Cladistique et théorie de l'évolution

[Fulcanelli]

Bonjour !

La cladistique permet de créer des arbres phylogéniques avec une méthodologie rigoureuse basée sur des similitudes anatomiques et fonctionnelles. Lorsqu’elle sont imputables à une descendance, on les appelles homologies, lorsque ce n’est pas le cas, elles sont appelées analogies. Exemple, les nageoires des requins et celle des dauphins. J’espère avoir bien saisi le principe (Pat saura me coriger). Maintenant j’aimerais discuter de quelques points.

D’abord ce que la théorie de l’évolution doit à la cladistique, quoique celle-ci soit une systématique plus rigoureuse qui n’apporte rien de plus après Simpson.

Connaît-on d’autres exemples assez frappants d’analogies autres que cette histoire de nageoire assez édifiante ?

Enfin, il y a-t-il des études comparatives moléculaires car on peut supposer que des éléments analogiques ont des formes et fonctions comparables mais sont formés de protéines ayant de grandes différences en terme d’évolution moléculaire, enfin, c’est ce qui semble a priori, ce n’est qu’une question ?

[Jean-Francois]

Connaît-on d’autres exemples assez frappants d’analogies autres que cette histoire de nageoire assez édifiante ?

Il faut noter que ces nageoires sont analogues en tant que nageoires, mais homologues en tant que dérivés des membres antérieurs.

D'autres analogies:
- La forme hydrodynamique des dauphins et celle des requins.
- La crête dorsale des pélycosaures et celle des espadons (ou autres marlins).
- Les ailes des libellules et celles des chauves-souris (ou oiseaux).
- l'oeil des céphalopodes et celui des vertébrés.
- la trompe d'un éléphant et la patte avant d'un raton-laveur (analogues en tant qu'organes de préhension).

Enfin, il y a-t-il des études comparatives moléculaires car on peut supposer que des éléments analogiques ont des formes et fonctions comparables mais sont formés de protéines ayant de grandes différences en terme d’évolution moléculaire, enfin, c’est ce qui semble a priori, ce n’est qu’une question ?

Il existe de très nombreuses reconstructions cladistiques au niveau moléculaire (par exemple, cherchez avec "cladistic gene" sur Pubmed; ou, voir ici, là* ou là). Ce genre d'études est un champs de recherche en plein développement mais il y a encore beaucoup de travail à faire (c'est variables selon les structures).

Jean-François

[Pat]

La cladistique permet de créer des arbres phylogéniques avec une méthodologie rigoureuse basée sur des similitudes anatomiques et fonctionnelles. Lorsqu’elle sont imputables à une descendance, on les appelles homologies, lorsque ce n’est pas le cas, elles sont appelées analogies. Exemple, les nageoires des requins et celle des dauphins. J’espère avoir bien saisi le principe (Pat saura me coriger). Maintenant j’aimerais discuter de quelques points.

Rien à redire...

D’abord ce que la théorie de l’évolution doit à la cladistique, quoique celle-ci soit une systématique plus rigoureuse qui n’apporte rien de plus après Simpson.

S'agissant de la classification des êtres-vivant on peut se fonder sur le degré de similitude (méthode phénétique) ou sur les modes de branchements entre les lignées (méthode cladistique) pour faire les regroupements. Les Crocodiliens étant le taxon phylogénétiquement le plus proche des Oiseaux une approche cladistique les classera dans le même groupe que ces derniers avant de les placer dans le taxon plus vaste des Reptiles. D'un autre côté l'approche phénétique s'attardera sur le degré de similitude et tiendra compte de l'importance du changement morphologique opéré chez les Oiseaux. Ceux-ci ont acquis un grand nombre de caractères propres (ailes, bec - absence de dents, plumes, etc) par rapport à l'ancêtre reptilien qu'ils partagent aves les Crocodiliens. De ce point de vue les Crocodiliens qui n'ont pas connu une évolution aussi poussée ressemblent bien davantage aux autres Reptiles qu'aux Oiseaux et méritent donc d'être classés avant tout dans le groupe des Reptiles.
Cependant , il n'en reste pas moins, qu'indépendamment du système de classification adopté, Oiseaux et Crocodiliens partagent un ancêtre commun exclusif (si on excepte les groupes fossiles). Le grand mérite de la cladistique est de permettre justement de repérer les taxons dérivés d'un ancêtre commun exclusif (on parle de groupe monophylétique) et de voir que certains groupes ne le sont finalement pas.
L'analyse cladistique doit se fonder sur une bonne détermination des homologies (savoir notamment quels sont les caractères dérivés secondaires - sur lesquels je ne rentrerai pas dans les détails) et ne pas les confondre avec des analogies.

Nombreuses sont les situations où il est difficile de savoir si deux structures sont homologues ou analogues. Dans l'idéal une homologie porte sur des détails structurels singuliers et dont la relation avec une contrainte adaptative est incertaine. Un exemple frappant est celui du nombre constant de vertèbres cervicales (à l'exception des Paresseux) chez les Mammifères. On en retrouve toujours sept, que ce soit chez les Humains, les Souris, les Baleines, ou les Girafes. Il est vraiment difficile de comprendre en quoi une quelconque adaptation pourrait expliquer que les Baleines et les Girafes possèdent exactement le même nombre de vertèbres cervicales. Cette singularité s'explique par contre très bien dans le cadre d'un héritage commun, ou autrement dit d'une homologie. En effet l'hérédité est le seul procesus que l'on connaisse pour rendre compte de ces ressemblances-ci. Seule l'hérédité transmet la singularité...

L'analogie de son côté est fortement reliée aux contraintes adaptatives. Ces dernières peuvent imposer les mêmes solutions à une même situation (se mouvoir dans l'eau, voler, couper la nourriture, percer, se faufiler sous la terre, etc). Comme les solutions possibles à des contraintes similaires peuvent s'avérer limitées en nombre, les chances de les voir apparaître à plusieurs reprises dans des lignées distinctes sont d'autant plus fortes. C'est le cas des nageoires chez les Requins et les Dauphins ou des autres exemples cités par Jean-François. Les structures analogues ne ressemblent pas dans les détails mais seulement de loin si j'ose dire. La forme générale d'une aile de Chauve-souris et celle d'une Libellule sont grossièrement similaires mais si l'on regarde dans les détails, on voit surtout de très grandes différences. On pourrait dire aussi que les ailes des avions sont analogues aux ailes de Chauves-souris ou des Libellules, mais il serait vain de chercher la moindre homologie! L'analogie s'explique par l'existence de contraintes (bio)mécaniques sévères ne permettant qu'un nombre extrêment limité de formes aérodynamiques propices au vol.
Naturellement les choses ne sont pas toujours aussi tranchées. Une contrainte adaptative impose des structures bien précises si bien que l'on pourrait aussi alors se demander si elles ne correspondent pas à des détails singuliers relevant d'une homologie. En fait mieux on comprendra l'articulation entre structure et fonction mieux on pourra faire le tri entre les structures en relation avec l'adaptation et celles qui ne le sont pas.

Enfin, il y a-t-il des études comparatives moléculaires car on peut supposer que des éléments analogiques ont des formes et fonctions comparables mais sont formés de protéines ayant de grandes différences en terme d’évolution moléculaire, enfin, c’est ce qui semble a priori, ce n’est qu’une question ?

On pourrait penser aux analogues structuraux. Des molécules très différentes peuvent se relier au même récepteur cellulaire. C'est le cas des poisons ou des drogues: les molécules ont une conformation spatiale proche de la molécule habituellement utilisée et peuvent alors mimer de près ou de loin les effets biologiques de cette dernière. Mais je crois ne rien t'apprendre à toi, calé que tu es en pharmacologie! Peut-être penses tu à autre chose...

[Fulcanelli]

Merci Jean-François et Pat pour ces précisions

Cette distinction entre analogies et homologie semble refléter deux types de processus. Les homologies correspondraient à une marque de fabrication transmise par l’hérédité d’espèce en espèce selon l’arbre généalogique phylogénique. Et les analogies seraient la conséquence de contraintes techniques. Il en résulte une adaptation et sans doute, des avantages en terme de sélection naturelle mais est-ce la seule explication. On peut imaginer aussi une intention technique, une sorte d’élan pour quelques activités essentielles, se déplacer, se nourrir et se reproduire. On devrait donc trouver les analogies dans les organes et structures en relation avec le milieu extérieur, alors que les homologies seraient liées aux dispositifs internes de l’organisme. C’est une piste de réflexion mais je suppose qu’un bon traité de cladistique dit la même chose en plus détaillé.
Une question. La reproduction ovipare, relève-t-elle d’homologie ou d’analogie ? Et la reproduction vivipare ? Je verrais bien un peu d’homologie dans la première et pas dans la seconde. L’exemple des vertèbres est bien choisi. Sept vertèbres cervicales ne confèrent pas spécialement un avantage adaptatif. Cela pourrait être rapproché de l’évolution du sphénoïde et conduire à la thèse d’une logique évolutive interne ou intrinsèque au vivant, logique indépendante des contraintes de la sélection naturelle et donc, pourrait-on envisager une évolution neutre sur cette base, à la manière de l’évolution neutre dans l’ordre des molécules (Kimura) ?

Peut-être penses tu à autre chose...

Oui !

Pour ce qui est des structures moléculaires dans les organes analogues, je ne pensais pas aux coïncidences structurelle des molécules exogènes comme les drogues mais aux molécules faisant partie de l’assemblage fonctionnel, par exemple les protéines contractiles du muscle si on les compare pour des nageoires analogues de requin et de dauphin. La question, est-ce que l’homologie suppose une dérive moléculaire plus réduite que dans le cas d’analogies ? Mais je ne suis pas sûr que cette question ait un sens.

[Pat]

La reproduction ovipare, relève-t-elle d’homologie ou d’analogie ? Et la reproduction vivipare ? Je verrais bien un peu d’homologie dans la première et pas dans la seconde

Tout dépend du niveau d'analyse. La viviparité est effectivement apparue à de nombreuses reprises chez les Vertébrés. On peut alors parler d'analogie entre les taxa concernés, mais bien entendu on parlera d'homologie à l'intérieur de chaque taxon. Par exemple la viviparité d'un Chien et d'un Dauphin est une homologie étant donné qu'on pense qu'ils descendent d'un ancêtre commun qui était déjà lui-même vivipare. On retrouverait la même situation avec les ailes des Chauves-souris. Elles sont analogues à celles des oiseaux, mais si on se limite à leur taxon, les ailes de Chauves-souris sont homologues entre elles.

Etant donné que la viviparité est apparue de nombreuse fois de manière indépendante, il n'est pas exclu que sa disparition (donc un retour vers l'oviparité) soit aussi aisée. L'option entre viviparité et oviparité est largement tributaire de certains facteurs écologiques comme la température (la viviparité est favorisée par exemple dans les climats très froids). Comme les conditions du milieu qui favorisent l'une ou l'autre de ces options peuvent alterner, on peut penser qu'un retour à l'oviparité dans certaines lignées puisse se produire en réponse à ces nouvelles contraintes. En conséquence on pourrait estimer que le retour à l'oviparité dans deux lignées distinctes est une analogie.
D'un autre côté il est vrai que l'oviparité constitue un caractère ancestral et que la plupart des espèces ovipares n'ont eu que des ancêtres eux-mêmes ovipares. On parlera alors d'homologie.

L’exemple des vertèbres est bien choisi. Sept vertèbres cervicales ne confèrent pas spécialement un avantage adaptatif. Cela pourrait être rapproché de l’évolution du sphénoïde et conduire à la thèse d’une logique évolutive interne ou intrinsèque au vivant, logique indépendante des contraintes de la sélection naturelle et donc, pourrait-on envisager une évolution neutre sur cette base, à la manière de l’évolution neutre dans l’ordre des molécules (Kimura) ?

Il est vrai que dans l'exemple des Vertèbres cervicales comme dans celui de l'évolution neutre on se retrouve en face d'une situation sans relation étroite avec un phénomène adaptatif. Cela dit, je relèverais quand même une différence entre ces deux cas de figure. La neutralité implique que les différentes options possibles (pour un caractère, pour un gène - on parlerait alors d'allèles) ne sont pas plus avantageuses les unes par rapport aux autres. Pour un gène cela consisterait à dire par exemple que la possession de l'allèle pour la couleur noire des yeux n'est pas plus ou moins avantageuse que la possession de l'allèle pour la couleur bleue des yeux. Pour un caractère on pourrait affirmer par exemple que la possession de 8,9 ou 10 vertèbres cervicales n'est pas plus ou moins avantageuse que la possession de 7 vertèbres cervicales.
Or pour ce qui est du nombre des vertèbres cervicales des Mammifères nous ne sommes pas vraiment dans une situation comparable. S'il est vrai que ce nombre remarquablement constant ne peut être mis en relation avec une contrainte adaptative, nous ne pouvons pas conclure pour autant que les autres alternatives possibles (qui ne se sont presque jamais réalisées) eussent été neutres par rapport à l'option 7 vertèbres cervicales. Le point de vue neutraliste dirait en effet que la possession de 8,9 ou 10 vertèbres cervicales n'est pas plus ou moins avantageux que d'en posséder seulement 7. Au contraire on peut concevoir sans difficulté une autre alternative qui dirait que l'augmentation ou la diminution (si elles étaient possibles) de ce nombre confère un avantage adaptatif dans certains contextes. Le cou des Girafes s'est agrandi par l'augmentation de la longueur des vertèbres cervicales. Mais l'avantage adaptatif conféré par l'allongement du cou aurait aussi bien pu s'obtenir par une augmentation du nombre de ces vertèbres.

Une question importante est de se demander pourquoi c'est (presque) systématiquement par la modulation de la longueur des vertèbres cervicales (et non par la modification de leur nombre) qu'a évolué la longueur du cou chez les Mammifères. La réponse la plus simple consiste à dire que c'est parce qu'il n'est pas possible de faire autrement! Le programme génétique qui détermine la formation de 7 vertèbres du cou consiste probablement en contraintes tellement sévères que la moindre modification opérée sur celui-ci chamboule toute la morphogénèse si bien que le "mutant" obtenu n'est jamais viable. On dit alors que le programme génétique est verrouillé.
Comme il n'est pas possible aux Mammifères de former plus ou moins que 7 vertèbres cervicales ceux-ci sont alors contraints de faire avec les moyens du bord... La seule solution restant alors pour modifier la longueur du cou est de former des vertèbres plus courtes ou plus longues.

Pour ce qui est des structures moléculaires dans les organes analogues, je ne pensais pas aux coïncidences structurelle des molécules exogènes comme les drogues mais aux molécules faisant partie de l’assemblage fonctionnel, par exemple les protéines contractiles du muscle si on les compare pour des nageoires analogues de requin et de dauphin. La question, est-ce que l’homologie suppose une dérive moléculaire plus réduite que dans le cas d’analogies ? Mais je ne suis pas sûr que cette question ait un sens.

Pour ce qui est des muscles, on rencontre un grand nombre de protéines homologues impliquées dans le phénomène de la contraction. Cela dit une analogie moléculaire est concevable: deux structures moléculaires très différentes ayant toutes deux la même propriété de contractilité. On pourrait aussi parler d'analogie parce que deux molécules très différentes ont la propriété de phosphorescence ou de fluorescence ou plus simplement sont à l'origine de la même couleur à l'échelle macroscopique...

Sinon qu'entends-tu par "dérive moléculaire"? Peux-tu préciser?

[Fulcanelli]

Sinon qu'entends-tu par "dérive moléculaire"? Peux-tu préciser?

Des différenciations en terme de structure et/ou séquences d'acides aminés. Rien que de très connu, avec le polymorphisme comme résultat

[Pat]

La question, est-ce que l’homologie suppose une dérive moléculaire plus réduite que dans le cas d’analogies ? Mais je ne suis pas sûr que cette question ait un sens.

Des différenciations en terme de structure et/ou séquences d'acides aminés. Rien que de très connu, avec le polymorphisme comme résultat

Je me demandais si tu ne pensais pas à la dérive génétique qui consiste dans la modification des fréquences alléliques. Ta précision évoque plutôt un processus mutationnel, peut être par rapport à un point de départ (ce que peut suggérer le terme "dérive").
On pourrait dire que le repérage de l'homologie moléculaire s'appuie sur l'identification d'au moins certaines séquences moléculaires communes. Les degrés de ressemblances peuvent être plus ou moins forts selon que l'on fera des comparaisons au sein d'un petit groupe, des familles ou des superfamilles.
Néanmoins on pourrait concevoir la possibilité (je n'ai pas d'exemple réels en tête) de conclure à une "homologie" en dépit de l'absence de la moindre séquence en commun. Un gène A pourrait se dupliquer; l'une des copies donnerait bien plus tard le gène B qui ne conserverait qu'une partie (appelons-la B1) en commun avec le gène A, le reste (appelons-le B2) ayant tellement muté qu'il ne subsisterait plus de séquences communes avec A). Le gène B pourrait ensuite se dupliquer à son tour. Une des copies (appelons-la C) ne conserverait alors que la partie B2, qui n'aurait plus rien en commun avec le gène A. Si on peut parler de filiation entre A et C en passant par B, A et C n'on pourtant aucune séquence en commun...

Pour l'analogie, il faut repérer des structures sans séquences communes qui remplissent des fonctions similaires. Donc, effectivement pour employer ta terminologie la dérive sera considérable. Cela dit tout cela pourrait se compliquer si on considèrerait une analogie sur une partie seulement de deux molécules qui par ailleurs comporteraient des séquences homologues entre elles sur les autres parties... une situation qui rappelle celle qui consiste à comparer 2 organismes vivants, chacune de leurs parties similaires pouvant relever d'analogie ou d'homologie.
Pour démêler tout ça il faudrait encore une fois préciser le plus finement possible le lien entre structure et fonction de chacun des domaines moléculaires à étudier.

[Fulcanelli]

Pour démêler tout ça il faudrait encore une fois préciser le plus finement possible le lien entre structure et fonction de chacun des domaines moléculaires à étudier.

Oui, et aussi analyser en détail les évolutions moléculaires en prenant en considération la formation des complexes biomoléculaire. Je ne connais pas trop la littérature sur ce sujet mais dans un texte, Behe dénonce les analyses conventionnelles pléthoriques au détriments d'études plus subtiles sur l'organisation moléculaire. Voici ce texte, soumis aux réactions

n a recent issue of JME there were published eleven articles; of these, all eleven were concerned simply with the analysis of protein or DNA sequences. None of the papers discussed detailed models for intermediates in the development of complex biomolecular structures. In the past ten years JME has published 886 papers. Of these, 95 discussed the chemical synthesis of molecules thought to be necessary for the origin of life, 44 proposed mathematical models to improve sequence analysis, 20 concerned the evolutionary implications of current structures, and 719 were analyses of protein or polynucleotide sequences. There were zero papers discussing detailed models for intermediates in the development of complex biomolecular structures. This is not a peculiarity of JME. No papers are to be found that discuss detailed models for intermediates in the development of complex biomolecular structures in the Proceedings of the National Academy of Science, Nature, Science, the Journal of Molecular Biology or, to my knowledge, any journal whatsoever.

Sequence comparisons overwhelmingly dominate the literature of molecular evolution. But sequence comparisons simply can't account for the development of complex biochemical systems any more than Darwin's comparison of simple and complex eyes told him how vision worked. Thus in this area science is mute. This means that when we infer that complex biochemical systems were designed, we are contradicting no experimental result, we are in conflict with no theoretical study. No experiments needs to be questioned, but the interpretation of all experiments must now be reexamined, just as the results of experiments that were consistent with a Newtonian view of the universe had to be reinterpreted when the waveparticle duality of matter was discerned.

[oldcola]

Il est évident quand même que j'ai envie de me payer leur tête en passant.
Je parle des docteurs Behe et Fulcanelli qui les pauvres semblent avoir oublié comment faire de la bibliographie.
Pendant qu'ils dissent à qui veut bien l'entendre que les scientifiques, ces vilains dont ils n'en sont plus, perdent leur temps avec des études qu'ils présenteraient presque comme inutiles, ils n'arrivent pas à trouver le temps de chercher des articles sur l'évolution. Comme je fais partie des laborantins qui subodorent une arnaque intellectuelle ou pire, une incapacité intellectuelle, de la part des docteurs Behe et Fulcanelli je leur transmet des liens vers mes quinze dernières lectures au sujet de l'évolution. En esperant qu'avant de repondre l'un ou l'autre prendraient le temps de les lire, s'ils se rappellent ce que lire une publication signifie encore !

• Complex social behaviour derived from maternal reproductive traits.
  Genetic and environmental variation in antibody and t-cell mediated responses in the great tit.
  Life history affects the evolution of reproductive isolation among species of Coreopsis (Asteraceae).
  A likelihood framework for inferring the evolution of geographic range on phylogenetic trees.
  Maintenance of environmental homeostasis by biota, selected nonlocally by circulation and fluctuation mechanisms.
  The evolution of norms.
  Estimating diversifying selection and functional constraint in the presence of recombination.
  A rule-based approach to the modelling of bacterial ecosystems.
  Transport on randomly evolving trees.
  The evolution of cytoplasmic incompatibility types: integrating segregation, inbreeding and outbreeding.
  Prediction of effects of genetic drift on variance components under a general model of epistasis.
  Defining the origins and evolution of the chemokine/chemokine receptor system.
  Genome-wide comparative analysis of the IQD gene families in Arabidopsis thaliana and Oryza sativa.
  Evolutionary fate of duplicate genes encoding aspartic proteinases. Nothepsin case study.
  Hierarchical structure analysis describing abnormal base composition of genomes.

Au moins ça leur permettra de relire un peu de science...

[Fulcanelli]

This paper was originally presented in the Summer of 1994 at the meeting ofthe C.S. Lewis Society, Cambridge University.

Mon pauvre Odcola, le papier de Behe date de 1994. Trop facile de jouer les chérifs de la police scientifique. Tu as une mentalité de flic mais c'est assez courant dans les labos. Enfin, disons mercenaire et tu es bien obligé de défendre les maîtres qui te payent. Tant que tu y es, vas-y, ajoute du docteir et ci et ça, on reconnaît là la touche du type plein de rancoeur car il ne l'est pas docteur. Tu es transparent cher ami. Et du reste assez pathétique dans ton combat qui ne je joue pas sur de la biblio mais sur l'art de concevoir et créer la pensée scientifique. Tu te comportes comme un garçon de café, servant les références comme d'autres des plats mais au moins, un serveur ne se mêle pas de cuisine, toi si, alors que tu en es bien incapable. Qu'as-tu inventé en science ? Quelle découverte peux-tu nous proposer.

Pour le reste, tu peux tj t'en prendre à Behe mais de là à tirer sur moi alors que tu sais que je n'ai pas les moyens pour rivaliser avec les laborantins et les savants. C'est déloyal et lâche de ta part, tirer sur les faibles, à moins que je ne sois pas si faible que ça... héhé.

Toi et ton camp ont perdu sur la théorie de l'évolution. Le post-darwinisme s'imposera parce qu'il est l'expression de la science qui pense et qui cherche la vérité, alors que le darwinisme la fuit

[Jean-Francois]

Mon pauvre Odcola, le papier de Behe date de 1994

Alors, pourquoi l'amenez-vous s'il est obsolète?

Le post-darwinisme s'imposera parce qu'il est l'expression de la science qui pense et qui cherche la vérité, alors que le darwinisme la fuit

Vous me rappellez vraiment Gatti et sa "science poltergeist du 3e millénaire (qui est en marche vers des aubes radieuses)" avec ce genre de fanfaronnades

Jean-François

[Florence]

Je parle des docteurs Behe et Fulcanelli qui les pauvres semblent avoir oublié comment faire de la bibliographie. ...

Bof. De toute façon, ni l'un ni l'autre ne fait de la science, mais de la promotion religieuse. Le premier pour sa chappelle, le second pour être reconnu comme le nouveau messie.
Tout ce qu'ils ont retenu de leurs lectures scientifiques semble être du verbiage technique dont habiller leur lubie.

[Fulcanelli]

Alors, pourquoi l'amenez-vous s'il est obsolète?

Obsolète, je n'en savais rien, j'ai amené cet extraits parce qu'il est en plein dans le sujet de cette discussion. Et la fanfaronade est une réplique à celle de Odcola dont les références sont intéressantes pour une partie et déplacées pour ce qui est des machins modélisés qui rappellent le mauvais goût des automates auto-modificateurs de F Fogelmann, hérités des cubes de von Foerster dont certains pensent qu'il s'agit d'un tour de magie. Oldcola est fanfaron dans sa croisade visant à décrédibiliser les critiques du darwinisme. Il attend des théories mais si on les lui présentait, je ne pense pas qu'il les comprendrait, malgrés ses compétence de laborantin

Quant à Florence, qu'elle m'explique en quoi les naturalistes darwiniens ne sont pas aussi dans une chapelle ?

[Florence]

Quant à Florence, qu'elle m'explique en quoi les naturalistes darwiniens ne sont pas aussi dans une chapelle ?

Bof. Tactique systématique autant qu'invalide des cré(a)ti(o)nistes qui, faute d'argument, tentent d'abaisser la science au niveau de leurs spéculations métaphysiques déguisées ...

Dennet l'a superbement dégommée dans

Darwin's Dangerous Idea: Evolution and the
Meanings of Life. Daniel C. Dennett New York: Simon & Schuster, 1995; 586 pp

ainsi que dans divers autres papiers


http://ase.tufts.edu/cogstud/papers/postmod.tru.htm
http://ase.tufts.edu/cogstud/papers/faithint.htm
http://ase.tufts.edu/cogstud/papers/com ... tter96.htm

[oldcola]

Tant que tu y es, vas-y, ajoute du docteir et ci et ça, on reconnaît là la touche du type plein de rancoeur car il ne l'est pas docteur. Tu es transparent cher ami. Et du reste assez pathétique dans ton combat qui ne je joue pas sur de la biblio mais sur l'art de concevoir et créer la pensée scientifique. Tu te comportes comme un garçon de café, servant les références comme d'autres des plats mais au moins, un serveur ne se mêle pas de cuisine, toi si, alors que tu en es bien incapable. Qu'as-tu inventé en science ? Quelle découverte peux-tu nous proposer.

Pour le reste, tu peux tj t'en prendre à Behe mais de là à tirer sur moi alors que tu sais que je n'ai pas les moyens pour rivaliser avec les laborantins et les savants. C'est déloyal et lâche de ta part, tirer sur les faibles, à moins que je ne sois pas si faible que ça... héhé.

Allons Bernard !
Tu as mon nom civil, contrairement aux autres participants du forum. Tu peux donc vérifier que j'ai un doctorat, que j'ai été lauréat à des concours d'innovation, que j'ai quelques brevets internationaux à mon actif et que j'ai des publis dans les journaux scientifiques que tu ne sembles pas lire.

Mais tout ça est independant de l'esprit critique. Ce n'est pas parce que l'on a un doctorat qu'on devient incapable de raconter des sornettes, tu en fais la preuve.

Oldcola est fanfaron dans sa croisade visant à décrédibiliser les critiques du darwinisme. Il attend des théories mais si on les lui présentait, je ne pense pas qu'il les comprendrait, malgrés ses compétence de laborantin

Plutôt que de penser ce qui pourrait se passer, donnes nous enfin une théorie à discuter

[Fulcanelli]

avoir un doctorat et des publis nous met donc à égalité. Rien de plus. Egalité sur un terrain où l'on ne connaît pas encore la règle du jeu, science ou philosophie ? Ici, il est juste question de cladistique. Tu es venu en provocateur alors j'ai répliqué à ta provocation. Servir une série de publis sur un sujet est à la portée de n'importe quel doctorant. Tu fais la biblio comme un docteur, mes compliments mon cher. Que déduis-tu donc des références que tu as proposées par rapport à la cladistique, l'évolution des espèces et celle des molécule ? Je vais te faire bosser puisque c'est ce que tu cherches

[oldcola]

avoir un doctorat et des publis nous met donc à égalité.

Certainement pas !

Ici, il est juste question de cladistique.

Ton post citant Behe n'en avait pas l'air de parler de cladistique
C'est à ce post que j'ai réagi, en te donnant un coup de main provocateur

Que déduis-tu donc des références que tu as proposées par rapport à la cladistique, l'évolution des espèces et celle des molécule ? Je vais te faire bosser puisque c'est ce que tu cherches

J"ai déjà passé du temps à corriger ta copie, ici ou là. S'il t'en faut plus je suis disponible, mais il faudrait penser à me proposer salaire; c'est que je suis vénal en plus ! 8)

[Fulcanelli]

J"ai déjà passé du temps à corriger ta copie, ici ou là. S'il t'en faut plus je suis disponible, mais il faudrait penser à me proposer salaire; c'est que je suis vénal en plus !

Je n'en doute pas, que tu sois vénal lol et je m'abstiendrai de toute remarque désobligeante à ce sujet.

Mais je vois que tu as pigé quelque chose d'important, les moyens, et donc si tu me demandes une théorie, il faut me donner les moyens, je ne suis pas vénal mais légal. La loi et la justice. Tout travail mérite salaire, je n'exige rien de plus. Quant au post de Behe, c'est ma touche de génie que de le faire entrer dans une problématique cladistique, dommage que tu n'aies pas remarqué ce qui en fin de compte te donne raison, nous ne sommes pas à égalité

[Goran Tufegdzic]

"Imaginez un monde où des générations d¹humains en seraient venus à croire
que certains films ont été faits par Dieu -ou encore certains logiciels.
Imaginez un monde dans lequel nos descendants s¹entretueraient à propos
d¹interprétations rivales de Star Wars ou de Windows 98. Pouvez-vous
imaginer quelque chose d¹aussi complètement imbécile? Et pourtant, ce monde
ne serait pas plus imbécile que celui dans lequel nous vivons." -Sam Harris

Voici de petits énoncés sur la nature humaine:

1)On tend à se comporter comme on le faisait il y a 100 000 ans.
2)L'environnement s'avère moins primordial que ce qu'on avait pensé.
3)En génétique, R. Dawkins croit que nous sommes souvent déterminés
sans en être conscients.
4)Le génome étant un champ de bataille entre génes en concurrence.
En 2005, il y a eu 450 publications sur l'évolution en Anglais, et
peut-être 2 en Français.
(Les principaux chercheurs: Matt Ridley, Luigi L. Cavalli-Sforza,
William D.Hamilton, George Williams, Robert Trivers, John Maynard
Smith, E.O. Wilson, Axelrod, Robert Wright, etc, et la meilleure
synthèse sur nos origines et notre devenir: R.Wright, L'animal moral,
Folio)
C'est rassurant de voir que ce site censé être sceptique n'est pas complétement envahi par des pseudo-sceptiques.
P.S pour des références complémentaires sur l évolution, faîtes un petit tour chez les Brights (qui ont l'air et la chanson qui vient avec) et repartez
P.S.2 L'expérience montre que le dialogue est inutile et futile...
Goran

[Fulcanelli]

Voici de petits énoncés sur la nature humaine:

Rien compris à ton post. On ne sais pas ce que tu veux dire, c'est crypté et je n'ai pas la volonté de décrypter, tant pis pour moi, je me prive de quelques vérités

[Gilles]

Disons que c'est lié d'une part à un constat systémique, la partie, le tout, et la surdétermination de l'information stockée sous une forme non exprimée, disons in-substantielle, un champ transcendantal, sorte de carte mère, supercalculateur, lié aux processus du vide quantique.

OU

Je crois que les deux explications se complètent pour entretenir un rapport gnoséologique avec la Nature, la sélection naturelle suppose des effets mécaniques et entre dans un cadre occidental d'une pensée qui sépare nature et culture, continuité mécanique mais pas intérieure. L'idée d'une holistique non mécanique, une symphonie, est romantique je l'avoue, mais elle explique aussi et permet un rapport gnosique complémentaire du paradigme mécaniste. La sélection naturelle élimine les mauvais instruments de la Vie mais ceux qui restent, n'ont-il pas cette magie esthétique dont on peut rendre compte avec la métaphore de l'orchestre ?

"A côté de l'abus de pouvoir "scientiste", il en existe un (le "littérarisme") qui consiste à croire que ce que dit la science ne devient intéressant et profond qu'une fois retranscrit dans un langage littéraire et utilisé de façon "métaphorique", un terme qui semble autoriser et excuser presque tout. Au lieu d'un "droit à la métaphore", on devrait parler plutôt d'un droit d'exploiter sans précaution ni restriction les analogies les plus douteuses, qui semble être une des maladies de la culture littéraire et philosophique contemporaine."
Jacques Bouveresse
Prodiges et vertiges de l'analogie

[Goran Tufegdzic]

Un petit cours docteur de biologie 101, pas plus, pas moins...
Le post Bush vs Darwin serait vraiment trop complexe!

[My_Clone_is_rich]

Une question importante est de se demander pourquoi c'est (presque) systématiquement par la modulation de la longueur des vertèbres cervicales (et non par la modification de leur nombre) qu'a évolué la longueur du cou chez les Mammifères. La réponse la plus simple consiste à dire que c'est parce qu'il n'est pas possible de faire autrement! Le programme génétique qui détermine la formation de 7 vertèbres du cou consiste probablement en contraintes tellement sévères que la moindre modification opérée sur celui-ci chamboule toute la morphogénèse si bien que le "mutant" obtenu n'est jamais viable. On dit alors que le programme génétique est verrouillé.

Il est vrai que c'est capital. Mais la réponse la plus simple pourrait être que les mammifères ont tout hérité de ces 7 vertèbres et que d'éventuelles modifications de ce nombre, survenues par-ci par-là, n'ont pas apporté d'avantage déterminant - ou du moins ne semblent pas avoir réussi. Vous dites (presque) en connaissance de cause: les représentants des xénarthres ont de 6 à 9 cervicales selon l'espèce. Ce qui ferait pencher vers la neutralité adaptative du chiffre 7, répandu partout ailleurs chez les mammifères.

Vous ajoutez aussi des notions de contraintes sévères et de programme génétique verrrouillé.

Or permettez-moi d'apporter de l'eau au moulin, car moi-même je possède 8 cervicales, et je suis parfaitement viable. J'ai même 4 enfants voyez-vous. Ma mutation est rare, mais pas exceptionnelle, dixit le radiologue qui m'en avait informé suite à un accident de moto.
Mes 4 enfants ont tous 7 cervicales, ce qui semble indiquer que la mutation est récessive.

Par là même j'en tire deux réflexions :
- Les "contraintes sévères" ne semblent pas si sévères que cela, à moins que je ne sois l'exception qui confirme la règle (dans ce cas j'en suis ravi)
- Pas plus que le programme génétique ne semble si verrouillé que cela.

On peut très bien expliquer la (quasi) absence d'un autre chiffre que 7 chez les mammif. par le simple fait qu'une mutation exprimée en caractère assez neutre se développera difficilement dans les populations au détriment des autres variantes.

Ces deux ensemble sont réellement des contraintes sévères, et plus facilement vérifiables que la notion de "programme génétique verrouillé", qui me semble bien plus un bidule conçu pour se débarrasser de la contrainte de réfléchir et de chercher un chemin plus simple, que d'une réelle notion de génétique.
Sans vouloir rejeter à priori cette notion dans le tiroir à alouettes, je me méfie quelque peu de ces épithètes conceptuelles et floues posées sur des programmes génétiques tout aussi hypothétiques (car on ne sait nullement de quel gène ni séquence de gènes, ni programme l'on parle avec précision) qui auraient une propriété définie par un phénotype désigné non viable. Ce dernier point est tout aussi hypothétique, j'en suis la preuve vivante.

[Pat]

Or permettez-moi d'apporter de l'eau au moulin, car moi-même je possède 8 cervicales, et je suis parfaitement viable. J'ai même 4 enfants voyez-vous. Ma mutation est rare, mais pas exceptionnelle, dixit le radiologue qui m'en avait informé suite à un accident de moto.
Mes 4 enfants ont tous 7 cervicales, ce qui semble indiquer que la mutation est récessive.

Merci pour l'info, je ne connaissais pas du tout cela. Votre cas suggère en effet que les contraintes ne sont pas aussi sévères que je ne l'avais dit.

On peut très bien expliquer la (quasi) absence d'un autre chiffre que 7 chez les mammif. par le simple fait qu'une mutation exprimée en caractère assez neutre se développera difficilement dans les populations au détriment des autres variantes

Dans une population de 6 milliards d'individus on conçoit qu'une mutation neutre ait du mal à se répandre pour devenir beaucoup plus fréquente. Par contre il est difficile d'expliquer comment une mutation neutre n'ait presque jamais pu gagner l'ensemble d'une population durant des dizaines de millions d'années, notamment pour les plus petites d'entres elles chez lesquelles la dérive génétique favorise de manière considérable l'expansion des variétés alléliques neutres. Si le caractère "nombre de vertèbre différent de 7" (pour faire simple) était neutre on devrait l'observer chez beaucoup plus d'espèces que chez seulement le groupe des Xénarthres.

Ces deux ensemble sont réellement des contraintes sévères, et plus facilement vérifiables que la notion de "programme génétique verrouillé", qui me semble bien plus un bidule conçu pour se débarrasser de la contrainte de réfléchir et de chercher un chemin plus simple, que d'une réelle notion de génétique.
Sans vouloir rejeter à priori cette notion dans le tiroir à alouettes, je me méfie quelque peu de ces épithètes conceptuelles et floues posées sur des programmes génétiques tout aussi hypothétiques (car on ne sait nullement de quel gène ni séquence de gènes, ni programme l'on parle avec précision) qui auraient une propriété définie par un phénotype désigné non viable. Ce dernier point est tout aussi hypothétique, j'en suis la preuve vivante.

Le lien entre génotype et phénotype est un des sujets les plus complexes de la génétique. Les maillons intermédiaires entre ces deux points sont très mal connus. Quel mal y a t-il à proposer des hypothèses? On observe quelque chose qu'on ne comprend pas au départ; alors on essaye de l'expliquer. Et pour expliquer, les concepts sont loin d'être inutiles. Celui d'épistasie est par exemple très intéressant. On pourrait voir si le caractère "8 vertèbres cervicales" que vous possédez relève de cette situation. Dans ce cadre là l'allèle que vous possédez en double exemplaire (si j'ai bien compris) serait nécessaire mais pas suffisant (à l'état homozygote) pour développer 8 vertèbres cervicales. D'autres gènes devraient présenter en même temps les mutations adéquates pour produire ce caractère. Si l'ensemble de ces gènes est réparti sur des loci éloignés voire sur des chromosomes différents, les probabilités de retrouver la même configuration génétique à la génération suivante s'en trouvent extrêmement réduite. Si on observe que des gens possèdent 7 vertèbres cervicales malgré que l'allèle du gène soit en double exemplaire, alors cela suggère que ce gène sous cette forme n'est pas la seule cause: soit d'autres gènes sont impliqués soit des facteurs environementaux. Si on observe que chaque fois que l'allèle du gène est en double exemplaire on a 8 vertèbres cervicales alors on peut conclure avec beaucoup plus de certitudes que c'est le seul agent causal dans la formation de 8 vertèbres.

[My_Clone_is_rich]

Dans une population de 6 milliards d'individus on conçoit qu'une mutation neutre ait du mal à se répandre pour devenir beaucoup plus fréquente. Par contre il est difficile d'expliquer comment une mutation neutre n'ait presque jamais pu gagner l'ensemble d'une population durant des dizaines de millions d'années, notamment pour les plus petites d'entres elles chez lesquelles la dérive génétique favorise de manière considérable l'expansion des variétés alléliques neutres. Si le caractère "nombre de vertèbre différent de 7" (pour faire simple) était neutre on devrait l'observer chez beaucoup plus d'espèces que chez seulement le groupe des Xénarthres.

<< Par contre il est difficile d'expliquer comment une mutation neutre n'ait presque jamais pu gagner l'ensemble d'une population durant des dizaines de millions d'années >>

D’autant plus que je ne me formule pas la question de cette manière. Pas par esprit de contradiction mais par quelques éléments qui rendent la problématique moins capitale :
- les xénarthres ne sont pas le seul groupe. Les siréniens n’ont pas eux non plus, sauf erreur, 7 cervicales. Et moi non plus. Par ailleurs, le même problème se pose alors avec le nombre des dorsales et autres, assez variable lui aussi, sinon plus.
- "Mutation neutre", "+/- neutre", "avantageuse", bof. Vous savez, je pense sincèrement que la voie phylogénique et cladistique est bien plus simple et concluante pour s’essayer à des scénarios historiques (provisoires) de ce qui a bien pu se passer, à défaut de mieux. Tenter des hypothèses sur probabilités et suppositions génétiques c’est assez creux, d’autant plus si on considère que « neutre » est un qualificatif bien subjectif sur une aussi longue période de temps. Ce qui semble neutre aujourd’hui a pu être chiant hier, et sympa demain.

Aussi, je préfère avant tout distinguer le « gène neutre » en tant que gène non exprimé sur phénotype, ou non transcrit par l'arn, de ce « gène neutre » exprimé en caractère, car ce dernier est empreint de considérations personnelles, ne servant qu’à poser des équations faciles à résoudre.
Finalement, des variantes alléliques neutres ne le sont pas tant que ça en considérant qu’elles contribuent à la polymorphie et ainsi au potentiel adaptatif, et bonne santé génétique de l’espèce… Donc pas si neutres que ça. Bref.

… notamment pour les plus petites d'entres elles chez lesquelles la dérive génétique favorise de manière considérable l'expansion des variétés alléliques neutres. Si le caractère "nombre de vertèbre différent de 7" (pour faire simple) était neutre on devrait l'observer chez beaucoup plus d'espèces que chez seulement le groupe des Xénarthres.

Disons que vu mes considérations flegmatiques ci-dessus exposées, ce que je puis affirmer avec certitude, mais en amont de la dérive génétique, est que chez les très petites populations ce qui augmente de manière considérable est le risque de fricotage entre cousins/cousines et de touche-pipi entre frangins/frangines.
Laissons donc les vaquer, on verra bien si les nombreux résultats sont si neutres que cela (résultats = rejetons).

Votre dernier paragraphe par contre, rien à redire c'est une très bonne réflexion. Je n'ai pas de grain de sel à y apporter non plus, si ce n'est une autre vision de ma 8me cervicale : mon gène architecte, qui n'est pas un retardé mental, commandait à une séquence de se dédoubler, ce qui donne une cervicale, puis une autre en tandem, puis une troisième, etc.
Il a pu tout simplement oublier de s'arrêter à 7 parce que c'est ma maman qui était au volant à ce moment, et qu'elle avait pris un dos d'âne avec sa Fiat.