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Vous comprenez décidément ce qui vous arrange


R: Re:Retournons au concret, merci -- Julien
Posté par Platecarpus , Feb 02,2003,13:35 Index  Forum

Julien :
Complètement à côté, pour la Xième fois … Mon calcul propose de se placer dans le contexte d’une espèce de bactérie qui graduellement acquiert des nouvelles fonctions via des nouveaux gènes. Bon, ça c’est clair ? Je prends pour exemple les organismes les moins complexes qui existent (600 à 700 gènes). Leurs protéines sont diversifiées à l’extrême. Des protéines de 100 à 1000 acides aminées dont la fréquence des acides aminées et la séquence n’est pas du tout similaire d’une protéine à l’autre.

Qu’est-ce que vous apportez en réfutation? L’hémoglobine, différente chez DIVERS espèces de vertébrés. Complètement hors contexte !

Vous avez vraiment l'art de passer à côté des données qui ne vous arrangent pas. L'exemple de l'hémoglobine visait à prouver un point bien précis : une série de mutations canalisées par la sélection naturelle permet d'apporter un changement de fonction, et rien d'autre (au passage, vous n'y avez jamais répondu). Le point - totalement indépendant, même s'il va dans le même sens - il existe toujours dans le génome d'un même individu des gènes très proches accomplissant des fonctions différentes est appuyé par d'autres exemples. Ce sont ceux des "familles de gènes". Et oui, il existe des familles de gènes chez les bactéries comme chez les autres organismes.

Que les choses soient claires : tous les gènes n'appartiennent pas à une seule et même famille. C'est un tableau irréaliste, que la théorie de l'évolution ne prédit pas. Mais le fait que nombre de gènes distincts, accomplissant des fonctions différentes, aient de longues séquences communes est un indice en faveur de leur origine évolutive commune. C'est aussi une preuve que les mutations sont tout à fait capables d'être à l'origine de changement de fonctions importants (donc d'augmentation d'information). Une fois de plus, vous préférez vous réfugier dans l'imaginaire (en esquivant les données et en en inventant d'autres) plutôt que de reconnaître que vos calculs sont détachés de toute réalité biologique.

Selon votre croyance, ces 600-700 gènes ont dérivé les uns des autres par un faible pourcentage de bases d’un gène à l’autre. C’est bien ça ?

Bien sûr qu'ils ont dérivé les uns des autres. Un processus de modifications graduelles - semblable à celui que l'on observe aujourd'hui dans la nature : les organismes se transforment lentement et en permanence - est une cause infinimement plus probable que l'émergence instantanée de toutes les fonctions de la cellule, parfaitement coordonnées. Le fait que l'accumulation de petits changements conduise, avec le temps, à des changements plus importants est un point secondaire et parfaitement logique de la théorie de l'évolution. Il n'y a vraiment pas de problème à ce niveau-là.

Vous ne comprenez rien !! Si la séquence S1 (de 1000 bases disons) ne peut donner naissance à une autre séquence utile que par un MINIMUM de 25 mutations (ou stades), cela implique que les 25 « intermédiaires » doivent être utiles.

C'est un point qui est exact, que j'ai formulé explicitement et en faveur duquel j'ai apporté plusieurs arguments (les cas d'évolution génétique avec changement de fonction observés, les familles de gènes...). Pourquoi faites-vous comme si je ne l'avais pas remarqué ?

Même chose pour passer de S2 à n’importe qu’elle autre séquence. L’implication de ceci est clair : on a besoin d’un pourcentage élevé de séquence utiles/possibles.

Pas du tout. Prenons le génome du riz : 60 000 gènes. C'est beaucoup - l'un des génomes les plus vastes connus, en fait. Partons du principe que ces 60 000 gènes dérivent d'un ancêtre commun - disons un gène de 1000 bases perdu quelque part dans l'immensité de l'arbre évolutif des ancêtres du riz.

Maintenant, cartographions l'espace protéique de notre plant de riz : comme tous les espaces protéiques, il contient 10E600 gènes de 1000 bases possibles. Combien y a-t-il de séquences utiles au sein de cette immensité des possibilités ? Il n'existe aucun moyen fiable de parvenir au chiffre exact, mais prenons une estimation réaliste - 10E20 séquences utiles. Ces "séquences utiles" sont propres à l'espace protéique du riz : un gène qui pourra servir à cette plante ne servira pas à une souris, et ce qui pourra éventuellement être utile à la souris ne sera d'aucun intérêt pour une éponge.

Reprenons les 60 000 gènes réels du plant de riz. Ce sont des séquences qui appartiennent à l'ensemble des 10E20 séquences utiles. Maintenant, combien nous faut-il d'intermédiaires pour relier ces gènes à leur ancêtre commun ?

Comme nous n'avons pas d'estimation réaliste, prenons cette fois le chiffre le plus élevé possible (ce qui revient à rendre la tâche d'autant plus difficile à l'évolution) : 1000 intermédiaires. Cela correspond à 1000 mutations, impliquant que tous ces gènes sont le plus éloignés possible les uns des autres. Là encore, cela revient à prendre une estimation beaucoup plus pessimiste que la réalité biologique (pour relier les différents membres d'une même famille de gènes, il ne faut parfois que 5 ou 6 mutations).

Si l'on prend l'ensemble de tous les gènes réels, du gène ancestral et de toutes les formes de transition qui relient les premiers au second, nous avons donc :

60 000 x 1 000 = 6 x 10E7

C'est nettement inférieur au nombre de séquences utiles (10E20). Autrement dit, l'existence du faible ratio séquences utiles/séquences possibles n'invalide pas du tout l'évolution. Votre calcul ne réfute pas l'évolutionnisme : il ne réfute qu'une hypothétique théorie qui soutiendrait que tous les gènes sont apparus simultanément par assemblage aléatoire de nucléotides (une théorie bizarre, d'ailleurs). D'ailleurs, le seul point de vue assez absurde pour imaginer une apparition simultanée de tous les gènes et de tous les êtres vivants (même quand les archives géologiques et les expériences biologiques indiquent le contraire) est le créationnisme. Circonstance aggravante, le créationnisme suppose l'existence de forces surnaturelles. Entre une théorie qui ne nécessite que des mécanismes observés et vérifiés pour expliquer les faits, qui y parvient remarquablement bien et est confirmée par plusieurs indices, et une théorie invérifiable faisant appel à des entités surnaturelles, ma préférence va spontanément à la première, pas vous ?

Or, dans la réalité, ce pourcentage est presque nul. (10E-580). Autre point ; la réalité est que les séquences sont 80% différentes (sinon plus !) impliquant qu’un grand nombre de mutations auraient dû être nécessaire pour passer de l’une à l’autre.

Tout à fait. Et ce grand nombre de mutations est suffisamment petit pour que tous les intermédiaires entre les différents gènes soient fonctionnels.

Pour que votre scénario soit probable, il aurait fallu que les séquences dans un même génome soient 90% identiques, donc, qu’il suffisent de 2 ou 3 mutations pour passer d’une fonction à une autre totalement différente.

Non. L'évolution a tout à fait pu produire des gènes très différents, et elle l'a fait.

Au passage, pour mon calcul ci-dessus, j'ai uniquement considéré l'espace protéique du riz (avec ses 10E20 séquences utiles). Mais cet espace protéique - avec ses séquences utiles bien à lui - n'est pas le même que celui de ses ancêtres, des plantes différentes qui vivaient dans d'autres environnements (si on remonte assez loin, ces ancêtres deviennent des bactéries). Autrement dit, certaines séquences inutiles aujourd'hui ont pu ne pas l'être par le passé : ce peut tout à fait être la cas des séquences transitoires, par lesquelles sont passés les gènes du riz en se diversifiant. Par conséquent, votre estimation (qui ne valait déjà rien si on considère le seul espace protéique du riz) est d'autant moins recevable : le nombre de séquences fonctionnelles est largement suffisant pour contenir toutes les séquences existantes, aussi différentes soient-elles, et tous les intermédiaires entre elles. Mais si vous comptez l'ensemble de toutes les séquences qui ont été fonctionnelles, vous parvenez à un nombre bien plus grand encore. Puisque la diversification des gènes s'est fait sur toute la durée de l'évolution, le calcul que vous nous proposez est très loin - contrairement à vos illusions - de réfuter le fait de l'évolution.

Oui, 10E20 c’est beaucoup ! Mais il faut le comparer au nombre de possibilités ! 10E600 !! Si les gènes de 1000 bases ne mutaient que sur les 35 dernières bases et que les 965 autres bases demeuraient inchangées, là seulement on pourrait dire que les différents gènes auraient pu dériver les uns des autres. Parce que à ce moment, le nombre des possibilités est juste un peu plus que le nombres des séquences utiles et il serait raisonnable de penser que les séquences « utiles » puissent être relié par des stades utiles.

Raté. Comme je l'ai détaillé plus haut, si on fait le calcul, le nombre de possibilités est largement plus grand que le résultat de l'addition "gènes existants+intermédiaires entre eux".

L'évolution est un fait scientifique, qui a été admis par tous les biologistes. Vous ne gagnez rien à le nier - vous savez parfaitement qu'à une époque, le créationnisme a été la théorie dominante, et qu'il a été rejeté par les progrès de la science. Il n'est pas utile de revenir là-dessus - pas plus qu'il n'est utile de revenir sur la rotondité de la planète Terre ou l'existence des électrons. Toutes les données - biologiques, génétiques, morphologiques, systématiques, biogéographiques, moléculaires, immunologiques, paléontologiques - plaident en faveur de l'évolution. Les estimations mathématiques réalistes (qui ne déforment pas la théorie de l'évolution à des fins propagandistes - par exemple en affirmant qu'elle laisse le rôle principal au hasard en laissant de côté la sélection naturelle, mécanisme anti-aléatoire s'il en est) ne font que confirmer la valeur de cette explication scientifique.
Il y a eu une époque où, en science, il aurait fallu faire appel à des explications surnaturelles partout - pour expliquer les cycles jour/nuit, la division cellulaire, la croissance des êtres vivants, la diversité de la vie sur Terre et le phénomène de combustion. Aujourd'hui, ce n'est plus le cas - parce que notre compréhension de ces phénomènes de la nature est devenue satisfaisante. Si vous voulez faire de la science, il faut aller de l'avant - s'attaquer à ce qui reste inexpliqué. Pas ressortir de leur placard les vieilles explications par le surnaturel.


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