Von Baer, le prédécesseur de Haeckel avait plus méticuleusement noté ces faits. Mais von Baer était fixiste (il n'a pas connu l'oeuvre de Darwin); Haeckel a tenté, un peu abusivement, d'appliquer le darwinisme aux découvertes de von Baer
Par contre, on ne nie pas que les embryons de vertébrés passent par des stades très similaires. Ce qu'on dit c'est que les différences apparaissent plus précocément entre espèces très éloignées et plus tardivement entre espèces proches. L'embryologie réflètent donc effectivement la phylogénie, mais pas aussi fortement que le pensait Haeckel. C'est un "miroir" un peu déformant.
Si vous voulez en savoir plus, il y a un excellent résumé historique des découvertes en embryologie dans: Le Douarin, N. (2000) Des chimères, des clones et des gènes. Ed. Odile Jacob.
Jean-François