Je ne peux pas lire le génome de M. pneumoniae (les fichiers sont dans un format inconnu et je ne vois pas quel logiciel télécharger). Quoiqu'il en soit, j'ai déjà illustré ma "règle générale" concernant les familles de gènes par des exemples précis (gènes Hox...) que vous n'avez pas nié - vous ne le pouvez pas : ce sont des faits. A noter que ces familles de gènes sont largement répandues dans le vivant (le premier exemple concerne tous les animaux) ce qui appuie encore plus l'idée d'évolution.
Quoiqu'il en soit, Mycoplasma pneumoniae serait, en tout état de cause, le plus mauvais exemple possible : la perte de la majeure partie de ses gènes, due à sa régression vers une existence parasitaire, ne permet pas de vérification sérieuse de l'existence de familles de gènes (la quasi-totalité d'entre eux ayant été éliminés).
Passons maintenant à un autre sujet où votre incompréhension devient encore plus manifeste : le problème de la topologie de l'espace protéique (comment les protéines "utiles" sont-elles réparties dans les 10E600 possibilités ?) Il s'agit en fait du noyau du problème - et j'ai déjà eu la gentillesse de vous expliquer comment vous pourriez appuyer votre thèse à ce sujet : donnez-moi un seul cas de complexité irréductible (vraiment irréductible, avec impossibilité totale de construire des intermédiaires fonctionnels de quelque manière que ce soit) et je reconnaîtrai que votre position est appuyée par au moins un argument. Vous n'en avez amené aucun à ce jour.
Platecarpus : Oui, et alors ? Vous inversez complètement les données. J'ai cherché combien de séquences intermédiaires étaient nécessaires pour l'évolution du génome du riz (l'un des plus gros connus) - et c'est 10E8.
Julien : Ok, vous dites que l’évolution est plausible si un ensemble de 10E8 séquences « reliées » (et utiles pour le riz) existe effectivement parce que c’est ce que l’évolution nécessiterait. C’est ça ?
Mais bien sûr que cet ensemble existe ! Ce n'est pas une supposition, c'est une donnée : il existe un ensemble de moins de 10E8 séquences (car je suis parti de la prémisse irréaliste que 1000 mutations sont nécessaires à l'apparition de chaque gène - dans la réalité, c'est forcément beaucoup moins : les familles de gènes, entre autres, le démontrent) telles que, reliées entre elles par des mutations, elles ont permis l'apparition du génome du riz.
Reste à savoir si ces 10E8 (ou moins) séquences sont fonctionnelles. J'ai apporté des arguments en faveur du "oui" (le fait qu'il soit possible de relier les fonctions elles-mêmes laisse penser qu'on peut en faire de même pour leur substrat génétique ; les séquences utiles changent continuellement ce qui fait que, sur le long terme, une séquence a de fortes chances d'avoir été utile à un moment donné de l'évolution ; on constate des changements évolutifs importants au niveau génétique, en laboratoire comme dans la nature, ce qui prouve que certaines séquences utiles assez éloignées génétiquement et fonctionnellement sont reliées par des séries d'intermédiaires fonctionnels). Un argument en faveur du "non" serait un exemple de complexité irréductible. Or, vous n'en avez pas.
Platecarpus : Ensuite, vous me dites qu'on peut faire des tas de paquets de 10E8 séquences différentes, dont la plupart ne seront pas intermédiaires - et alors ?
Julien : C’est là tout le problème, voyons ! Vous ne savez pas si les gènes du riz appartiennent à un ensemble de 10E8 séquences qui répond au critère « les séquences sont toutes « utiles » et « reliées » de telle façon qu’on peut passer d’une séquence à l’autre par des « stades » qui sont eux aussi des séquences de l’ensemble »
Mais non, encore une fois : vous n'avez pas du tout compris mon exemple. Peut-être ne vous souvenez-vous pas du début de l'enfilade ? Ce qui est certain, c'est que « le génome du riz appartient à un ensemble de 10E8 séquences qui répond au critère : "les séquences sont toutes reliées de telles façons qu'on peut passer d'une séquence à l'autre par des stades qui appartiennent eux aussi à l'ensemble" ». Reste à savoir si ces stades sont fonctionnels, bien sûr : pour l'instant, tout indique que oui. C'est ce qui nous a permis, après avoir validé l'évolution, de valider un certain modèle d'évolution : par mutations génétiques, dérive génétique et sélection naturelle (c'est le mécanisme de base. Il y a des complications qui apparaissent à plus grande échelle, mais ce n'est pas le problème ici).
Pour l'instant, vous n'avez pas plus attaqué le fait que ce modèle. Vous vous rendez compte ? Même ce que vous avez le droit de critiquer (le modèle en vigueur a toujours été judicieusement critiqué, non pour sa fausseté, mais son incomplétude - et c'est parfaitement normal), vous êtes incapable d'en proposer une réfutation un tant soit peu sérieuse. Votre calcul absurde n'a pas le moindre rapport avec l'évolution par mutations et sélection naturelle !
Platecarpus : D'après mes calculs, il y a 60 zèbres dans ce zoo
Julien : Non, vous ne savez pas si ce sont des zèbres. Autrement dit, vous ne savez pas si les 10E8 séquences sont ***utiles et reliées***. Vous affirmez seulement que c’est ce que l’évolution nécessiterait.
Pour la n-ième fois, je sais que ces séquences sont reliées : c'est en cherchant le nombre de séquences reliées nécessaires à l'évolution du génome du riz que j'ai trouvé le nombre de 10E8 (qui est en réalité un seul maximal nettement au-dessus de la réalité).
Et moi je vous donne des éléments qui permettent de conclure que ce que nécessiterait l’évolution est improbable, ça ne peut pas arriver par hasard parce que le nombre d’ensemble de 10E8 éléments choisies parmi 10E600 est infinie et qu’un nombre « imperceptible » répondront au critère nécessité par l’évolution.
Et alors ? C'est à ce nombre "imperceptible" que je m'intéresse depuis le début - et il existe, ça ne fait pas le moindre doute. Je peux vous écrire toutes ces séquences (si vous me donnez assez de temps) et vous pourrez vérifier qu'elles sont reliées. Pour savoir si elles sont fonctionnelles, nous devons nous en remettre aux données disponibles - et toutes penchent vers le "oui", validant le modèle actuel de description de l'évolution.
Encore une fois, vous n'avez été capable de produire aucune remarque pertinente par rapport à l'évolution. Même vos critiques du modèle néodarwinien (qui est vraiment critiqué par d'authentiques chercheurs - Kimura en est l'exemple parfait - dont le but n'est pas de le réfuter, mais de le compléter) tombent parfaitement à plat.
--modified at Thu, Feb 13, 2003, 15:04:04
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