Je crois que vous avez mal saisi mon argument. Il n'y en a pas : ce que j'explique, c'est qu'à partir du moment où les propriétés de la protéine codée pour un gène changent, alors la fonction du gène change aussi - et ce même si l'observateur préfère parler d'"amélioration d'une fonction préexistante" plutôt que d'apparition d'une nouvelle fonction.
Voilà votre problème, vous êtes étranger à la logique concrète des probabilités. Même si la sélection « condamne » les échecs, les chances de gains ne s’améliorent pas ! Si vous jetez au poubelle, à chaque tirage, votre billet non gagnant de la loterie, votre chance de gagner au prochain tirage est exactement la même.
Vous n'avez décidément pas compris le principe de la sélection naturelle. Votre exemple du billet de loterie n'a strictement rien à voir avec le fonctionnement du processus : dans le cas de la loterie, les choses sont simples. Si vous avez le bon numéro, vous gagnez le gros lot ; si vous ne l'avez pas, vous avez perdu et les données relatives à votre échec antérieur ne vous resserviront pas. Rien de tel avec la sélection naturelle : dès qu'il y a une toute petite amélioration hasardeuse dans la séquence de votre génome, alors elle est conservée. Si une autre mutation améliore encore un peu la séquence déjà améliorée, alors elle s'ajoutera à la première. De cette manière - et cela passe effectivement par le rejet des variations désavantageuses - la sélection naturelle accumule les variations positives et permet, entre autres, aux changements de fonction génétiques de s'effectuer.
Pour que la métaphore du billet de loterie ait une valeur autre que purement rhétorique, il faudrait que le numéro gagnant soit le même à chaque tirage et que le participant ait le droit de savoir combien de numéros son billet avait en commun avec la séquence gagnante. Ainsi, tirage après tirage, en effectuant de petits changements sur son billet, il pourrait facilement trouver le numéro gagnant et remporter le gros lot. Cela impliquerait effectivement de jeter ses billets perdants à chaque essai. Mais pas seulement : et là, vous auriez un modèle crédible de la sélection naturelle.
Vous avez toujours refusé de comprendre qu’à partir d’une séquence pré-existante et fonctionnelle, on ne peut pas aboutir à une autre par un processus aléatoire*. La séquence X (pré-existante et fonctionnelle) est « loin »** de la séquence la plus proche Y qui code pour une fonction nouvelle. Le problème est simplement qu’il n’existe pas de « chemin » pour se rendre de X à Y en passant par qqchose de fonctionnelle et utile*. La sélection naturelle n’a donc rien à voir dans cette partie du problème que vous refusez de dissocier.
Il n'existe pas de "chemin" ? C'est une supposition parfaitement gratuite. Malgré l'immense complexité des processus biologiques connus, on parvient toujours à trouver un "chemin". Autrement dit, on parvient toujours à reconstituer la manière dont les processus ont évolué (et très souvent, on en retrouve des traces - dans le processus lui-même, qui a pu garder des traces de son "ancêtre", dans les fossiles qui ont enregistré dans l'ordre chronologique les étapes intermédiaires du changement ou dans l'embryologie qui montre que le développement du processus passe par les mêmes stades transitoires non-fonctionnels que ceux qui ont eu lieu lors de son évolution).
Pour que votre hypothèse ne soit pas qu'une spéculation qu'aucune donnée n'appuie (et qu'un volume considérable de données permet de contredire), vous devez fournir au moins un cas où elle s'applique. Cela signifie donner un exemple de complexité irréductible : montrez-moi une séquence, un mécanisme, une fonction biologique qui n'ait pas pu évoluer à partir d'une autre fonction plus simple (ou tout simplement différente). Ce n'est pas très difficile à imaginer, mais beaucoup plus à découvrir en pratique. En fait, d'innombrables cas de complexité irréductible potentiels ont été proposés les uns après les autres mais tous ont été abandonnés une fois qu'on a commencé à connaître un peu mieux leur évolution. Tant que vous n'en aurez pas, votre phrase restera gratuite.
Nous étions d’accord que plusieurs mutations étaient nécessaires pour changer complètement la fonction accomplie par un gène. Est-ce que vous changez d’idée au gré des conclusions que cela fait ressortir ?
Non, pourquoi ? Pour effectuer un changement "radical", "complet", "spectaculaire", de fonction, il faut une accumulation de changements plus petits, chacun d'entre eux étant validé par la sélection naturelle. Où est le problème ?
Faux. Ce qu’elle ne peut pas quitter, sont les qq séquences qui accomplissent la fonction primaire du gène. On ne peut pas passer de la fonction X (et ses variations limitées) à la fonction Y sans passer par des stades non fonctionnels. Pourquoi? Parce les possibilités sont infinies et que nous étions d’accord que le nombre de fonctions/caractères utiles pour un organisme spécifique sont nécessairement limitées (incluant toutes les variations pour une fonction donnée).
Oui, et alors ? En quoi ce simple fait implique-t-il que les quelques "îlots de séquences fonctionnelles" perdus dans "la mer de l'infinité des possibilités" ne sont pas reliés entre eux - ne seraient-ce que par des ponts très étroits, des radeaux instables, des chemins tortueux ? Toutes les séquences connues ont pu être reliées de cette manière. Parfois, elles étaient très proches de séquences fonctionnelles déjà connues (et plus anciennes), ce qui a facilité l'entreprise. D'autres fois, elles étaient plus lointaines, mais on est malgré tout parvenu à reconstruire les étapes intermédiaires. Ces travaux permettent d'expliquer comment des processus observés, connus, validés scientifiquement ont pu être à l'origine de la diversité biologique actuelle : nul besoin de faire appel au surnaturel.
À ce sujet, j’écrivais à JF : « Démontrez moi que le nombres de séquences/gènes utiles pour disons une bactérie n’est pas « raisonnablement limité ». Ce que je veux dire c’est que le nombre de fonctions et de caractères qu’une bactérie peut porter est limité. Les gènes qui codent pour les caractères typiques des mammifères sont d’aucune utilité pour la bactérie, n’est-ce pas ? Ajoutez à ceci le fait que les mutations sont soit neutres ou néfastes presque tout le temps. Autre point : si je vous demandais d’ajouter une fonction ou un caractère à une bactérie, vous diriez quoi? Vous voudriez peut-être y ajouter un cytosquelette, un noyau, … etc. Il y aurait plusieurs possibilités mais il y aurait certainement une limite raisonnable, finie. »
Je n'ai pas grand-chose à y répondre. Cela peut paraître surprenant mais, même si je n'en ai pas la preuve, je suis relativement d'accord avec vous sur ce point. Le nombre de mutations pouvant se révéler bénéfiques pour un organisme A dans un environnement B donnés est nécessairement limité (je ne parle pas de l'ensemble théorique de tous les organismes dans tous les environnements, pour lequel à peu près n'importe quelle séquence pourrait se révéler utile dans au moins un cas de figure). Je ne saurais donner un ordre de grandeur acceptable, et je suis convaincu que votre 10E15 ne signifie strictement rien - ça peut être beaucoup plus. Mais ça peut aussi être beaucoup moins. Il n'existe aucun moyen crédible de vérifier cette estimation. C'est pourquoi, à défaut d'argumenter sur ce chiffre sorti de nulle part, je préfère accepter le principe que le nombre de séquences fonctionnelles est extrêmement limité. Et cela ne conduit pas à rejeter la sélection naturelle, bien au contraire.
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