes, et les romains croyaient déjà à peine à leurs propres dieux, alors pour ce qui est de la divinité de l’empereur... Les persécutions contre les chrétiens étaient purement politiques, et dues largement à la stupidité profonde des premiers chrétiens, ou du moins à leur aveuglement et leur fanatisme (il suffit de lire les épîtres de Paul pour se convaincre de l’étroitesse d’esprit et de l’endoctrinement sectaire qui régnait alors chez les chrétiens).
Bref, le monothéisme est sans doute l’idéologie la plus pernicieuse de toute l’antiquité, et l’invention la plus néfaste de notre histoire. A côté, le polythéisme paraît être une maladie assez bénigne, un divertissement folklorique.