P : Cela fait... neuf fois ? que je vous explique que la description du fonctionnement d'un mécanisme biochimique n'est pas tout en biochimie. Il faut aussi comprendre son rôle - trouver une explication fonctionnelle, si vous préférez. Et quand il n'y a pas d'explication fonctionnelle disponible (exemple : le code génétique des mitochondries), il faut trouver une explication de remplacement - l'évolution étant souvent une donnée nécessaire.
J : « Il faut aussi comprendre son rôle » et oui, le rôle des mitochondries (production d’énergie) est compris par l’observation. Il faudra que je répète combien de fois encore ? L’ADN mt n’a pas d’histones et on n’a pas besoin de comprendre ce qui a produit ça (création ou évolution). On le constate, c’est tout. Si vous avez le fantasme de voir l’évolution comme la cause de ces découvertes, libre à vous. Mais ne blasphémez pas contre la biochimie en faisant du mythe de l’évolution sa base alors que c’est plutôt l’empirisme.
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J : Or, la biochimie décrit le rôle des mitochondries et le cycle de l’ATP, ô surprise, sans recours à l’évolution.
P : 36e répétition de la même donnée : La description de réactions biochimiques n'est pas tout en biochimie.
J : C’est au moins la base et 99% de la littérature en biochimie.
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P : en revanche, l'évolution est un des innombrables champs de la connaissance scientifique auxquelles la biochimie est solidement connectée
J : C’est une imbécillité mais bon. Disons que vous aviez raison, comment l’évolution nous a mené à comprendre le rôle [vous aimez parlé de « rôle »] des ARN dans le transfert de l’information génétique ?
Comment l’évolution nous a permis de découvrir le rôle des enzymes indispensables à la réplication de l’ADN, (hélicases, polymérases, protéines qui maintiennent l’ADN en un brin simple, les amorces d’ARN, …).
Selon vous, sans l’évolution, on aurait été incapable de découvrir les rôles de ces biomolécules. Merci de nous faire la démonstration.
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P : Vous pouvez décrire, tout à fait. Par contre, quand vous aurez à comprendre son rôle - le rôle de cette différence - vous ne pourrez rien faire.
J : On est rendu au « rôle de la différence » ! Génial ! C’est quoi la prochaine glissade ? Je propose « la description du sens du rôle de la différence ». lol.
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Julien : Je constate que vous ne répondez absolument pas à l’argument. Donc vous êtes d’accord avec « Passez de la famille A à la famille B (aucune similarité entre les familles) est aussi improbable que de passer du gène A au gène B de Mycoplasma pneumoniae »
P : Tout à fait. Bien sûr, je prends « aussi improbable » dans un sens très large - puisque dans l'absolu, ce phénomène n'a rien d'improbable. Mais je suis d'accord avec cette phrase malgré tout.
J : Bon, vous le direz à JF alors. Et de votre côté, vous me direz pourquoi M. pneumoniae n’est pas un bon exemple pour démontrer que les gènes fondamentaux sont dispersés dans l’océan des 10E600 possibilités.
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P : Je vous répète sans cesse que quelle que soit la disparité des séquences réelles, on ne peut rien en conclure quant à la manière dont les séquences utiles sont dispersées dans l'océan des possibilités.
J : Donc, vous nous dites que la réalité n’est pas une bonne base pour vérifier si les séquences auraient cette tendance mystérieuse que vous leur attribuez à être à une mutation près l’un de l’autre. L’évolution est donc infalsifiable, totalement insensible à n’importe qu’elle donnée biologique. Super !
Les séquences « utiles » observables sont dispersées mais les non-observables ne le sont certainement pas (selon Platecarpus) ! C’est rigolo comme approche.
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P : Vous n'y avez jamais répondu et vous me ressortez systématiquement, devinez quoi ?
J : Tout ce que je peux répondre est : allez voir par vous-même !
http://www.zmbh.uni-heidelberg.de/M_pneumoniae/genome/Get_orf.html
Sur la page même on peut constater que les séquences d’acides aminées des 677 protéines varient entre 80 à 1300 aa (environ). Les séquences d’ADN varient donc d’environ 300 à 4000 bases.
Vous pouvez vérifier cela sans accéder aux séquences. Le nombre d’aa est à même la colonne de gauche. Par exemple dans « A05_orf102 » le 102 veut dire 102 aa. De plus, il suffit de cliquer sur le lien sous « pep » et une autre page internet s’ouvre dans laquelle la séquence est affichée.
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J : 3000 * 10E20 / 10E600 = 1E-577
P : Et non ! Vous savez ce que vous venez de démontrer, là ? L'impossibilité mathématique qu'une mutation soit neutre ou avantageuse. Je sais que c'est un phénomène que vous avez admis (il y a trop de preuves en sa faveur).
J : « Neutre » n’est pas sélectionné par la sélection naturelle. « Avantageuse » ne veut pas dire *nouvelle* fonction. Le contexte du problème est l’apparition d’une fonction complètement différente.
Je reformule plus clairement :
Quelle est votre espérance de gain (défini comme le nombre de séquences « utiles » à FONCTION DIFFÉRENTE que vous « heurtez ») ?
Pour mettre toutes les chances de votre côté, disons que nous sommes « tombé » sur un gène A dont l’une des 3000 variantes est une séquence améliorant la fonction de la protéine dans la proto-cellule. Vous finissez par « tomber » dessus. L’environnement est « favorable » envers cette amélioration. Bon, recommencez, explorez les 3000 variantes de la séquence A’. Ça vous fera 6000 explorées au bout du compte.
6000 * 10E20 / 10E600 = 1E-577
La réponse est la même ! (approx.)
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P : Tiens, depuis quand la discussion est-elle limitée à Mycoplasma pneumoniae ? Jusqu'à preuve du contraire, le thème de notre débat est l'évolution par mutations et sélection naturelle aboutissant à de nouvelles fonctions
J : Oui, et j’ai pris une bactérie à titre d’exemple. C’est plus facile comme ça et puisqu’on prouve que les gènes d’une bactérie n’ont pas dérivé les uns des autres, inutile de débattre sur la possibilité de l’évolution des eucaryotes pluricellulaires. De plus, nous avons accès au génome de Mycoplasma pneumoniae qui est parmi les plus simples organismes vivants. Si les plus simples organismes vivants ne sont pas le fruit de l’évolution, les plus complexes ne le sont pas.
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