Cladistique et théorie de l'évolution

[Christian]

Il n'y a pas seulement les cervicales qui peuvent varier en nombre: les dorsales (11 ou 13 au lieu de 12) et les lombaires également (4 ou 6 au lieu de 5). De plus, j'ai déjà vu 13 paires de côtes et 11 paires également. Le squelette est plus plastique que l'on croit... Je travaille dans le domaine de la modélisation biomédicale du système musculo-squelettique et ça nous donne de vrais maux de tête!

Christian

[Pat]

Je tiens à rappeler que ma réflexion sur la neutralité à propos des 7 vertèbres cervicales vient d'un commentaire de Fulcanelli. J'ai souligné qu'on n'avait pas assez d'éléments pour conclure à une évolution neutre dans ce cas précis et qu'à mes yeux une autre explication tenait mieux la route pour rendre compte du caractère quasi constant des vertèbres cervicales chez les Mammifères. Afin de dissiper tout malentendu, Il n'est pas dans mon intention de tirer de ce cas particulier une théorie générale qui s'appliquerait toujours!

- les xénarthres ne sont pas le seul groupe. Les siréniens n’ont pas eux non plus, sauf erreur, 7 cervicales. Et moi non plus. Par ailleurs, le même problème se pose alors avec le nombre des dorsales et autres, assez variable lui aussi, sinon plus.

Oui et on trouve aussi les fourmiliers dans ce cas. Je ne vois pas où voulez en venir dans vos considérations dans le "presque tout les mammifères". Qu'est ce que cela change si le "presque" est un peu plus gros que je l'avais laissé entendre au départ? A vous lire on a l'impression qu'il faudrait observer 100% des Mammifères avec le même nombre de vertèbres cervicales pour que cette stabilité mérite un questionnement sur son origine. Il n'en reste pas moins que la majorité des Mammifères possèdent 7 vertèbres cervicales. Pourquoi est-ce ainsi? C'est une question importante au contraire comme toutes celles qui concernent la stabilité des plans d'organisation dans le monde vivant.
Bien sûr cela ne signifie nullement que tous les caractères sont dans ce cas de figure! Le nombre de dorsale est plus variable comme vous le dites (et comme le rappelle Christian) et d'autres caractères le sont encore plus. La question est de savoir justement pourquoi certains sont aussi variables et d'autres sont très stables. Ne trouvez-vous que c'est une question importante pour comprendre un peu mieux le lien entre génotype et phénotype?

- "Mutation neutre", "+/- neutre", "avantageuse", bof. Vous savez, je pense sincèrement que la voie phylogénique et cladistique est bien plus simple et concluante pour s’essayer à des scénarios historiques (provisoires) de ce qui a bien pu se passer, à défaut de mieux. Tenter des hypothèses sur probabilités et suppositions génétiques c’est assez creux, d’autant plus si on considère que « neutre » est un qualificatif bien subjectif sur une aussi longue période de temps. Ce qui semble neutre aujourd’hui a pu être chiant hier, et sympa demain.

Moi aussi je trouve que la cladistique est un outil intéressant pour retracer les scénario historique mais essayer de comprendre par quels mécanismes se produit l'évolution et plus particulièrement comment on peut relier génotype, phénotype, et adaptation dans cet enchevêtrement obscur et inextricable relève d'autres domaines.
Comprendre comment un phénotype est déterminé par un génotype relève déjà d'une tâche immense. Alors quand on rajoute à cela les questions portant sur l'adaptation, il est clair que l'on rentre dans une analyse très difficile.
Effectivement ce qui est neutre à un moment donné ne l'est pas nécessairement toujours. Et une approche trop réductionniste risque de nous égarer dans la compréhension de ces processus.

Aussi, je préfère avant tout distinguer le « gène neutre » en tant que gène non exprimé sur phénotype, ou non transcrit par l'arn, de ce « gène neutre » exprimé en caractère, car ce dernier est empreint de considérations personnelles, ne servant qu’à poser des équations faciles à résoudre.

La dernière réflexion me rappelle ces propos de T. Dobzhansky que j'avais relevés:
"Contrairement à l'opinion des anciens généticiens, l'organisme n'est pas un agrégat de traits, de caractères ou de qualités "unitaires". Les traits, les caractères et les qualités ne constituent pas des unités biologiques : ce sont des abstractions, des mots, des moyens sémantiques nécessaires au chercheur pour décrire et communiquer le résultat de ses observations."

Les gènes ont des effets multiples et parler par exemple de gène de la couleur des yeux est très réducteur; un tel gène peut aussi avoir un rôle dans la pigmentation de la peau ou autre chose encore. Certains qui parlent de génétique de façon trop simple donnent l'impression qu'il suffirait d'ouvrir un dictionnaire pour y trouver le terme correspondant "au" caractère déterminé par un gène: couleur, taille, violence, fidélité, etc (c'est d'ailleurs à mes yeux la grosse faille de la sociobiologie).

[My_Clone_is_rich]

Oui et on trouve aussi les fourmiliers dans ce cas. Je ne vois pas où voulez en venir dans vos considérations dans le "presque tout les mammifères". Qu'est ce que cela change si le "presque" est un peu plus gros que je l'avais laissé entendre au départ? A vous lire on a l'impression qu'il faudrait observer 100% des Mammifères avec le même nombre de vertèbres cervicales pour que cette stabilité mérite un questionnement sur son origine. Il n'en reste pas moins que la majorité des Mammifères possèdent 7 vertèbres cervicales. Pourquoi est-ce ainsi?

Bonjour,
ne vous énervez pas contre moi, cela ne servirait qu'à moi - pas à l'intérêt des discussions. Les fourmiliers sont aussi des xénarthres.

Que le taxon mammifères ait peu ou pas mal d'exceptions aux 7 cervicales, pour moi c'est kif-kif. La réponse à "pourquoi" est déjà trouvée par la phylogénie : parce que les mammifères ont hérité cette même structure osseuse de l'ancêtre commun !

Je ne me fiche pas de vous ! Mais la question à "comment ?, ou "sous quelles modalités s'exprime le phénotype", n'a pas de lien direct avec ces 7 vertèbres cervicales et ses +/- nombreuses exceptions, qui sont sans doute des événements secondaires. Voilà le fin fond de mes posts.

Je ne veux surtout pas m'immiscer dans vos questionnements capitaux et tentatives de déduction d'une histoire évolutive/ramifications à partir de 7 cervicales (les échidnés en ont 7, donc...), mais à mon avis, ceci :

<< Il n'en reste pas moins que la majorité des Mammifères possèdent 7 vertèbres cervicales. Pourquoi est-ce ainsi? >>

a déjà de très solides indices de réponses (même une très bonne, juste au-dessus).

S'il y a peu de variantes aux 7 cervicales que l'on a héritées, c'est peut-être bien parce que notre système de réparation d'erreurs de duplication est pas trop mal fichu.
Restent les différences de taille et de forme sous cette structure fondamentale de 7 cervicales, c'est à peu près ainsi que se modulent les différences fondamentales entre mammifères : des différences de détail et surtout de formes. Que pourraient mieux expliquer d'autres processus que la voie, purement génétique, que vous semblez privilégier.

Que sais-je moi ? Mais vous avez bien raison d'y réfléchir.

[Fulcanelli]

La dernière réflexion me rappelle ces propos de T. Dobzhansky que j'avais relevés:
"Contrairement à l'opinion des anciens généticiens, l'organisme n'est pas un agrégat de traits, de caractères ou de qualités "unitaires". Les traits, les caractères et les qualités ne constituent pas des unités biologiques : ce sont des abstractions, des mots, des moyens sémantiques nécessaires au chercheur pour décrire et communiquer le résultat de ses observations."

bonjour,

pourrais-je avoir la référence d'où sont tirées ces lignes fort pertinentes ?

[My_Clone_is_rich]

pourrais-je avoir la référence d'où sont tirées ces lignes fort pertinentes ?

Curieusement, Dobzhansky a maintenu un mutisme total ces dernières années sur ces mystérieux propos, quelque peu "prémonitoires", qu'il avait jadis tenus...

Je serais curieux quant à moi de connaître de quelle manière M. Fulcanelli interprète ces propos assez conceptuels de Dobzhansky. Ils sont à double ou triple sens il me semble.

Par simple curiosité, serait-ce possible de connaître votre interprétation avant que Pat ne vous donne les références ?

[Fulcanelli]

Ces propos ne sont pas anodins, tout dépend dans quelles perspective on les place.

Philosophie : Dobzhansky adopte une position nominaliste, lourde de conséquences sur le plan ontologique. On ne peut plus remonter à l'essence du vivant si on suit ses préceptes

Il y a aussi une position pragmatique. Les notions servant à transmettre des données sur l'objet sans que l'objet soit pensé. La Vie est donc impensable mais on peut penser les expériences sur la Vie

Maintenant en sciences physiques, on pourrait en dire autant. La science porte sur la manière dont l'homme expérimente les champs, les particules, mais laisse de côté le réel.

Peut-on dévoiler le réel physique ? Et le réel vivant ?

[My_Clone_is_rich]

Ah bon oki oki.
J'avais compris cette citation de Pat tout autrement. Plus proche de l'interprétation consécutive qu'il a donnée que de vos suprenantes, mais ô combien enrichissantes, propositions. Comme quoi, je suis aussi pragmatique que Pat.

Bien que Dobzhansky ait clapsé depuis pas mal d'années, j'avais tout simplement pensé aux nouvelles "compréhensions" génétiques, où le caractère exprimé ne l'est plus sous l'angle "un gène=> un caractère" mais plutôt par de multiples modalités où d'autres agents interfèrent et modulent son expression. Agents externes au génome, mais internes au noyau (quand il y en a), et parfois même externes au noyau mais relatifs aux évènements subis par l'organisme. Où le "gène" n'est plus la particule stockant l'information, mais plutôt un agent dynamique parmi d'autres , qui ensemblent construisent l'expression phénotypique (les protéines pour parler sans snobisme ontologique).
C'est pourquoi j'avais proposé le terme "prémonition". J'avais même pensé à une surprenante et ultra-moderne conception élastique de l'organisme... Par un clapsé.

Merci pour votre réponse en tous les cas ! Bien que j'aie un peu de peine à intégrer ces nouvelles notions de "qualité", de "réel" et d'"essence" dans ce fil sur la cladistique et évolution, j'ai mieux visualisé où nage la conversation.

La Vie est donc impensable mais on peut penser les expériences sur la Vie

Oui, en effet. Je le pense aussi parfois... Je me demande même si penser penser est bien constructif constructif.

[Pat]

Bonjour,

La réponse à "pourquoi" est déjà trouvée par la phylogénie : parce que les mammifères ont hérité cette même structure osseuse de l'ancêtre commun !

On est bien d'accord là-dessus!
Mais...
les détails d'un héritage commun peuvent être conservés chez tous les descendants ou bien disparaître (ou être modifiés) dans un nombres plus ou moins grand de lignées. On peut mettre cette différence sous le compte de phénomènes adaptatifs ou bien sous le compte comme le dit Gould de
"contraintes héritées du passé" qui font qu'une modification d'un trait sera beaucoup plus difficile, même au bout de dizaines de millions d'années.

Mais la question à "comment ?, ou "sous quelles modalités s'exprime le phénotype", n'a pas de lien direct avec ces 7 vertèbres cervicales et ses +/- nombreuses exceptions, qui sont sans doute des événements secondaires.

Hé bien moi je pense que si!
La morphogénèse lors du développement embryonnaire est soumise à des contraintes sévères qui font par exemple que les Vertébrés ont encore besoin de la chorde pour induire la formation d'autres structures. La longueur des vertèbres cervicales varie énormément chez les Mammifères, ce caractère n'est pas très rigide; par contre on ne peut pas dire que le nombre de ces vertèbres soit aussi varaible. Il y a des traits bien plus rigides que d'autres et comprendre pourquoi il en est ainsi est un sujet de recherche intéressant.

S'il y a peu de variantes aux 7 cervicales que l'on a héritées, c'est peut-être bien parce que notre système de réparation d'erreurs de duplication est pas trop mal fichu.

Ravi de voir que vous jouez le jeu vous aussi. Peut-être est ce une explication; peut-être y en a t-il d'autres... peut-être que le programme génétique est vérouillé...

Restent les différences de taille et de forme sous cette structure fondamentale de 7 cervicales, c'est à peu près ainsi que se modulent les différences fondamentales entre mammifères : des différences de détail et surtout de formes. Que pourraient mieux expliquer d'autres processus que la voie, purement génétique, que vous semblez privilégier.

Je crois encore qu'il y a malentendu et que nos désaccords ne sont pas si grands que cela. Ce n'est pas parce que je mets l'accent sur des causes génétiques pour expliquer la constance du nombre de vertèbres cervicales chez les Mammifères qu'il en serait de même à mes yeux à propos de leur longueur ou d'autres caractéristiques morphologiques. Il est clair que la modification de la longueur des vertèbres cervicales ne peut pas s'expliquer que par des causes génétiques, loin de là.

[Pat]

Je viens de découvrir vos messages récents. Je répondrais le plus tôt possible. Par contre pour la citation de Dobzhansky...Arghrr.. je n'avais pas noté la référence ...ni la page. Je vais jeter un coup d'oeil sur la liste de ses ouvrages pour voir si le titre du bouquin ne me revient pas.

[Pat]

Je pencherais pour "génétique du processus évolutif" mais sans en être sûr...
J'avais lu le bouquin (en français) il y a un peu plus de 10 ans et je me demande si à l'époque il n'y avait pas moins d'ouvrage de Dobzhansky traduit en français qu'aujourd'hui, ce qui pourrait aider à procéder par élimination.

[Pat]

Bien que Dobzhansky ait clapsé depuis pas mal d'années, j'avais tout simplement pensé aux nouvelles "compréhensions" génétiques, où le caractère exprimé ne l'est plus sous l'angle "un gène=> un caractère" mais plutôt par de multiples modalités où d'autres agents interfèrent et modulent son expression. Agents externes au génome, mais internes au noyau (quand il y en a), et parfois même externes au noyau mais relatifs aux évènements subis par l'organisme. Où le "gène" n'est plus la particule stockant l'information, mais plutôt un agent dynamique parmi d'autres , qui ensemblent construisent l'expression phénotypique (les protéines pour parler sans snobisme ontologique).

C'est comme cela aussi que je comprends les propos de Dobzhansky. En plus court (et plus jargon) on peut dire qu'il faut tenir compte de l'épistasie et de la pléiotropie... Toutefois je n'irais pas jusqu'à dire qu'un gène ne stocke pas de l'information.

[My_Clone_is_rich]

Je crois encore qu'il y a malentendu et que nos désaccords ne sont pas si grands que cela. Ce n'est pas parce que je mets l'accent sur des causes génétiques pour expliquer la constance du nombre de vertèbres cervicales chez les Mammifères qu'il en serait de même à mes yeux à propos de leur longueur ou d'autres caractéristiques morphologiques. Il est clair que la modification de la longueur des vertèbres cervicales ne peut pas s'expliquer que par des causes génétiques, loin de là.

J’en suis conscient : nos désaccords portent plus sur quelques détails de formulation qu’autre chose. Je joue donc le jeu de discuter, sur le jouet forum, bien entendu.
Par exemple, lorsque vous proposiez « Comment se fait-il que le nbre de cervicales soit si stable ? » je m’étais demandé pourquoi ne vous posez-vous pas la (même) question dans l’autre sens ?
A savoir « que s’est-il passé, ou par quels processus, des différences de nbre de vertèbres surviennent malgré tout, certains se sont fixées dans des lignées, d’autres n’ont pas laissé de descendants ? »
Il est possible qu’en répondant un jour à cette seconde question, par des éléments mutationnels/génétiques, embryologiques (et autres, que sais-je), on réponde par conséquent aux deux formulations. Ce n’était pas si important sans doute que je m’immisce, mais c’est aussi par de pareilles futilités que se remplissent les forums de discussions.
Je me suis dit, allons-y et pinaillons un peu, pas par goût (si, un peu) mais justifié par ma perception du vivant qui est que la duplication de l’identique est la règle, et la fixation de la variation est l’ "exception". Voilà, c’était grosso modo un peu pour ça. Et, du coup, les « contraintes » seraient plutôt la règle elles aussi… Bien que la biodiversité et la polymorphie actuelle actuelle démontrent bien que certaines parties dérogent avec plus ou moins d’efficacité à la "règle" (1).
(1) règle s'entend ici = en tant qu'observation fondamentale des mécanismes de réparation, pas en tant que loi.

Hé bien moi je pense que si!
La morphogénèse lors du développement embryonnaire est soumise à des contraintes sévères qui font par exemple que les Vertébrés ont encore besoin de la chorde pour induire la formation d'autres structures. La longueur des vertèbres cervicales varie énormément chez les Mammifères, ce caractère n'est pas très rigide; par contre on ne peut pas dire que le nombre de ces vertèbres soit aussi varaible. Il y a des traits bien plus rigides que d'autres et comprendre pourquoi il en est ainsi est un sujet de recherche intéressant.

Oui, certes. Proposé de cette manière, ok avec vous. Des contraintes et des variations de développement, peuvent expliquer ces différences de proportions entre espèces.

Je faisais plutôt allusion au fait que les cervicales ont autant d’importance à mes yeux que d’autres modules issus de restes d’ancienne métamérisation. Tout comme les lombaires, dorsales, les côtes et les muscles qui y sont attachés.
Je vous accorde bien entendu que la chorde est d'une importance capitale, et de considérer ces 7 cervicales comme sujet de choix pour étudier comment se forme le (plan d'organisation) et le phénotype - je suppose même que vous avez une idée précise derrière la tête - ; mais je pense de mon côté qu’il n’éclairera qu’une partie des processus du plan d’organisation. Très importante sans doute, et d'autres objets pourraient servir. Je parie même une côte en surnombre que ce processus ressemblera comme un frère à la segmentation du corps des arthropodes…
Et vu que ceux-ci présentent une large marge de manoeuvre entre taxons, il restera (mais ce n’est qu’une intuition) que notre symétrie bilatérale par exemple, sera encore plus contraignante que la métamérisation. Mais tout se discute. Ce sont des appréciations plus subjectives que factuelles.

C'est comme cela aussi que je comprends les propos de Dobzhansky. En plus court (et plus jargon) on peut dire qu'il faut tenir compte de l'épistasie et de la pléiotropie... Toutefois je n'irais pas jusqu'à dire qu'un gène ne stocke pas de l'information.

Moi non plus ! Ma phrase répondait à Fulcanelli et était peut-être maladroite par souci de faire court. Les transferts de noyau en vue clonage démontrent bien que pratiquement toute l’information et clés de construction y sont incluses.
J'ai simplement fait le choix sémantque, puisqu'on n'a pas encore toutes les pièces du puzzle -, par prudence et aussi par plaisir de (ne pas) suivre la mode, je préfère considérer l’adn comme un support, voire comme le support principal des éléments pour la construction, mais pas comme l’information elle-même.

... Le terme "Information", à force d'utilisation abusive par-ci par-là, de réutilisation et répétition à outrance, a perdu de sa substance. Il me semble parfois aussi métaphysique que ceux employés par Fulcanelli. Terme à la mode il est vrai, mais je suis démodé et chiant - c'est finalement une simple question de préférence de termes.

On entend même le terme "information" lorsqu'on cause de corps en mouvement... Ou d'énergie/masse. A ce compte là, quand je chie une pêche c'est aussi de l'information.
Le Redico est un excellent exemple d'usurpation et utilisation abusive de termes : si le Redico est une manière d'opposer des réflexions, alors un gros caca mou est une méthode d'information.

[Pat]

Bonjour,

Ce n’était pas si important sans doute que je m’immisce, mais c’est aussi par de pareilles futilités que se remplissent les forums de discussions.

Aucun problème, je préfère de loin cela à des discussions plates et sans consistance que l'on rencontre assez souvent dans certains forums...

Je parie même une côte en surnombre que ce processus ressemblera comme un frère à la segmentation du corps des arthropodes…

Le fonctionnement des gènes homéotiques appuie cette idée...

Les transferts de noyau en vue clonage démontrent bien que pratiquement toute l’information et clés de construction y sont incluses.

A mon tour de pinailler! Je pense qu'une partie de l'information n'est pas dans les gènes. Pour faire court on pourrait voir les choses également sous l'angle opposé : les facteurs cytoplasmiques déterminent quels gènes seront exprimés ou pas dans une cellule. On peut rétorquer d'un autre côté que ces mêmes facteurs cytoplasmiques ont été codés par l'ADN. Et on pourrait répondre à cela que ce sont d'autres facteurs cytoplasmiques qui ont favorisé en amont l'expression des gènes correspondant, et ainsi de suite... Bref on se ramène à la question de l'oeuf ou de la poule. "L'information" circule dans les deux sens sous deux formes qui n'ont rien à voir mais l'une comme l'autre ont leur importance.

J'ai simplement fait le choix sémantique, puisqu'on n'a pas encore toutes les pièces du puzzle -, par prudence et aussi par plaisir de (ne pas) suivre la mode, je préfère considérer l’adn comme un support, voire comme le support principal des éléments pour la construction, mais pas comme l’information elle-même.

Je ne suis pas sûr d'avoir compris la portée de cette prudence sémantique. Le terme de codage vous conviendrait-il mieux ou pas du tout?

[Jean-Francois]

... Le terme "Information", à force d'utilisation abusive par-ci par-là, de réutilisation et répétition à outrance, a perdu de sa substance. Il me semble parfois aussi métaphysique que ceux employés par Fulcanelli

Parfaitement d'accord, tous les créationnistes se gargarisent avec l'"information", censée être la preuve que Dieu... pardon, le Créateur a "programmé" l'ADN. Le problème est que l'information en biologie peut être rattachée à quelque chose (le codage des a.a., par exemple) mais que dans les "modèles" mathématico-abstraits (du style Dembski et imitateurs), "information" ne veut rien dire.

Jean-François

[ti-poil]

... Le terme "Information", à force d'utilisation abusive par-ci par-là, de réutilisation et répétition à outrance, a perdu de sa substance. Il me semble parfois aussi métaphysique que ceux employés par Fulcanelli

Parfaitement d'accord, tous les créationnistes se gargarisent avec l'"information", censée être la preuve que Dieu... pardon, le Créateur a "programmé" l'ADN. Le problème est que l'information en biologie peut être rattachée à quelque chose (le codage des a.a., par exemple) mais que dans les "modèles" mathématico-abstraits (du style Dembski et imitateurs), "information" ne veut rien dire.

Jean-François

Non,non, il y a les structurels informatifs,la ou le temps l'espace ne sont,une sorte d'effet aux causes de champs subquantique phenomenologique neantiste.
Qui peut nier que nous sommes que de l'informatiere profonde.

[My_Clone_is_rich]

Non,non, il y a les structurels informatifs,la ou le temps l'espace ne sont,une sorte d'effet aux causes de champs subquantique phenomenologique neantiste. Qui peut nier que nous sommes que de l'informatiere profonde.

Pffff. J'aime bien Ti-poil moi ! Un véritable magicien d'Oz dans le cortex.

Qui pourrait bien nier ces balbutiements ? En effet, personne pour l'instant. Nier ou confirmer tes conneries, c'est du pareil au même - c'est ça qui est chouette avec toi: si tu nies tes balbutiements, tu deviens un oiseau rare ; si tu les confirmes, tu restes un ahuri.

Trouve un ahuri qui comprenne ce que tu écris et demande-lui de t'expliquer tes posts. Quand tu auras enfin compris ce que tu as écrit, tu n'as plus qu'à le nier.
Evidemment, si tes conneries sont du second degré, tu confirmes

[ti-poil]

Trouve un ahuri qui comprenne ce que tu écris et demande-lui de t'expliquer tes posts. Quand tu auras enfin compris ce que tu as écrit, tu n'as plus qu'à le nier.

C'etait juste pour rajouter un apport de flux,un p'tit coup circulaire de la transcendance de l'information sur la structure.