Réponse de Julien : La « science » informatique repose sur le code binaire.
Bravo.
Elle est une « création intelligente » et probablement la plus utile de tous les temps.
La plus utile, je n'en sais rien - mais son utilité est incontestable.
On créé différents programmes, mais le « vocabulaire » est le même.
Je suis d'accord.
C’est très brillant.
Je suis toujours d'accord, c'est extraordinaire !...
Le code génétique, en base 4, fonctionne d’une façon étonnamment similaire au code génétique.
Le code génétique fonctionne de façon similaire au code génétique ? J'imagine que vous voulez dire informatique à la place du deuxième "code génétique".
Oui, il fonctionne de façon similaire, je suis toujours et encore d'accord. Là où ça deviendrait absurde pour un créateur intelligent, ce serait de fabriquer des ordinateurs dont le code binaire serait toujours le même à quelques exceptions près - par exemple, de créer quelques ordinateurs pour lesquels la correspondance "code binaire<->octets correspondants aux lettres de l'alphabet" (en informatique, une lettre de l'alphabet est codée par une série de 8 bits, c'est à dire de 0 et de 1). A la limite, c'est concevable s'il existe plusieurs ingénieurs distincts, mais s'il n'y en a qu'un seul, c'est une manière de procéder franchement absurde.
Par contre, l'évolution est censée avoir procédé par mutations. Or, certaines mutations modifient très légèrement le code génétique. On devrait donc observer de légères variations dans la nature autour du code en question ; or, c'est exactement ce que l'on voit. Il existe même des raisons pour lesquelles la sélection naturelle aurait pu favoriser des exceptions au code - et, étonnamment, ce sont précisément les rares organismes répondant à ces critères qui en font partie (dont les mitochondries) !
Au passage, les raisonnements par analogie de ce genre (l'ADN mis en parallèle avec le code binaire) ne valent pas mieux que l'histoire de la montre de Paley. En fait, c'est exactement le même argument - avec les mêmes faiblesses et la même incohérence logique. Quoi qu'il en soit, le raisonnement par analogie ("si je vois un programme, je me dis qu'il y a un programmeur... si je vois une montre, je me dis qu'il y a un horloger... donc, si je vois un être vivant complexe, je me dis qu'il y a un créateur") n'est pas accepté en sciences.
P : Bien sûr qu'elles le font. Est-ce que ça les empêche d'avoir un mécanisme de traduction de l'ADN différent ?
J : Toute une réponse ! Vous n’êtes pas un peu confus là ? Le constat de la différence dans le mécanisme de traduction n’est pas venue de l’évolution, en plus !! Il est venu de l’observation.
Bien sûr. Et quel sens a-t-il, sans l'évolution ?
...
Aucun, c'est bien ce qui me semblait. Tandis que si l'on sait que les mitochondries sont des bactéries devenues symbiotiques dont le programme génétique a la fâcheuse tendance d'être intégré par celui de la cellule (car c'est souvent ce qui se passe - et ce qui s'est passé autrefois : certains gènes mitochondriaux sont incorporés par le génome nucléaire), l'intérêt pour la survie d'une mitochondrie d'avoir un code génétique différent de celui de la cellule est évident : les "instructions" présentes dans les gènes de la mitochondrie sont illisibles pour le noyau, et toute "incorporation" devient aussitôt létale. Au passage, ce scénario n'est pas spéculatif du tout : l'incorporation de gènes mitochondriaux par le génome nucléaire est un fait (on l'a observé à plusieurs reprises) et le fait que les mitochondries aient perdu de nombreux gènes par rapport aux bactéries indépendantes les plus proches d'elles en est un aussi (et ce sont des gènes que, ô surprise, on retrouve parfois dans les séquençages du noyau).
Et puisque la biochimie repose entièrement sur l’évolution, j’imagine que vous avez des tas d’exemples où l’évolution nous a permit de déduire les rôles des organites et des différentes réactions biochimiques de la cellules. Merci à l’avance.
Bruno a donné un exemple parfait (et passionnant) - qui ne se passe pas au niveau de la cellule, mais qui concerne toujours la biochimie. Dans ce cas précis, l'évolution a été d'une immense utilité.
P : Vous savez qu'il arrive que plusieurs disciplines soient utiles pour en éclairer une autre ?
J : Et oui, ça arrive ! Bravo ! L’évolution n’est pas une discipline scientifique, hélas. La biochimie se passe complètement de l’évolution (justement), je l’ai démontré par plusieurs points cruciaux de la biochimie (réplication et traduction de l’information génétique, entres autres).
Bruno connaît la biochimie un tout petit mieux que vous (la biologie moléculaire est sa spécialité), et il pense le contraire. J'ai une formation en biologie, incluant des cours de biochimie (contrairement à vous) et je pense la même chose. C'est aussi le cas de Jean-François et, devinez quoi ? il est tout à fait d'accord !
Bien entendu, un argument d'autorité de ce genre n'est pas une preuve. Mais nous vous avons donné plusieurs exemples, que vous avez systématiquement esquivés. Et ça, c'est plus concluant.
Julien : Même si vous ne connaissez pas la raison pour laquelle ce code génétique est différent, vous pouvez en déduire le rôle, par l’observation de ses effets dans la cellule, et même décrire toutes les réactions biochimiques qui y sont reliées. Et tout ça sans savoir si le mitochondrie est l’œuvre d’une création intelligente ou d’une symbiose bactérie-cellule. C’est d’ailleurs très exactement ce qui se passe dans la réalité.
Et quel est le rôle d'un code génétique différent ? Aucun, merci. Il n'y a pas d'explication fonctionnelle du code génétique mitochondrial. Le seul moyen de le comprendre est de faire appel à son origine évolutive - et tous les biologistes sont d'accord là-dessus.
Arrêter de radoter, on a tous compris qu’il existe des familles de gènes !! Le problème reste exactement le même !
Ah, ça y est. Maintenant, passons à votre "preuve" :
Disons que l’« ancêtre » de Mycoplasma pneumoniae possédait 2 x 677 gènes = 1354 gènes. Bon, … ce génome était constitué de 677 familles de 2 gènes chacune. Malheureusement, le « hasard fait en sorte que » tous les séquences similaires disparaissent du génome et on observe aujourd’hui Mycoplasma pneumoniae.
Est-ce que la disparité des séquences est moins importante chez l’ancêtre ? Non. Le problème est le même ! Vous avez 677 familles dispersées dans l’océan des 10E600 possibilités. Passez de la famille A à la famille B (aucune similarité entre les familles) est aussi improbable que de passer du gène A au gène B de Mycoplasma pneumoniae.
Oui, je suis totalement d'accord. L'argument des familles de gènes est clairement en faveur d'une origine des gènes par duplications, mais il ne résout évidemment pas en soi le problème de l'évolution moléculaire. Ceci dit, ce dernier est parfaitement expliqué par le mécanisme standard de mutations et de sélection naturelle.
En jetant le regard sur les génomes des mycoplasma, nous constatons, malheureusement pour vous, que les gènes FONDAMENTAUX, sont dispersés dans l’océan des 10E600 possibilités faisant de la « vie » une complexité irréductible.
Pas du tout. C'est du n'importe quoi total. Rien n'indique que les intermédiaires entre ces gènes soient non-fonctionnels, bien au contraire. J'ai donné mes arguments en faveur du "oui", et vous n'avez répondu à aucun d'entre eux. Vous n'avez pas non plus donné un seul argument en faveur du "non".
Platecarpus : Il s'agit en fait du noyau du problème - et j'ai déjà eu la gentillesse de vous expliquer comment vous pourriez appuyer votre thèse à ce sujet : donnez-moi un seul cas de complexité irréductible (vraiment irréductible, avec impossibilité totale de construire des intermédiaires fonctionnels de quelque manière que ce soit)
Julien : 10E-580 est-elle une impossibilité totale ?
10E-580 est-il un nombre valide ? Non. Pour l'obtenir, on doit partir du postulat que les séquences utiles sont réparties aléatoirement dans l'océan des possibles - le contraire de ce que les données indiquent (ne me ressortez pas que c'est le cas des gènes de Mycoplasma, cette donnée n'a strictement rien à voir avec le problème).
Depuis quand il est possible de relier les fonctions entre-elles ? Pourriez-vous nous faire cette démonstration ? Par exemple, selon vous il est possible de relier les 677 séquences de Mycoplasma pneumoniae par des séquences « utiles » ?
Bien sûr. J'en ai déjà parlé - j'ai donné un exemple, celui de l'appareil de Golgi. Il y en a beaucoup d'autres dans le registre fossile : il est parfaitement possible de relier l'oreille interne des mammifères à la mâchoire des reptiles, les pattes des amphibiens aux nageoires des poissons, les plumes des oiseaux aux écailles des reptiles par une série d'intermédiaires fonctionnels (qu'on retrouve, incroyable hasard, fossilisés). C'est à vous de donner vos exemples de complexité irréductible, maintenant - si vous voulez produire une contre-argumentation un peu sérieuse.
Platecarpus : les séquences utiles changent continuellement ce qui fait que, sur le long terme, une séquence a de fortes chances d'avoir été utile à un moment donné de l'évolution
Julien : Hélas non ! Sa chance, après qq mutations, est de 10E20 / 10E600. Pas assez de temps dans toute l’existence de l’univers pour y arriver, comme mon calcul initial le démontre.
Ce passe de mon message concernait le fait que les séquences utiles changent avec le temps. La chance d'une séquence s d'être utile à un instant donné T est égale à 10E-580. Maintenant, si on regarde un laps de temps plus long, la répartition des séquences utiles changeant sans arrêt, la probabilité que cette séquence-là soit utile est plus élevée. Elle ne doit pas être bien haute pour autant, je vous l'accorde - mais elle augmente, et c'est ça le point important de mon message.
Votre réponse n'a donc strictement rien à voir avec le passage de mon message que vous citez.
Je remarque que vous pigez plutôt lentement ! Le fameux « ensemble » que j’ai décrit pour établir le critère est justement un ensemble de séquences UTILES ET RELIÉES. Bon sang, vous êtes aveugle ! Vous dites : « Reste à savoir si ces stades sont fonctionnels »
Mais ils le sont s’ils font parti de l’ensemble que je décris !! La question est de savoir si les gènes du riz appartiennent à un tel ensemble ! Vous pigez là ??
Ouhlà. C'est confus, ce que vous dites. Le nombre d'ensembles de 10E8 séquences utiles et reliées ne peut être sérieusement évalué par aucun moyen connu. Une limite supérieure est :
10E20/10E8 = 10E12
chiffre qui nous sera d'une totale inutilité par la suite. Car le fait que les gènes du riz appartiennent à un tel ensemble ne peut être vérifié de cette manière-là (certainement pas avec un calcul de probabilités, en tout cas).
P : Pour la n-ième fois, je sais que ces séquences sont reliées
J : J’ai dis ***utiles et reliées***. Combien d’étoiles faut-il mettre ? OUI, OUI, OUI votre ensemble de départ est constitué de séquences reliés.
Alors pourquoi incluez-vous le critère ***reliées*** dans votre formule entourée d'étoiles ? On le sait, qu'elles sont reliées. Il y a une certitude là-dessus. La seule chose que je ne sais pas, c'est qu'elles sont utiles. Une fois de plus, le seul argument contre qui serait recevable serait un exemple de complexité irréductible. Et encore une fois, nous n'en avons pas un seul.
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