Et quel est le rôle de cette absence d'histones (ou celui du code génétique différent des mitochondries) ? Une fois de plus, il n'y en a aucun. Il n'existe pas d'explication fonctionnelle satisfaisante.
En revanche, l'évolution fournit une explication historique tout à fait plausible, testable et confirmée. C'est en cela que l'évolution peut être utile à la biochimie : si vous supprimez toutes les possibilités de référence à l'histoire du vivant, comme dans l'exemple de Bruno, comme dans celui du code génétique mitochondrial, il y a beaucoup de systèmes biochimiques auxquels vous ne comprenez plus rien. Comme si vous abolissiez d'un seul coup les lois de la physique ou la biologie cellulaire.
C’est au moins la base et 99% de la littérature en biochimie.
La description des réactions chimiques ? Vous êtes sûr ? 99 % de la littérature ne contiendrait aucune référence à la fonction des systèmes biochimiques, à la manière dont ils s'intègrent à l'ensemble de la biologie (y compris à l'évolution) ou à leur origine ? Elle se limiterait à la description des réactions chimiques ? Comme le dit Jean-François, les biochimistes doivent vraiment n'aimer que les équations chimiques pour se limiter à ce point de vue et s'interdire tous les autres.
C’est une imbécillité mais bon. Disons que vous aviez raison, comment l’évolution nous a mené à comprendre le rôle [vous aimez parlé de « rôle »] des ARN dans le transfert de l’information génétique ?
Comment l’évolution nous a permis de découvrir le rôle des enzymes indispensables à la réplication de l’ADN, (hélicases, polymérases, protéines qui maintiennent l’ADN en un brin simple, les amorces d’ARN, …).
Selon vous, sans l’évolution, on aurait été incapable de découvrir les rôles de ces biomolécules. Merci de nous faire la démonstration.
Ce n'est pas du tout ce que j'ai écrit. Une fois de plus, vous vous construisez un épouvantail pour le détruire superbement et vous offrir l'illusion que vous avez démoli l'évolution. Désolé, vous ne vous êtes attaqué qu'à une pâle caricature.
En revanche, quand nous avons découvert la structure de l'ADN et montré qu'elle n'était pas sensible aux mutations chez les bactéries, le concept d'évolution nous a permis de l'extrapoler à l'ensemble du vivant : si la double hélice ne peut pas muter, alors elle doit être identique chez tous les êtres vivants. Si le contraire avait été vrai - si nous avions eu des bases exotiques*, des triples hélices ou des ADN sans phosphate - nous aurions eu une réfutation définitive que la diversité de la vie s'explique par une série de mutations. C'est parce que nous savions au-delà d'un doute raisonnable que l'évolution avait eu lieu qu'on a pu commencer à appliquer directement les découvertes faites sur les bactéries à l'être humain et aux drosophiles.
*Autres que A, T, C et G. Par exemple, des chercheurs japonais ont récemment réussi à synthétiser deux bases différentes - baptisées S et Y - et à les intégrer à l'ADN du bactérie. Ils ont évidemment dû manipuler la machinerie de transcription et traduction des informations génétiques pour que ces nouvelles bases soient "lisibles" par l'organisme. C'est le type même de travail très simple qu'un concepteur intelligent peut accomplir mais dont l'évolution serait totalement incapable.
Bon, vous le direz à JF alors.
Pourquoi, JF n'est pas d'accord pour dire que le passage « famille de gènes A->famille de gènes B » est aussi "difficile" que le passage « gène A->gène B » ? Ce n'est pas ce qu'il me semble avoir lu de sa part.
Et de votre côté, vous me direz pourquoi M. pneumoniae n’est pas un bon exemple pour démontrer que les gènes fondamentaux sont dispersés dans l’océan des 10E600 possibilités.
Premièrement, parce que M. pneumoniae a perdu une grande partie de ses gènes. Elle n'a pas tous les « gènes fondamentaux » nécessaires, puisqu'elle a besoin de parasiter des eucaryotes pour survivre.
Deuxièmement, et une fois de plus, le fait que les gènes de M. pneumoniae (et ce même si elle était un organisme indépendant : ça ne changerait rien à l'argument) soient dispersés dans l'océan des possibilités ne signifie rien quant à l'évolution des gènes. J'ai déjà démontré que même si les séquences étaient dispersées à l'extrême, cela n'aurait rien à voir avec l'évolution, qui autorise parfaitement ce cas de figure (voir https://forum-sceptique.com/archives/44033.html ).
Donc, vous nous dites que la réalité n’est pas une bonne base pour vérifier si les séquences auraient cette tendance mystérieuse que vous leur attribuez à être à une mutation près l’un de l’autre. L’évolution est donc infalsifiable, totalement insensible à n’importe qu’elle donnée biologique. Super !
Pure formule de rhétorique. D'abord, cette "propriété" que je "leur attribue" n'a rien de mystérieuse : c'est une conséquence logique des contraintes physiques qui pèsent sur le vivant. Ensuite, ce que vous appelez "la réalité" est en fait une base de données bien plus restreinte - le seul génome de Mycoplasma pneumoniae ! J'ai déjà expliqué pourquoi ce n'était pas une donnée pertinente (pas parce que c'est un parasite - ça, ça permet de montrer en quoi ce n'est pas un bon exemple pour les familles de gènes - mais parce que son génome ne répond pas aux critères requis pour tester l'évolution).
En revanche, la réalité fournit bien d'autres données qui permettent de mettre l'évolution à l'épreuve des faits : est-il possible d'observer une série de mutations menant à un changement de fonction d'un gène ? Chez les organismes très perfectionnés, n'ayant pas subi de "dégénérescence" parasitaire, y a-t-il des familles de gènes accomplissant chacun une fonction différente ? Des gènes quasi-identiques chez des organismes distincts peuvent-ils accomplir des fonctions très différentes ? Les mutations et la sélection naturelle sont-ils susceptibles d'amener un changement moléculaire, morphologique et/ou fonctionnel substantiel si on les teste en laboratoire ?
La réponse à ces quatre questions est oui. J'ai déjà détaillé mes exemples à ce sujet, et vous n'y avez pas répondu, préférant vous enfermer dans la répétition des mêmes données sur le génome de Mycoplasma - même si elles n'ont rien à voir avec l'évolution.
Tout ce que je peux répondre est : allez voir par vous-même !
http://www.zmbh.uni-heidelberg.de/M_pneumoniae/genome/Get_orf.html
Sur la page même on peut constater que les séquences d’acides aminées des 677 protéines varient entre 80 à 1300 aa (environ). Les séquences d’ADN varient donc d’environ 300 à 4000 bases.
Vous pouvez vérifier cela sans accéder aux séquences. Le nombre d’aa est à même la colonne de gauche. Par exemple dans « A05_orf102 » le 102 veut dire 102 aa. De plus, il suffit de cliquer sur le lien sous « pep » et une autre page internet s’ouvre dans laquelle la séquence est affichée.
Merci pour l'information, mais je ne parviens toujours pas à afficher la page. En l'absence de données, je vais considérer que ce que vous dites est vrai - qu'il n'existe pas de familles de gènes chez Mycoplasma (ce dont je n'ai après tout aucune raison de douter : c'est un parasite d'une extrême simplicité, qui n'a gardé que les quelques gènes vraiment nécessaires à sa survie). Une fois de plus, ce fait ne suffit pas à contrebalancer tous les exemples de familles de gènes existantes - et il n'est pas vraiment pertinent pour juger de l'évolution.
« Neutre » n’est pas sélectionné par la sélection naturelle. « Avantageuse » ne veut pas dire *nouvelle* fonction. Le contexte du problème est l’apparition d’une fonction complètement différente.
Je suis d'accord, mais le contexte de votre calcul est-il le contexte du problème ? Non. Vous êtes parti du nombre de 10E20 qui est le nombre de séquences utiles total, et non celui des "groupes de séquences utiles accomplissant une seule et même fonction". Ensuite, vous êtes parti du postulat non-formulé qu'elles étaient distribuées aléatoirement au sein de l'hypercube (ou de l'océan) des possibles (ce qui n'est justifié ni par la logique ni par les données) pour en conclure que la probabilité d'arriver à une séquence fonctionnelle à partir d'une autre séquence fonctionnelle par mutation était quasi-nulle.
Bien sûr, on sait qu'il est très courant qu'une mutation fasse passer d'une séquence fonctionnelle à une autre. La simple existence des mutations avantageuses permet de savoir que le passage d'une séquence fonctionnelle à une autre accomplissant une fonction légèrement différente est un fait.
De proche en proche, il n'y a aucune raison pour que l'accumulation des petits changements de fonction que l'on constate ne produise pas de changements plus radicaux - des transformations de fonctions complètes, finissant par produire l'extrême diversité des génomes comme celui de Mycoplasma. En fait, il suffit d'extrapoler ce que l'on observe ici et maintenant à l'échelle des temps géologiques pour en conclure que l'évolution ne peut qu'avoir lieu : et quand on observe des populations d'êtres vivants sur un laps de temps suffisant, que constate-t-on ? De vastes changements de fonction, des organes qui se perdent, qui apparaissent, qui se modifient, des symbioses qui émergent, des bactéries qui résistent aux antibiotiques ou qui se nourrissent de produits chimiques synthétisés par l'homme (comme le nylon), des spéciations (formations de nouvelles espèces)... Les archives géologiques ne montrent pas autre chose (à une échelle plus vaste) : les taux d'évolution observés dans la nature sont sensiblement les mêmes que ceux que l'on calcule en mesurant les séries de fossiles*.
*Ca ne signifie évidemment pas que l'on peut extrapoler tous les phénomènes évolutifs à partir de ce qu'on observe "ici et maintenant". Je rappelle simplement que les changements plus ou moins grands que l'on a l'occasion d'observer à l'échelle d'une vie humaine s'accumulent sur des périodes de temps plus longues, et qu'on observe effectivement l'accumulation de ces petites modifications dans le registre fossile. Ca ne signifie pas que l'évolution, à l'échelle des dizaines de millions d'années, ne possède pas de "propriétés émergentes" qu'on aurait eu du mal à prédire sur la seule base des mécanismes évolutifs fondamentaux : c'est vrai d'à peu près tous les phénomènes physiques ou biologiques connus, et l'évolution ne fait pas exception.
Oui, et j’ai pris une bactérie à titre d’exemple. C’est plus facile comme ça et puisqu’on prouve que les gènes d’une bactérie n’ont pas dérivé les uns des autres, inutile de débattre sur la possibilité de l’évolution des eucaryotes pluricellulaires.
Oui, mais "on" ne "prouve" absoluement pas que les gènes de la bactérie n'ont pas dérivé les uns des autres. Et encore une fois, le thème du débat est l'évolution de nouvelles fonctions : on a des exemples tirés de la génétique, de la microbiologie et du registre fossile (entre autres) qui apportent des données intéressantes par rapport à ce débat.
De plus, nous avons accès au génome de Mycoplasma pneumoniae qui est parmi les plus simples organismes vivants. Si les plus simples organismes vivants ne sont pas le fruit de l’évolution, les plus complexes ne le sont pas.
Il n'y a aucune raison de supposer que Mycoplasma n'est pas le fruit de l'évolution, bien au contraire : les chercheurs qui ont séquencé son génome voient eux-mêmes un intérêt évolutif à ce séquençage et le discutent en détails dans les articles qu'ils écrivent.
En tout état de cause, le thème que vous souleviez avec le génome de Mycoplasma était celui des familles de gènes : vous avez souligné qu'il n'en contenait pas, ce qui n'invalidait en rien les nombreux exemples que nous avions donnés pour d'autres organismes. Par ailleurs, le fait qu'il ait subi une simplification due à son mode de vie parasitaire en faisait la plus mauvaise source de données possible. Je citais l'évolution d'eucaryotes complexes dans un tout autre contexte, celui de la possibilité de relier des fonctions différentes entre elles (j'avais deux exemples : la mâchoire des reptiles qui avait donné l'oreille moyenne des mammifères, et l'appareil de Golgi qui était une expansion du réticulum endoplasmique). Je ne vois pas en quoi, même si votre argument sur Mycoplasma était recevable, il aurait quoi que ce soit à voir avec les exemples en question.
--modified at Fri, Feb 21, 2003, 16:14:00
--modified at Fri, Feb 21, 2003, 16:14:43
--modified at Sat, Feb 22, 2003, 14:44:12
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