Imaginez alors que cette aile ait émergé par hasard, par une succession sans nombre de mutations fortuites, sur le dos des lézards, à travers des milliers de générations. D'abord il y a la petite bosse, juste au bon endroit - car l'aile doit se situer exactement au centre de gravité. Ensuite, cette bosse que voici se développe, sans plan ni prévision, uniquement sous la pression de la sélection naturelle qui favorise les mieux adaptés. Seulement, cette aile en voie de développement risque fort bien de constituer un inconvénient plus qu'un avantage - un bagage lourd à porter, mais inutile avant d'être complètement formé. En effet, il est très difficile d'imaginer les dizaines de milliers de générations de chaînons (qui sont effectivement manquants) qui auraient dû exister entre le reptile et l'oiseau.
Mais ce n'est pas la seule difficulté, car l'aile n'est qu'un élément parmi plusieurs. Il faut croire que tous les changements radicaux nécessaires au vol se font parallèlement, en même temps que l'aile grandit.

L'Archéoptéryx a bel et bien existé, mais l'examen des fossiles porte à croire que ses ailes étaient parfaitement formées, avec des plumes, et capables de vol. Il ne peut alors être considéré comme un chaînon entre reptile et oiseau ; c'est plutôt une espèce d'oiseau qui a disparu de la Terre.
Ainsi, une difficulté majeure, voire insurmontable, de la théorie générale de l'évolution est son incapacité d'expliquer la formation de nouveaux organes et structures. Darwin lui-même reconnaissait ce problème, car il a écrit : " Il semble absurde au possible, je le reconnais, de supposer que la sélection naturelle ait put former l'oeil... (7) " Il a eu raison d'être troublé, car l'oeil, comme tout autre organe important d'ailleurs, n'est pas un élément isolé dans le corps. Pour que l'oeil fonctionne, il est nécessaire que tout un réseau soit en place, comme pour une caméra de télévision hautement perfectionnée :
la partie " mécanique " de l'oeil, avec les muscles oculomoteurs qui assurent sa mobilité ; la cornée, l'iris, et le cristallin, qui constituent un système perfectionné de mise au point automatique ; pour n'en donner que quelques-uns...
la partie " photo-électrique ", avec, pour l'oeil humain, ses quelques 125 millions de cellules photo-électriques qui envoient leurs informations par le moyen de près de trois millions de circuits cellulaires appelés ganglions. Le film le plus sensible utilisé par les photographes a besoin de capter au moins 25 photons pour détecter de la lumière. Certains yeux arrivent à détecter un seul photon (8) .
toute la partie " électronique ", celle qui traite les signaux et les rend " visibles " pour nous. C'est cette partie de notre cerveau qui est tout aussi essentielle à la vision que l'oeil.
La difficulté consiste à faire évoluer séparément tous ces systèmes, mais en même temps et au bon endroit :
On peut imaginer qu'à l'origine, par variation brusque et fortuite, certaines cellules tégumentaires (cellules des tissus recouvrant le corps des animaux) devinrent photosensibles, photoréceptives et que leurs possesseurs supplantèrent les individus invariés. De nouvelles mutations firent apparaître de nouvelles parties qui s'ajustèrent exactement les unes aux autres. Mais le problème devient bien plus ardu quand on se représente que l'oeil résulte de l'évolution coordonnée de deux ébauches, l'une ectodermique (cornée, cristallin), l'autre nerveuse (rétine) et que le progrès de l'organe va de pair avec celui de l'encéphale. ...Il faut admettre que les mutations furent en si grand nombre et de nature si variée que parmi elles, parurent se trouver celles qui, précisément, étaient utiles. Mais encore fallut-il que la mutation nécessaire se présentât à point nommé (9).
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Les évolutionnistes citent l'homologie, ou la similitude de structures, comme l'une des meilleures preuves de la parenté des êtres vivants. Mais très souvent, cette même similitude devient assez embarrassante. D'abord, parce que tous reconnaissent que des organismes très différents peuvent posséder des structures presque identiques. C'est si courant que la science a donné un nom à ce phénomène : la convergence. Par exemple :
Les yeux de la pieuvre ressemblent beaucoup aux yeux humains, mais on ne les mettrait jamais dans la même branche évolutive.
Il y a parfois une ressemblance presque parfaite entre certains marsupiaux de l'Australie avec leurs homologues placentaires : structure du squelette, dents, crâne tellement proche que seul un expert peut les distinguer, mais personne ne les considère comme des parents proches (13) .
Le vol : Pour qu'un animal non-volant puisse acquérir cette capacité, il faudrait que presque toute sa structure soit modifiée par l'évolution. Et pourtant, selon cette théorie, cela est arrivé...non seulement une fois, pour les oiseaux, mais au moins dans quatre classes d'animaux distincts : les mammifères, tels que la chauve-souris, les insectes, les oiseaux, et même les reptiles, car nous possédons des fossiles de reptiles volants (14) .
De tels cas obligent l'évolutionniste à croire que le miracle des transformations complexes est arrivé non seulement une fois, mais à plusieurs reprises, et d'une manière semblable dans des organismes très différents.
L'homologie présente une autre difficulté pour la théorie de l'évolution, au niveau de l'ADN et des gènes. Si le squelette de tous les vertébrés a conservé " le même plan, la même structure fondamentale héritée d'un ancêtre commun (15) ", c'est parce que cet ancêtre leur a transmis les mêmes gènes. Ainsi, si deux animaux possèdent des structures homologues héritées d'un ancêtre commun, normalement cette similitude doit trouver son reflet dans les gènes des deux. Autrement dit, les gènes qui déterminent les structures homologues doivent eux-mêmes se ressembler, ou être homologues. Mais ce n'est pas le cas : ces gènes sont le plus souvent complètement différents, sauf dans le cas d'espèces très proches l'une de l'autre (16) .

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…..Cependant, trouver par hasard des mots plus longs, disons, de sept lettres comme English ou require, exigerait une recherche beaucoup plus longue. Il y a 267 combinaisons de sept lettres, environ huit milliards soit de l'ordre de 1010. Comme il y a certainement moins de dix mille mots anglais de sept lettres, il faudrait chercher dans une chaîne de caractères de l'ordre de cent mille unités pour en trouver un au hasard. Les mots de douze lettres comme construction ou unreasonable sont si rares qu'on n'en trouve qu'un par hasard dans une chaîne de 1014 lettres ; comme il y a environ 1014 minutes dans deux cents millions d'années, on peut imaginer le temps qu'il faudrait à un singe dactylographe pour taper accidentellement un mot anglais de douze lettres. [...]
Si trouver des mots par hasard pose problème, c'est surtout parce que l'espace de toutes les combinaisons de lettres possibles est immense et que l'écrasante majorité de ces combinaisons n'ont aucun sens. [...]
Bien entendu les phrases même les plus courtes sont encore plus rares, et la rareté des phrases longues est un défi à l'imagination..... (18)
Denton n'arrête pas là la discussion. Il montre ensuite qu'il est impossible de changer un mot d'une phrase au hasard sans transgresser les règles de grammaire qui exigent une combinaison rigoureuse non seulement de lettres, mais aussi de noms, de verbes, et ainsi de suite. Il arrive à la conclusion que toute phrase est un système complexe que le hasard ne peut ni formuler ni transformer. Puisque " le texte " génétique est gouverné par les mêmes principes que la langue écrite, il est difficile de ne pas arriver aux mêmes conclusions concernant l'ADN. Cette comparaison nous montre aussi pourquoi la mutation fortuite est presque toujours nocive à l'organisme. Car une mutation n'est autre que la substitution de " lettres " ou de " mots " dans le texte génétique. Un petit changement dans une phrase n'est pas invraisemblable. Mais toute transformation majeure, qu'il s'agisse d'une mutation isolée ou de plusieurs mutations accumulées, détruit immanquablement l'information que la phrase contient.
Le professeur Schützenberger est aussi convaincu de l'impossibilité de modification majeure dans le code génétique :
Une modification typographique d'un programme informatique ne change pas un peu le programme, elle l'annule purement et simplement. Il en va de même avec un numéro de téléphone. Si j'essaie d'appeler par téléphone un correspondant, il importe peu que je me trompe sur un, deux, trois ou huit chiffres de son numéro. [...] Il y a toute une grammaire de formation des protéines, en trois dimensions, que l'on connaît encore bien mal. Nous ne disposons d'aucune règle physico-chimique nous permettant de relier de manière intelligible les modifications typographiques à une structure biologique efficace (19).
Cette difficulté n'est pas une lacune mineure dans la théorie générale de l'évolution, elle sape sa fondation même.

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" Compte tenu de la richesse des archives fossiles actuelles, il est bien peu probable qu'une remise en cause de l'évolution puisse avoir lieu ! D'autant que l'on dispose de séries fossiles caractéristiques qu'il serait difficile de réfuter, en particulier celle qui concerne la classe des mammifères. "(1)
Cette assurance est loin d'être partagée par toute la communauté scientifique. En effet, nombreux sont les géologues et les paléontologues qui voient dans le l'étude des fossiles de graves difficultés pour la théorie darwinienne. De nouveau, il faut faire une distinction entre la micro-évolution et la macro-évolution. Il est incontestable que certains organismes ont subi des changements superficiels à travers les siècles passés (tandis que d'autres sont restés inchangés). Mais il n'est pas possible, par l'étude des fossiles, de montrer que toutes les espèces vivantes aujourd'hui ont des ancêtres communs. C'est une généralisation qui contredit plutôt ce que nous observons dans ces traces laissées dans les couches sédimentaires de notre planète.
A part quelques rares fossiles d'animaux pris dans les puits de bitume ou dans de la sève, presque tous les fossiles sont les restes d'animaux ensevelis brusquement dans d'épaisses couches de sédiment portées par les eaux, et si rapidement que la détérioration n'a pas pu avoir lieu. Par la suite, par un processus encore mal compris, les matières organiques ont été remplacées par les éléments inorganiques. Le professeur Felden a raison de parler de " la richesse des archives fossiles. " En effet, on nous dit que, quel que soit notre lieu de résidence dans le monde, nous pourrions trouver des fossiles dans un rayon de moins d'un kilomètre. On a répertorié jusqu'à présent près de 250 000 différentes espèces fossilisées(2) . Les fossiles représentent alors une source abondante de renseignements sur les formes de vie qui ont existé dans le passé.
C'est cette richesse même qui accentue un phénomène commun à toutes les couches sédimentaires : l'absence notoire des formes de transition importantes. On rencontre des opinions très divergentes concernant la validité de certains " chaînons manquants ", mais tous s'accordent pour dire que la grande majorité des classes, des ordres, et des familles apparaissent dans les strates fossilifères parfaitement formées, sans antécédent. En réalité, il ne s'agit pas de quelques "maillons" qui manqueraient dans la chaine évolutive, mais de grandes longueurs de chaines qui sont introuvables. Il suffit de voir ce que disent les paléontologues :
1. En ce qui concerne les couches cambriennes, qui sont généralement considérées comme les plus anciennes qui portent des fossiles multicellulaires :
Un des problèmes majeurs et non-résolus de la géologie et de l'évolution est la présence d'invertébrés marins à la fois diversifiés et multicellulaires dans les roches cambriennes de tous les continents, et leur absence dans les roches plus âgées.[...] Lorsque nous cherchons dans les roches précambriennes pour trouver les précurseurs de ces fossiles cambriens, ils ne sont pas là(3) .
Cette brusque apparition de la vie est souvent appelée une " explosion de vie " à cause des nombreuses espèces qu'on y trouve :
Lorsque la vie invertébrée apparaît pour la première fois dans les mers anciennes du Paléozoïque, elle est déjà divisée en pratiquement tous les groupes majeurs que nous connaissons aujourd'hui. Non seulement tous les grands phylums des invertébrés sont représentés, mais leurs principaux sous-groupes sont aussi présents en nombre important. Les Mollusques, par exemple : les représentants primitifs des Céphalopodes (le groupe comprenant les pieuvres et les calmars), des Bivalves (palourdes et huîtres) ou des Gastéropodes (escargots et limaces), etc. sont déjà fortement différenciés quand ils surgissent dans les gisements fossiles(4) .
2. En ce qui concerne les vertébrés :
Entre le Cambrien, d'où ils sont sans doute originaires, et l'Ordovicien, où nous trouvons pour la première fois des fossiles d'animaux ayant des caractères explicites de poissons, il y a un intervalle de près de 100 millions d'années que nous n'allons probablement jamais combler(5) .
Etant donné le grand fossé qui sépare les vertébrés des invertébrés, il faut croire que pendant 100 millions d'années des multitudes d'organismes mi-poisson/mi-invertébré ont existé et ont péri sans laisser la moindre trace. C'est possible, mais moins crédible que le récit de la création !
3. En ce qui concerne les mammifères :
L'événement le plus mystérieux de l'histoire de la vie sur terre est le changement du Mésozoïque (l'âge des reptiles) à l'âge des mammifères. C'est comme si le rideau descendait subitement sur la scène où tous les rôles importants étaient pris par les reptiles (et surtout les dinosaures, si nombreux et si variés) pourse lever immédiatement après pour révéler la même scène. Mais cette fois, les acteurs sont complètement différents : les dinosaures ne sont plus présents, d'autres reptiles sont des figurants peu importants, et tous les rôles importants sont confiés à des mammifères qui sont à peine mentionnés dans les actes précédents(6) .
Cet événement est mystérieux pour le Dr. Simpson parce qu'il est difficile de concevoir comment un changement si radical se serait produit sans laisser de trace. Il est impossible dans cette discussion de considérer en détail un sujet aussi vaste que la paléontologie. L'étude des fossiles autorise des différences honnêtes d'opinion. Mais les archives fossiles sont très décevantes pour ceux qui y cherchent un appui à la théorie générale de l'évolution.
L'absence presque totale de formes intermédiaires et ancestrales dans les gisements fossiles est aujourd'hui largement reconnue comme l'une de leurs caractéristiques les plus frappantes par beaucoup de paléontologues éminents(7) .
Darwin lui-même était très conscient de ce problème, car sa théorie exigeait l'existence d'une quantité innombrable de formes de transition, et il était troublé par leur absence :
Le nombre des formes intermédiaires constituant les chaînons de transition entre toutes les espèces vivantes et les espèces perdues a donc dû être infiniment grand ; or, si ma théorie est vraie, elles ont certainement vécu sur la Terre(8) .
Pourquoi donc chaque formation géologique, dans chacune des couches qui la composent, ne regorge-t-elle pas de ces formes intermédiaires ? La géologie ne révèle assurément pas une série organique si bien graduée, et c'est en cela, peut-être, que consiste l'objection la plus sérieuse qu'on puisse faire à ma théorie. Je crois que l'explication se trouve dans l'extrême insuffisance des documents géologiques(9) .
Darwin croyait alors que les recherches futures allaient apporter ce qui manquait dans les indices fossiles. Aujourd'hui on n'a plus cet espoir :
[...] L'expérience montre qu'il est possible que les intervalles qui séparent les plus grandes catégories ne soient jamais comblés par les fossiles. Beaucoup de discontinuités ont tendance à devenir de plus en plus abruptes à mesure que les collections augmentent(10) .
Dans les années 1970, certains biologistes dont Jay Gould, Niles Eldridge et Steven Stanley, sont arrivés à la conclusion que la théorie de variations lentes et régulières proposée par Darwin n'était plus tenable à la lumière des discontinuités. Ils ont alors proposé un raffinement à la théorie : la vie n'a pas évolué à une vitesse constante mais par à-coups. Selon cette théorie, appelée " équilibre ponctué ", L'histoire de la plupart des espèces fossilisées comporte deux aspects très différents de l'évolution graduelle :
1. Stase : La plupart des espèces ne montrent aucun changement directionnel pendant leur existence sur la terre. Elles apparaissent dans les documents fossiles avec la même apparence que lorsqu'elles disparaissent ; le changement morphologique est d'habitude limité et sans direction.
2. Apparition brusque : Dans toute région donnée, une espèce n'est pas produite graduellement par une transformation progressive de ses ancêtres ; elle apparaît soudainement et complètement formée(11) .
Le problème n'est pas pour autant résolu. Premièrement, les absences dans les archives fossiles sont particulièrement gênantes entre les grandes classes d'organismes où il faut imaginer des changements radicaux : l'apparition de la vie, l'explosion de la vie multicellulaire dans le Cambrien avec sa variété inouïe d'espèces ; l'apparition soudaine des vertébrés, des reptiles, des oiseaux, des mammifères. L'explication par l'équilibre ponctué peut peut-être satisfaire dans le cas de changements peu importants, mais reste complètement incapable d'expliquer l'absence des milliers de formes de transitions qui devraient exister entre les grands phylums.
A moins de croire aux miracles, ces grandes discontinuités ne peuvent tout simplement pas avoir été franchies rapidement (à l'échelle géologique) par le biais d'une ou deux espèces de transition occupant des zones géographiques peu étendues. [...] La supposition frise l'incroyable !(12)

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