J : Premièrement, c’est JF qui a parlé au départ de l’hémoglobine différente chez plusieurs espèces mais accomplissant la même fonction. Deuxièmement, dès que vous parlez de DIFFÉRENTES espèces, vous êtes hors contexte (ce que vous faites dans VOTRE exemple). Ça fait plusieurs fois que je rappelle que mon calcul s’applique à l’apparition d’une nouvelle fonction dans UNE espèce spécifique (je prends les bactéries les moins complexes à titre d’exemple.)
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P : « L'exemple de l'hémoglobine visait à prouver un point bien précis : une série de mutations canalisées par la sélection naturelle permet d'apporter un changement de fonction, »
J : Malheureusement pour vous, il ne suffit pas de lancer en l’air un fait pour appuyer une théorie, il faut faire les liens. Vous prenez à priori pour vrai que les espèces ont dérivé les unes des autres et vous concluez que si l’hémoglobine sert à différentes fonctions chez différentes espèces, c’est qu’elle a muté à partir d’une « protéine ancestrale » pour acquérir ces nouvelles fonctions. Vous avez le droit d’y croire mais il vous faut comprendre que c’est l’évolution qui fait le lien entre le fait et la théorie, ce qui est inacceptable en science.
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J : Combien de fois faut-il répéter avec vous ? 10 fois ?? Je prends l’exemple d’une bactérie « peu complexe ». Dans ce génome, les protéines codées (environ 600-700) varient (presque uniformément) entre 100 et 1000 acides aminées. Les séquences ne présentent pas la similitude dont vous parlez. Ce que vous énoncez, est l’exception plutôt que la règle. Même si 10 protéines étaient très semblables, ça n’expliquerait pas l’origine des 690 autres.
P : Vous avez une référence affirmant qu'il n'existe pas de familles de gènes chez les bactéries ?
J : Je ne l’ai pas nier, vous ne savez pas lire ou quoi ? « Même si 10 protéines étaient très semblables, ça n’expliquerait pas l’origine des 690 autres. »
Vous refusez de regarder le problème dans son ensemble. Vous vous concentrez sur qq ressemblances et refusez de voir le génome global.
En fait, même les protéines qui peuvent être regroupées ne le sont pas sur la base de ressemblances dans la séquence mais sur la base des types de réactions qu’elles catalysent (pour les enzymes). Certaines catalysent des réactions d’oxydo-réduction, de transferts de groupe, d’hydrolyse, …
Ensuite, l’exemple assez précis des bactéries les moins complexes (Mycoplasma) démontre une divergence profonde dans la longueur des séquences (différence visible « à l’œil ») ainsi qu’au niveau des fréquences et de l’ordre des acides aminées. Donc, même si vous affirmez gratuitement que :
« Et cette possibilité de regrouper les gènes en familles est la règle, pas l'exception. »
Il reste que la divergence profonde est la règle dans l’exemple précis que je donne.
« La composition en acides aminées d’un grand nombre de protéines est connue et on y a remarqué de profondes divergences, témoin du potentiel de variance énorme que permet le jeu des combinaisons des 20 acides aminées. »
Horton, Moran, Ochs, Rawn, Scrimgeour, « Principes de biochimie » (1993) p. 3.18.
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P : Pour me prouver ce que vous avancez, il faut me donner un exemple de complexité irréductible, encore une fois. Ca ne devrait pas être difficile, étant donné que, d'après ce que vous affirmez, les différentes fonctions ne peuvent pas être reliées - de tels exemples devraient donc abonder.
J : Puisqu’on ne connaît pas les séquences hypothétiques qui pourraient s’avérer utiles pour un organisme de 700 gènes (disons), impossible de dire si les 100 intermédiaires (disons) pour passer du gènes X au gènes Y sont tous « utiles ». Par contre, on peut estimer la probabilité que ces intermédiaires le soit TOUS en tenant compte du nombre de séquences « utiles » estimé (10E20, ultra-généreux) et du nombre de séquences possibles (10E600, nombre exact).
Ça serait un hasard miraculeux de pouvoir relier le gène X et le gène Y par 100 mutations avantageuses dans l’océan des 10E600 possibilités. Si une telle « relation » existe effectivement, elle serait une exception à la règle et ne pourrait pas expliquer la provenance des 698 autres gènes.
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J : D’ailleurs, il demeure PARFAITEMENT clair en biologie qu’un gène ne peut pas muter énormément sans perdre sa fonction où devenir néfaste.
P : Vous avez une référence à ce sujet ? C'est exactement le contraire de ce qu'on a observé lors de nombreuses expériences.
J : Votre croyance vous rend ridicule au point d’essayer de négocier les bases de la biologie ! On aura tout vu avec vous. Vous avez le don de prendre des exceptions et les extrapoler en règle biologique. Les mutations sont 10000 fois plus souvent néfastes qu’utiles. Donc, règle générale, un unique gène ne peut pas subir un paquet de mutations et accomplir la même fonction. La substitution d’une seule base peut affecter significativement la structure tridimensionnelle d’une protéine et donc, son potentiel réactif. De plus, les enzymes sont très spécifiques envers les réactifs (substrats) avec lesquels ils réagissent. Pourquoi est-il nécessaire de vous faire un dessin pour vous faire comprendre qu’on ne peut alors pas passer d’un gène à l’autre (avec 75% ou plus de différence dans la séquence) en passant par des stades fonctionnels.
Continuez à jouer avec les exceptions tirées par les cheveux mais ça ne vous avance à rien. L’édifice de la biochimie et mon calcul reste des réalités bien établies.
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P : Encore une pure spéculation. Par ailleurs, la théorie de l'évolution n'implique pas que les 10E20 séquences utiles soient reliées, mais seulement que 10E8
J : Savez vous combien d’ensembles de 10E8 séquences choisies parmi 10E600 il existe ? De ce nombre, une fraction relativement imperceptible répondra au critère « les séquences sont reliées de façon à pouvoir passer d’une à l’autre par une séquence de l’ensemble ».
Votre fuite vous mène à pire encore !
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P : Ensuite, vous me proposez de nouveau l'exemple des six séquences utiles. J'y ai déjà répondu
J : Ouais, mais vous avez répondu quoi ? Que les intermédiaires entre les séquences « utiles » étaient peut-être « utiles » alors que j’avais fixé les 6 séquences « utiles » aux fins de l’exemple pour vous démontrer de façon concrète (à petite échelle) qu’un ratio faible de séquences utiles/potentielles implique que les séquences « utiles » ne sont pas reliées à moins d’un hasard extraordinaire qui se traduirait de toute façon par des séquences « utiles » très très similaires, ce qui est contraire à la règle générale observée.
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