Il y a une autre contradiction importante avec la doctrine homéopathie. Le choix des médicaments donnés aux animaux est fondé sur une pathogénésise humaine. Hors, les animaux ne répondent pas nécessairement de la même façon que les humains à un médicament. Pour avoir une homéopathie vétérinaire cohérente, il faudrait qu'il y ai eu une pathogénésis pour chaque espèce soignée. Ce n'est pas le cas.