Trouvez-moi un seul organe de mammifère qui n'ait pas d'homologue structurellement moins complexe chez les autres vertébrés. L'aparition des poumons, par exemple: certains poissons ne possèdent pas de poumon, d'autres ont une sorte de vessie qui possède une capacité d'échange gazeux, les amphibiens montrent encore des branchies associées un poumon primitif... (Farmer CG. Evolution of the vertebrate cardio-pulmonary system. Annu Rev Physiol 1999;61:573-92). Ce genre d'explication d'apparition et de transformation graduelle existe pour beaucoup de système. Vous n'y êtes simplement pas réceptif.
Ce qui vous manque ce sont toutes les étapes qui permettrait de mettre tous ces vertébrés sur la même "échelle de la nature". Toutes ces étapes n'ont peut-être jamais existé, cela ne veut absolument pas dire qu'aucune n'a jamais existé (de toute façon, on en observe certaines).
Emmanuel: "Avez-vous une idée de la façon dont on pourrait la tester."
C'est effectivement une hypothèse assez récente et très discutée, proposée par S.J. Gould. On parle d'exaptation lorsqu'un système (organe, comportement, etc.) prend un rôle différent de celui pour lequel il était originellement développé. Par exemple, les plumes qui auraient joué un rôle isolateur au départ, auraient aidé secondairement à l'acquisition de la capacité de voler. Cette idée commence à être testée, et semble obtenir quelques confirmations empiriques. En cherchant sur google ( www.google.com ) avec les mots-clés exaptation-évolution, vous trouverez beaucoup de pages qui discutent ce point (pour plus "sérieux", voir par exemple: Stewart JR, Thompson MB. Evolution of placentation among squamate reptiles: recent research and future directions. Comp Biochem Physiol A 2000;127(4):411-31; les auteurs comparent les mode de reproduction ovipares et vivipares chez les reptiles et concluent: "Similarities in embryonic development and nutritional pattern between oviparous species and most viviparous species suggest that the pattern of nutrition of oviparous squamates is an exaptation for the evolution of viviparity and that placentotrophy and viviparity evolve concomitantly"). Là encore, je doute que cela vous satisfasse.
Jean-François