C’est de la spéculation ! Malgré que je sois plutôt d’accord avec la plausibilité d’un scénario de perte de gènes, je garde à l’esprit que cela ne s’appui sur rien de solide ! C’est juste théoriquement possible et une théorie ne peut pas réfuter le fait de la disparité des gènes de M. pneumoniae!
Hum... c'est une théorie que M. pneumoniae a un mode de vie parasitaire ? Le fait que les mycoplasmes ne possèdent pas tous les gènes fondamentaux nécessaires à leur survie, c'est une spéculation ? Même si vous ne faites pas référence à sa cause (une simplification parasitaire somme toute assez banale, impliquant la perte de nombreuses fonctions), le phénomène reste réel. C'est pourquoi il est parfaitement logique - et même prédictible - que Mycoplasma soit un des rares organismes à ne pas posséder de familles de gènes, ou à en posséder un petit nombre.
Quant à la disparité des gènes de M. pneumonia, je n'ai jamais tenté de la réfuter. C'est un fait. Ce que je nie, c'est ce que ce fait permette de réfuter la théorie de l'évolution - et j'ai expliqué pourquoi à https://forum-sceptique.com/archives/44033.html . Votre seule contre-attaque (comme nous le verrons plus bas) a été : « Ah bon, mais alors dans ce cas-là l'évolution est irréfutable et n'est pas scientifique ! » Un peu léger : l'évolution est parfaitement réfutable. J'ai donné un grand nombre d'expériences qui auraient permis sans problème de falsifier la théorie de l'évolution (par exemple, si la méthode Evolutionary Trace était inefficace, l'évolution ne serait plus cohérente avec les faits).
Le fait qu'une théorie soit réfutable implique qu'elle prédise de manière suffisamment précise les résultats d'un petit nombre d'expériences - pas de toutes les expériences. Le fait que l'immense majorité des expériences imaginables soient cohérentes avec une théorie scientifique (qui autorise tous les cas de figure) n'implique pas que celle-ci est irréfutable - cela signifie tout simplement que seules quelques expériences pertinentes permettent de trancher, donc de valider ou de rejeter la théorie. Les autres sont tout simplement hors sujet. Et j'ai déjà expliqué en quoi, dans le cas de l'évolution par sélection naturelle, le génome de Mycoplasma était une donnée hors sujet (l'évolution est parfaitement compatible avec tous les degrés de disparité génétique possibles dans ce génome).
Maintenant, passons aux familles de gènes : leur pertinence est double. Premièrement, la théorie de l'évolution considère que l'apparition de nouvelles informations génétiques a lieu grâce à des duplications, suivies de mutations, de gènes préexistants (plutôt que par ajouts successifs de bases individuelles). Comme Jean-François l'a mentionné, un rapide survol des publications scientifiques permet de voir que c'est une hypothèse largement acceptée qui a donné lieu à de nombreuses recherches l'ayant pratiquement toujours confirmée. Dans ce cas, si on prend un organisme considéré comme ayant acquis récemment de l'information génétique supplémentaire, on devrait y trouver des gènes codant pour des fonctions très différentes mais dont les séquences seraient quasi-identiques - autrement dit, des familles de gènes fonctionnellement distincts mais issus de la réplication et de petites modifications d'un "ancêtre commun". C'est précisément ce qu'on trouve, et c'est cohérent avec les prédictions de l'évolution.
Deuxièmement, pour que la théorie de l'évolution soit valable, il faut que le mécanisme d'acquisition de nouvelles fonctions par mutations soit efficace : autrement dit, pour le confirmer, il suffit de montrer qu'une petite variation dans la séquence d'un gène suffit à lui donner une autre fonction. C'est le phénomène dont vous répétez qu'il est impossible : or, nous avons des familles de gènes quasi-identiques accomplissant des fonctions très différentes. Il suffit d'un petit nombre de mutations pour passer de l'un à l'autre : c'est une confirmation claire des mécanismes évolutifs. Cette observation est concordante avec les nombreuses expériences en laboratoire et les observations dans la nature où on a observé une évolution génétique importante, due à une série de mutations permettant l'émergence de nouvelles fonctions.
Malheureusement, d’une part vous démontrez que l’évolution est infalsifiable (elle prévoie tous les cas de figure) et d’autre part vous faites des efforts pour rien puisqu’une théorie ne vaut pas un fait (vous devriez savoir ça!). J’ai parlé de la disparité des gènes pour justifier l’utilisation de p = 10E20 / 10E600. Bref, si les gènes fondamentaux n’étaient pas dispersés, on aurait le droit de croire que, par miracle, les 10E20 séquences sont concentrées en un « point » de l’océan, et on aurait eu un fait à l’appui. Or, la réalité démontre la disparité des gènes fondamentaux.
...laquelle est parfaitement compatible avec l'évolution. Le problème n'est pas de savoir si on a "le droit de croire" que la théorie est juste : il suffit de voir si elle est cohérente avec les faits ou non. Ca n'implique évidemment pas que la théorie de l'évolution est infalsifiable, comme je l'ai expliqué plus haut.
Platecarpus : pas parce que c'est un parasite - ça, ça permet de montrer en quoi ce n'est pas un bon exemple pour les familles de gènes - mais parce que son génome ne répond pas aux critères requis pour tester l'évolution).
Julien : Bizarre, y’a pas si longtemps, le virus répondait à ces critères, selon vous. Passons.
Vous avez vraiment le don de tout déformer. Où y a-t-il une contradiction ?
1°) Le seul génome de Mycoplasma ne permet pas de savoir s'il y a eu évolution ou non.
2°) Si on veut observer l'évolution en action, on peut aussi bien utiliser des virus que n'importe quel autre organisme vivant ; les virus sont susceptibles de muter et soumis à la sélection naturelle. On peut donc les utiliser pour observer les mécanismes évolutifs.
Le génome de M. pneumoniae répond aux critères nécessaires pour savoir si les gènes fondamentaux sont dispersés ou non dans l’océan des possibilités. C’est juste ça qui est intéressant ! Même si M. pneumoniae vient d’une ancienne bactérie non-parasite avec 677 familles de 2 gènes chacune, le tableau est le même !!
La notion de « gènes fondamentaux » me paraît très floue. Ensuite, j'ai déjà expliqué longuement pourquoi la disparité du génome de Mycoplasma n'était pas une donnée recevable contre l'évolution0
Les familles de gènes ne sont pas une réfutation à l’argument de la disparité des gènes fondamentaux.
Je suis bien d'accord. Les familles de gènes fournissent leur propre argument, qui n'a rien à voir avec votre erreur concernant sur les "gènes fondamentaux" : celle-ci n'a même pas besoin de faits pour être réfutée. Elle est biaisée logiquement à la base.
Je l’ai expliqué : il ne vous reste qu’à répondre à cette explication que j’ai donnée, arrêtez de faire comme si je n’avais pas expliqué pourquoi votre pauvre réfutation est invalide !!
Premièrement, ma véritable réfutation de l' « argument » des gènes fondamentaux est à https://forum-sceptique.com/archives/44033.html et elle n'a rien à voir avec les familles de gènes. Vous n'y avez jamais répondu. Deuxièmement, si les familles de gènes apportent des données pertinentes au débat, c'est pour des raisons qui n'ont rien à voir avec votre délire sur les gènes fondamentaux. Vous n'y avez pas répondu non plus, préférant prendre un de mes arguments au hasard, un des vôtres au hasard et affirmez (sans qu'il n'y ait le moindre lien entre les deux) : « Votre pitoyable argument ne réfute pas le mien ! »
C’est là tout le problème. J’ai confirmé plusieurs fois que, oui, il est **possible** qu’ « autour » de la séquence A il existe les séquences A’, A’’, … etc qui codent pour des protéines quasi identiques qui elles, accomplissent sensiblement la même fonction.
De manière légèrement différente, très souvent (sinon, les mutations qui font passer de A à A' ne seraient pas avantageuses, mais neutres). Autrement dit, elles codent pour des fonctions légèrement différentes. Encore une fois, il n'y a aucune raison pour que, de proche en proche, on ne puisse pas assister à des changements de fonctions beaucoup plus vastes. C'est une idée recevable, qui se vérifie en laboratoire et dans la nature : les mutations positives s'accumulent, et, au fur et à mesure que le génome évolue, la morphologie fait de même. L'intervention de la sélection naturelle garantit que les séquences ne s'égareront pas dans l'ensemble - extrêmement vaste - des possibilités inutiles : elles s'amélioreront progressivement*. L'évolution à vaste échelle ne procède pas autrement.
* Evidemment, quand j'écris que les séquences « s'améliorent », cela signifie juste qu'elles « assurent une meilleure adaptation de leur porteur aux conditions environnementales immédiates ». Comme les conditions environnementales changent sans arrêt, une séquence optimale ne le reste jamais très longtemps. C'est pour cette raison (ainsi que parce que certaines mutations ayant un effet visible sont neutres, donc susceptibles de se répandre aléatoirement et éventuellement de s'imposer) que l'évolution a lieu. Le mécanisme en cause - la sélection naturelle qui améliore l'adaptation de manière très dirigée - n'a rien à voir avec le hasard et ne peut pas être décrit par les probabilités.
La question est : Est-ce que le groupe de séquences A et le B (fonction et séquence totalement différentes) sont « reliables » par des séquences aussi utiles ? C’est à peu près la même question de départ. Passez du groupe A au groupe B est sensiblement la même chose que de passez du gène A au gène B.
J'ai déjà dit que j'étais d'accord avec cette affirmation.
Platecarpus : Et encore une fois, le thème du débat est l'évolution de nouvelles fonctions :
Julien : Je rappelle à votre mémoire que au départ, vous vous êtes opposé à mon calcul qui expose la probabilité qu’un nouveau gène apparaisse dans le génome d’une espèce (une bactérie par exemple). En prenant la bactérie, je mets toutes les chances de votre côté. Les bactéries doublent leur population aux 20 minutes, les mutations sont donc plus fréquentes. Si je n’avais pas raison, vous auriez fourni des exemples de bactéries ayant acquis des nouveaux gènes codant pour des organites nouveaux.
Il m'arrive parfois de me demander sérieusement où vous en êtes. Vous me parlez du génome d'une bactérie de façon "statique" - comme si on prenait un cliché de ce génome et qu'on l'examinait. Que les bactéries se reproduisent vite ou lentement (donc soient susceptibles d'évoluer dans des laps de temps très courts ou très longs) n'a strictement rien à voir avec votre argument. Vous ne mettez donc pas "toutes les chances de mon côté", vous ignorez purement et simplement les données.
Par ailleurs, vous écrivez : « Si je n'avais pas raison [toujours votre sens inné de la modestie], vous auriez fourni des exemples de bactéries ayant acquis de nouveaux gènes codant pour des organites nouveaux ». Or, dans ce débat, je n'ai fait que fournir des exemples de bactéries ayant acquis, par une série de mutations, de nouveaux gènes codant pour de nouvelles fonctions. Il y a eu la symbiose amibes-bactéries, les bactéries ayant acquis un nouveau complexe enzymatique complet (impliquant l'apparition de plusieurs nouveaux gènes) et les différentes expériences montrant un changement de fonction d'un gène (j'ai parlé d'une expérience où on a observé une molécule d'hémoglobine, normalement destinée à transporter le dioxygène, évoluer en réponse à des pressions sélectives pour métaboliser l'hydrogène sulfuré). Vous n'avez répondu à aucun d'entre eux.
--modified at Sat, Mar 01, 2003, 21:11:22