L'idée et le système des chakras sont indissociables de la pensée, la philosophie et la religion hindoues. En gros, et là j'effleure à peine le sujet car il est peu de gens qui peuvent se prétendre experts dans ces domaines faute de pouvoir lire suffisamment des textes originaux (upanishads, védas, etc.), il s'agit d'un système de correspondance de "flux d'énergie" entre "le ciel et la terre", "le divin et l'humain", etc., ancêtre des théories menant à l'acupuncture et autres idées de "Ki" dans d'autres parties d'Asie.
Il s'est écrit des tonnes de sottises sur le sujet, et ce dès le départ, ce qui a mené à toutes sortes d'interprétations, d'applications plus ou moins fumeuses (en médecine surtout) et de superstitions, tant dans les pays d'origine que chez tous les apprentis philosophes mystiques occidentaux depuis la découverte de la philosophie orientale et surtout de son attrait chez les gogos adeptes du "ailleurs, l'herbe est plus rose".
Un grand spécialiste de la pensée hindoue a été Sarvepalli Radhakrishnan (1888-1975) (auteur de cette belle phrase: "If we believe absurdities we shall commit atrocities").
http://www.msci.memphis.edu/~ramamurt/srk_phil.html
Une très bonne introduction à la pensée et la religion hindoues:
http://www.netnews.org/bookstore/indianphilosophy.html
Sarvepalli Radhakrishnan, Charles A. Moore. A Source Book in Indian Philosophy. Princeton University Press. ISBN 0691019584