Effectivement, la notion d'espèce est très difficile à définir correctement. Il existe d'ailleurs plusieurs définitions fonctionnelles qui on leur avantages et défauts propres selon l'approche que l'on envisage. Je te réfère à http://www.talkorigins.org/faqs/faq-speciation.html (en anglais, section 2) et http://anthropologie.unige.ch/evolution/species.htm (en français), où c'est bien discuté.
Le problème en est que l'identification des espèces sont parfois évidentes, parfois non. Généralement en taxonomie, on commence par établir le plus de critères de ressemblance (anatomiques, génétiques, géographiques, éthologiques) possibles afin de voir si un individu X rentre dans un groupe taxonomique connu. On part du plus large (embranchement) vers le plus petit (espèce, sous-espèce, voir tribu). Si vraiment les différences sont trop grandes, on créé un nouveau taxon.
Généralement, l'espèce est définie dans la nature. Ce qui fait que deux individus qui peuvent se reproduire dans des conditions artificielles - zoos, cages, etc. -, ne le feront pas forcément dans la nature. Pour des causes diverse: séparation géographique, séparation comportementale (un oiseau qui vit toujours dans les cimes des arbres, ne se reproduira pas forcément avec un oiseau plus terrestre; un animal nocturne et un animal diurne).
Ca répond-y à ta question?
Jean-François
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