Les recherches paléontologiques sur cette transition-là ont conduit à des résultats assez satisfaisants ; on connaît maintenant une multitude de formes intermédiaires entre le mammifère terrestre et la baleine contemporaine (qui a toujours des moignons de pattes arrière dans son squelette...) Un fossile particulièrement intéressant a encore été découvert l'année dernière (_Rhodocetus_, en l'occurrence).
En fait, les transitions évolutives les plus célèbres sont généralement bien connues (poissons->amphibiens, reptiles->mammifères, reptiles->oiseaux, mammifères terrestres->baleines - et je ne cite que les plus médiatisées) grâce à des recherches en paléontologie, mais aussi en génétique ou en embryologie.
La théorie de l'évolution ne rencontre plus trop de problèmes conceptuels majeurs à ce niveau-là (ce qui ne signifie pas qu'elle est complète et qu'il n'y a plus rien à changer), mais il reste encore beaucoup à faire pour mieux comprendre l'origine de la vie, par exemple...