>Comment se fait-il que de l'ADN aurait pu dans l'évolution passer du noyau à la mitochondrie et vice-versa alors que les codons n'ont pas la même signification dans ces deux endroits ??
Il semblerait justement que le changement de code génétique au niveau des mitochondries soit ultérieur aux échanges ADNmt->ADN nucléaire : le fait que le génome des mitochondries soit illisible pour le noyau leur a permis de "survivre" en tant qu'"organismes indépendants" (autrement dit, d'éviter de se faire absorber). C'est d'ailleurs cette donnée - l'existence de transferts de gènes, par le passé, de l'ADNmt à l'ADN nucléaire - qui a permis d'expliquer l'originalité du code génétique des mitochondries.
>si la correspondance séquence ADN / Acides Aminés change aussi au cours de l'évolution, ça veut dire qu'il faut que la séquence de l'ADNmt codant pour les protéines change en même temps pour que les protéines synthétisées soient fonctionnelles ?
Pas forcément. Il n'y a que trois codons dans le code génétique mitochondrial qui sont différents du code génétique universel. Une réponse complète nécessiterait plus d'investigations, mais un changement drastique (simultanément dans le code génétique et le génome) ne me paraît pas nécessaire : le code génétique a pu changer dans un premier temps sans rendre les protéines totalement non-fonctionnelles. Il a cependant probablement fallu quelques modifications des gènes codant pour ces protéines pour qu'elles redeviennent aussi fonctionnelles qu'avant le changement de code. Si les trois codons ont changé de signification successivement, c'est un scénario qui me semble très probable.
>es chloroplastes ressemblent beaucoup aux mitochondries. Est-ce que la symbiose amibe-bactérie en est aussi l'origine selon l'évolution ?? Est-ce qu'ils ont des histones ???
Les chloroplastes n'ont pas d'histones et oui, ce sont aussi des symbiontes. D'après les données génétiques, il s'agit tout simplement de cyanobactéries (bactéries photosynthétiques - on les appelait "algues bleues" il y a un certain temps).