Je suis d'accord que n'importe quel terme aurait mené à des situations pareilles, ou même pires. Je pense que sceptique est un bon choix, aussi bon qu'un autre.
Mais ne ne peut blâmer les "sceptiques de l'alunissage" de se dire sceptiques.. malheureusement ils sont techniquement sceptiques. 
La notion de scepticisme scientifique est récente quand on la compare avec l'origine du mot sceptique. Je pense que c'est en anglais et en 1976 que 
skepticism a été utilisé en ce sens (démarche scientifique dans l'investigation du paranormal) pour la première fois ? Tandis que dans le vieux dictionnaire de l'Académie de 1694 on retrouve 
Il n'a guere d'usage qu'en parlant d'une sorte de philosophie ancienne qui establissoit pour principe qu'il n'y avoit rien de certain, & que tout estoit douteux et en 1835 ça s'améliore un peu avec l'ajout suivant: 
Il se dit, dans le langage courant, des Personnes qui affectent de douter de tout ce qui n'est pas prouvé d'une manière évidente, incontestable. Or la science ne fonctionne pas à coup de "incontestable" mais de vérifiable et falsifiable. Le modèle standard en physique n'est pas incontestable mais il est ce qu'on ait de mieux pour l'instant.
Il faut aussi dire que le terme sceptique tel qu'appliqué à la démarche des Sceptiques du Québec perd un peu de son sens quand la situation s'améliore et que les idées reçues baissent. Si une doctrine marginale fait surface une fois de temps en temps, "être sceptique" à son égard est un peu .. enfin, c'est plutôt à cette théorie marginale de se prouver avant qu'on ait à se dire sceptique devant elle. Certes, pour l'astrologie et l'homoéopathie, notions qui sont devenues acceptées par un grand nombre de personnes sans trop qu'on sache comment, on peut encore se dire "sceptique" pour dénoter notre attitude qui tranche avec la majorité. Mais, disons, face à la théorie de l'orgone, je suis plus que sceptique, car ce qui est affirmé sans preuve peut être rejeté sans preuve. On n'a parfois même pas à se fatiguer à être sceptique 
 
 
Bref, tout ça pour dire qu'il faut accepter la polysémie et que sceptique, dans un autre contexte, peut désigner autre chose que le scepticisme dont on traite ici. Tant qu'on spécifie de quel scepticisme il est question il n'y a pas de problème (sceptique du climat est un bon exemple).