Oui, je sais. Si vous alignez les séquences de gènes d'un organisme, vous pourrez avoir un tableau de ce genre. Par contre, je ne sais pas si celui que vous me proposez est réel ou inventé - mais en fait, peu importe. Considérons qu'il est réaliste et passons. Ma critique ne s'adressait évidemment pas aux séquences elles-mêmes, mais aux hypothèses que vous formulez à leur sujet. Elles sont parfaitement gratuites, comme je l'ai expliqué dans mon précédent message.
P : « Vous supposez que ce sont les 6 seules séquences utiles sur 262 144, mais rien ne justifie cette affirmation. » J : Rien ? Est-ce que votre petit jeu consiste à me faire répéter jusqu’à ce que je me fatigue ? Depuis un bon moment, nous nous sommes mis d’accord sur au moins deux choses : 1) le nombre de séquences « utiles » pour une bactérie, disons, est limité. Mon estimation conservatrice : 10E20. Est-elle raisonnable, justifiable ? Je vous répondais ici : https://forum-sceptique.com/archives/43701.html#43701
2) le nombre de séquences est infini pour un gène de 1000 bases : 10E600
Mais bien sûr, je suis d'accord avec ces deux points (même si je maintiens que votre estimation tape un peu au hasard dans l'ensemble des nombreux chiffres possibles. Ceci dit, comme elle n'est pas absurde, il n'est pas utile de s'attarder là-dessus : d'ailleurs, dans tous mes messages, je suis parti du principe, pour la suite de la discussion, que ce nombre était exact). Au passage, comme je me doutais un peu que vous répondriez en rappelant le faible ratio séquences utiles/séquences possibles, j'avais déjà répondu par avance à ce contre-argument dans mon https://forum-sceptique.com/archives/43862.html#43862 : « Le fait que le nombre de séquences potentiellement utiles soient limité ne permet évidemment pas de soutenir cette idée. Il faudrait avoir cartographié l'ensemble des séquences génétiques possibles et montré que les séquences utiles ne sont pas réunies en une seule masse. »
Ce à quoi vous répondez :
C’est déjà prouvé : Chez les bactéries les plus simples qui existent (600 à 700 gènes) les gènes présents sont des séquences de 300 à 4000 bases. Si vous prenez disons les gènes de 300 à 400 bases, ce qui donne des protéines de 100 à 130 acides aminées, il n’existe pas de similitude entre les différentes protéines codées tant au niveau de la séquence qu’au niveau de la fréquence des acides aminées d’une protéine à l’autre.
Encore une fois, ce n'est pas vrai de toutes les protéines. C'est même dans de nombreux cas parfaitement faux. Ceci dit, comme j'ai déjà expliqué ce point en détails (à l'aide d'exemples concrets) et que votre affirmation reste vraie pour au moins une partie des cas, je ne pense pas qu'il soit utile de me répéter à ce sujet.
Donc, partons du principe que certains protéines réelles ne sont pas similaires. Le problème, c'est que cela ne signifie strictement rien des intermédiaires entre elles, est-ce clair ? Il n'existe aucun intermédiaire vivant entre reptiles et mammifères (les monotrèmes, comme l'ornithorynque, sont un cas limite : c'est une branche de mammifères qui s'est détachée très tôt du reste du tronc, et qui n'a gardé qu'un seul caractère reptilien, la ponte des oeufs). Et pourtant, ces intermédiaires ont existé et étaient viables.
La biosphère actuelle n'est donc pas une bonne image de l'ensemble des créatures viables possibles. Elle en est une version tellement déformée et limitée qu'elle ne permet pas de juger de la "qualité" des intermédiaires possibles. La même chose est vraie du génome bactérien : l'ensemble de toutes les protéines potentiellement utiles est largement suffisant pour contenir tous les gènes réels et les intermédiaires entre eux. Pour démontrer que les intermédiaires ne sont pas viables, je vous ai déjà expliqué ce qu'il fallait faire : nous donner un cas de complexité irréductible. En avez-vous un ?
Les gènes de ces petits organismes ne dérivent alors pas les uns des autres. Ils ont été « placés » là indépendamment les uns des autres. Pour que le gène A « donne naissance » par mutation au gène B, complètement différent, il aurait dû passer par des stades inutiles.
Encore une fois, vous n'avez pas testé un seul de ces stades. Rien ne démontre qu'ils sont inutiles.
Si l’évolution était à l’origine du matériel génétique, tous les gènes existants seraient à 90% identiques.
Pas du tout. J'ai démontré pourquoi à . L'évolution, en déplaçant les séquences dans "l'espace protéique" des 10E20 (disons) séquences utiles, peut tout à fait engendrer des gènes qui sont loin d'être à 90 % identiques.
Dans un « océan » de possibilités infinies, pour pouvoir relier 10E15 séquences de fonctions différentes, il faut que les 10E20 séquences utiles (incluant variantes) soient concentrées en un point précis. Sinon, les variantes avantageuses ou neutres (les « ponts ») ne peuvent atteindre aucune autre séquence/fonction « utile ».
Pas du tout. 10E20, c'est largement assez pour contenir un nombre significatif de séquences utiles différentes et au moins assez d'intermédiaires entre elles pour passer de l'une à l'autre.
Au passage, je rappelle qu'il existe un "espace protéique" des séquences utiles distinct pour chaque couple "organisme+environnement". Evidemment, comme les organismes et les environnements sont tous deux en perpétuelle transformation, l'espace protéique l'est aussi. Ainsi, des séquences inutiles aujourd'hui ont pu ne pas l'être dans le passé. Ca n'a rien d'une supposition ad hoc : c'est une conséquence logique des données géologiques (les environnements sont en perpétuelle transformation) et biologiques (quand on observe les organismes au niveau spécifique, morphologique et génétique, on constate qu'ils ne sont pas stables et se transforment en permanence ; quand on regarde les archives fossiles, on constate que les êtres vivants n'ont pas toujours été les mêmes).
Autrement dit, vos calculs sont de sympathiques abstractions, qui démontrent élégamment des théorèmes sans objet au sein d'une biologie imaginaire. Dans la réalité, rien ne laisse supposer que les gènes n'ont pas pu évoluer. Les données laissent même penser le contraire.
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