Julien: "Quelle étape peut ne pas fonctionner ?"
Dans le système observé, peut-être aucune? Mais, d'observer ce seul système ne permet aucune conclusion. La situation réelle en terme de variation de degrés d'association entre les plantes et les rhibozium est - évidemment - beaucoup plus complexe que ce que vous présentez (normal, dans un article on ne peut présenter tous les côtés d'un problème, et vous n'avez pas cherché plus loin parce que l'exemple vous satisfaisait ainsi). Il existe plusieurs plantes associées à des rhibozium et il existe différentes souches de bactéries (voir Debelle et al., 2001). De plus, les associations plantes-bactéries et/ou plantes-champignons ne sont pas si rares (Parniske M. (2000) Intracellular accommodation of microbes by plants: a common developmental program for symbiosis and disease? Curr Opin Plant Biol 3(4):320-8). Ce qui fait qu'une évolution par degré n'est pas impossible.
Votre exemple d'association symbiotique (dont je ne nie pas qu'il est impressionnant) ne représente qu'un degré évolutif particulièrement fini de ce type d'association. Pour prouver le contraire, il vous faudrait arrêter de focusser sur cette seule association et voir si des degrés moindres existent. Parce que s'ils existent, cela vous donnera les "étapes qui n'ont pas fonctionné" à un moment ou un autre. D'ailleurs, il semble que l'évolution de la nodulation soit mieux comprise que vous ne le pensiez: Gualtieri G, Bisseling T. (2000) The evolution of nodulation. Plant Mol Biol 42(1):181-94
"In this review we will first describe the different steps leading to nodule formation, and these will be compared with processes of non-symbiotic plant development and growth. In general, aspects of both actinorhizal as well as rhizobial symbiosis are described, but in several cases, the emphasis will be on the Rhizobium-legume symbiosis because more knowledge of this system is available. Subsequently, the phylogeny of nodulating plants is described and a comparison is made between several aspects of legume and actinorhizal nodulation. At the end of this paper the relationship between nodule symbiosis and endomycorrhizal symbiosis is described, and it is discussed to what extent the development of root nodules involves unique properties, or whether processes and genes have been recruited from common plant development and the endomycorrhizal symbiosis." J'ai aussi trouvé référence a: Broughton WJ, Perret X. (1999) Genealogy of legume-Rhizobium symbioses. Curr Opin Plant Biol 1999 Aug;2(4):305-11; Mergaert P, Van Montagu M, Holsters M (1997) Molecular mechanisms of Nod factor diversity. Mol Microbiol 1997 Sep;25(5):811-7.
Bref, toujours votre argumentation par l'ignorance: vous tentez de prendre des exemples sur lesquels on ne connait presque rien, et essayer de dire que puisqu'on n'a pas de solution, c'est forcément le créationnisme qui a raison. Comme si le créationnisme était la solution "par défaut"... mais c'est plutôt un défaut de solution.
Pour prendre une analogie: votre manière de raisonner est similaire à celle qui consisterait à prendre un couple, s'émerveiller de leur amour durable et dire qu'il est impossible que ces deux-là se soit rencontré par hasard parce qu'un tel amour est impossible, donc le Dieu de l'amour existe. C'est peut-être vrai quand on veut voir de la magie derrière toute chose, mais scientifiquement cela ne se défend pas.
Julien: "Rappelons aussi que l’azote *est nécessaire à toute forme de vie* et que seuls ces types de bactéries spécialisées réussissent à briser le lien de N2 pour le rendre assimilable par la plante"
Comment ce fait-il, alors, que votre Dieu-qui-ne-réinvente-pas-la-roue n'ait pas associé toutes les espèces de plantes (ou d'animaux, tiens) avec ces fameuses et indispensables bactéries? C'est joli les emphases stylistiques, mais c'est mieux quand ça sert à quelque chose.
Jean-François
Debelle F, Moulin L, Mangin B, Denarie J, Boivin C. (2001) Nod genes and Nod signals and the evolution of the Rhizobium legume symbiosis. Acta Biochim Pol 48(2):359-65
"The establishment of the nitrogen-fixing symbiosis between rhizobia and legumes requires an exchange of signals between the two partners. In response to flavonoids excreted by the host plant, rhizobia synthesize Nod factors (NFs) which elicit, at very low concentrations and in a specific manner, various symbiotic responses on the roots of the legume hosts. NFs from several rhizobial species have been characterized. They all are lipo-chitooligosaccharides, consisting of a backbone of generally four or five glucosamine residues N-acylated at the non-reducing end, and carrying various O-substituents. The N-acyl chain and the other substituents are important determinants of the rhizobial host specificity. A number of nodulation genes which specify the synthesis of NFs have been identified. All rhizobia, in spite of their diversity, possess conserved nodABC genes responsible for the synthesis of the N-acylated oligosaccharide core of NFs, which suggests that these genes are of a monophyletic origin. Other genes, the host specific nod genes, specify the substitutions of NFs. The central role of NFs and nod genes in the Rhizobium-legume symbiosis suggests that these factors could be used as molecular markers to study the evolution of this symbiosis. We have studied a number of NFs which are N-acylated by alpha,beta-unsaturated fatty acids. We found that the ability to synthesize such NFs does not correlate with taxonomic position of the rhizobia. However, all rhizobia that produce NFs such nodulate plants belonging to related tribes of legumes, the Trifolieae, Vicieae, and Galegeae, all of them being members of the so-called galegoid group. This suggests that the ability to recognize the NFs with alpha-beta-unsaturated fatty acids is limited to this group of legumes, and thus might have appeared only once in the course of legume evolution, in the galegoid phylum."
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