Oui, et alors ? JF a le droit de citer une molécule pour une raison précise et moi pour une autre (en l'occurrence, nous avons présenté des particularités totalement différentes de l'hémoglobine). Vous m'avez répondu comme si j'avais dit exactement la même chose que Jean-François, alors que ce n'est pas le cas. Donc soit vous avez lu mon message en diagonale, soit vous avez complètement oublié son contenu en moins d'une semaine, soit vous nous avez confondu l'un avec l'autre.
En tous les cas, votre phrase (qui s'appliquait soi-disant à mon exemple) "répondait" en réalité à l'argument de Jean-François et pas du tout au mien.
Deuxièmement, dès que vous parlez de DIFFÉRENTES espèces, vous êtes hors contexte (ce que vous faites dans VOTRE exemple). Ça fait plusieurs fois que je rappelle que mon calcul s’applique à l’apparition d’une nouvelle fonction dans UNE espèce spécifique (je prends les bactéries les moins complexes à titre d’exemple.)
Tiens, faisons une petite comparaison. Voilà le passage de mon message que vous citez pour me répondre :
« Mon exemple était celui de l'hémoglobine identique entre différents invertébrés et accomplissant des fonctions très différentes. » ( https://www.sceptiques.qc.ca/anyboard/anyboard.cgi/forum/?cmd=get&cG=44168&zu=44168">https://www.sceptiques.qc.ca/anyboard/anyboard.cgi/forum/?cmd=get&cG=44168&zu=44168">https://www.sceptiques.qc.ca/anyboard/anyboard.cgi/forum/?cmd=get&cG=44168&zu=44168">https://www.sceptiques.qc.ca/anyboard/anyboard.cgi/forum/?cmd=get&cG=44168&zu=44168">https://www.sceptiques.qc.ca/anyboard/anyboard.cgi/forum/?cmd=get&cG=44168&zu=44168">https://www.sceptiques.qc.ca/anyboard/anyboard.cgi/forum/?cmd=get&cG=44168&zu=44168">https://www.sceptiques.qc.ca/anyboard/anyboard.cgi/forum/?cmd=get&cG=44168&zu=44168 )
Et voilà le passage complet :
« Mon exemple était celui de l'hémoglobine identique entre différents invertébrés et accomplissant des fonctions très différentes. J'offrais même une référence sur une expérience de laboratoire où on a observé un changement de fonction spontané (par mutations) de cette molécule. C'est à dire pile le phénomène dont vous proclamez l'impossibilité ! » (le passage souligné est celui qui a été supprimé dans votre citation) ( https://forum-sceptique.com/archives/44098.html#44098">https://forum-sceptique.com/archives/44098.html#44098">https://forum-sceptique.com/archives/44098.html#44098">https://forum-sceptique.com/archives/44098.html#44098">https://forum-sceptique.com/archives/44098.html#44098">https://forum-sceptique.com/posts/44098.html#44098">https://forum-sceptique.com/posts/44098.html#44098 )
Il est bien évident que cette expérience a été faite sur une même espèce. Par conséquent, mon exemple de l'hémoglobine n'était pas du tout hors sujet. Vous avez donc décontextualisé mes propos pour pouvoir porter à leur encontre une accusation qui n'était pas justifiée.
Malheureusement pour vous, il ne suffit pas de lancer en l’air un fait pour appuyer une théorie
Ah, tiens, elle est nouvelle, celle-là. Pour appuyer une théorie, il ne suffit pas de citer un fait qui plaide en sa faveur. Il faut sans doute aussi qu'elle corresponde aux préjugés de fondamentalistes religieux (qui, je m'empresse de le préciser, ne doivent évidemment pas être confondus avec l'immense majorité des croyants qui ne voient à raison pas de contradiction entre leur foi et les acquis de la science), c'est ça ? Vu ce que vous appelez une théorie scientifique, il n'est pas étonnant que vous continuez à réclamer un retour en arrière de 150 ans dont aucun biologiste ne voudrait.
...il faut faire les liens. Vous prenez à priori pour vrai que les espèces ont dérivé les unes des autres et vous concluez que si l’hémoglobine sert à différentes fonctions chez différentes espèces, c’est qu’elle a muté à partir d’une « protéine ancestrale » pour acquérir ces nouvelles fonctions. Vous avez le droit d’y croire mais il vous faut comprendre que c’est l’évolution qui fait le lien entre le fait et la théorie, ce qui est inacceptable en science.
Vous avez l'art d'inverser les causalités. Je pars du principe que quelques mutations sur une même molécule suffisent à la faire changer de fonction (ce qui est prouvé par le fait que de légères variantes de cette molécule accomplissent des fonctions différentes ches différents êtres vivants) pour en conclure que l'évolution est tout à fait valable. C'est une manière de raisonner parfaitement scientifique.
Au passage, le raisonnement que vous m'attribuez est plus que tordu. Je partirais du principe que l'évolution a eu lieu, pour en conclure que si l'hémoglobine accomplit différentes fonctions chez différents êtres vivants, donc elle a muté, donc les mutations permettant des changements de fonction sont possibles, donc l'évolution a eu lieu ? Amusant, mais peu réaliste. Vous n'avez pas remarqué que le raisonnement se tient toujours en enlevant la prémisse "l'évolution a eu lieu" ?
Je ne l’ai pas nier [sic] [l'existence de familles de gènes chez les bactéries], vous ne savez pas lire ou quoi ? « Même si 10 protéines étaient très semblables, ça n’expliquerait pas l’origine des 690 autres. »
Vous savez, que l'imparfait a une valeur d'hypothèse, en français. Quand j'écris "si la Terre était cubique", "si le créationnisme était une théorie scientifique", "si Monsieur Dupont était l'auteur du crime", cela implique que la phrase en question est fausse ou, dans le meilleur des cas, qu'il s'agit d'une pure spéculation dont on ignore si elle est vraie. Votre phrase était donc mal formulée (elle posait l'existence de familles de gènes en hypothèse invérifiable bien plus qu'en donnée confirmée). C'est pourquoi j'ai probablement mal interprété ce que vous vouliez dire.
Ceci dit, je constate qu'au moins maintenant, nous sommes d'accord sur ce fait (que vous l'ayez nié ou non au départ) : inutile donc de continuer une simple querelle de mots.
Vous refusez de regarder le problème dans son ensemble. Vous vous concentrez sur qq ressemblances et refusez de voir le génome global.
En fait, même les protéines qui peuvent être regroupées ne le sont pas sur la base de ressemblances dans la séquence mais sur la base des types de réactions qu’elles catalysent (pour les enzymes). Certaines catalysent des réactions d’oxydo-réduction, de transferts de groupe, d’hydrolyse, …
Pas du tout. Vous pouvez les regrouper sur la base des deux critères : soit les fonctions, soit les ressemblances entre séquences. La notion de famille de gènes renvoie plus au second mode de classification qu'au premier.
Ensuite, l’exemple assez précis des bactéries les moins complexes (Mycoplasma) démontre une divergence profonde dans la longueur des séquences (différence visible « à l’œil ») ainsi qu’au niveau des fréquences et de l’ordre des acides aminées. Donc, même si vous affirmez gratuitement que :
« Et cette possibilité de regrouper les gènes en familles est la règle, pas l'exception. »
Il reste que la divergence profonde est la règle dans l’exemple précis que je donne.
J'ai déjà expliqué au moins cinq fois ce qu'il en était : on peut regrouper les gènes en familles. Ceci dit, si vous prenez deux gènes au hasard, il y a une faible probabilité pour qu'ils appartiennent à la même famille. J'ai reconnu explicitement qu'il existait une forte divergence entre certains gènes.
Platecarpus : Pour me prouver ce que vous avancez, il faut me donner un exemple de complexité irréductible, encore une fois. Ca ne devrait pas être difficile, étant donné que, d'après ce que vous affirmez, les différentes fonctions ne peuvent pas être reliées - de tels exemples devraient donc abonder.
Julien : Puisqu’on ne connaît pas les séquences hypothétiques qui pourraient s’avérer utiles pour un organisme de 700 gènes (disons), impossible de dire si les 100 intermédiaires (disons) pour passer du gènes X au gènes Y sont tous « utiles ». Par contre, on peut estimer la probabilité que ces intermédiaires le soit TOUS en tenant compte du nombre de séquences « utiles » estimé (10E20, ultra-généreux) et du nombre de séquences possibles (10E600, nombre exact).
Oui, c'est à peu près aussi logique que d'estimer la probabilité que la bille tombe vers le haut à 1/2 dans l'exemple de Jean-François. Le nombre de séquences utiles et celui des séquences possibles ne sont pas des données suffisantes pour savoir si les intermédiaires sont utiles, est-ce clair ? Ce sont des données nécessaires à l'analyse du problème, ça ne fait pas de doute. Mais elles ne suffisent pas pour savoir si les séquences utiles sont distribuées aléatoirement dans l'ensemble des 10E600 séquences possibles ou bien si une partie d'entre elles (ne seraient-ce que 0,0000000001 %) sont reliées. Pour ça, il faut faire appel aux données biologiques que sont l'existence de familles de gènes, les expériences de sélection artificielle, les fossiles transitoires et les exemples de formation d'espèces ainsi que d'adaptation d'espèces à leur environnement dans la nature. Toutes ces données mènent à la conclusion que non, la distribution des 10E20 séquences utiles n'est pas totalement aléatoire - ce qui après tout était logique : quand une séquence est utile, elle a une bonne raison (biochimique) de l'être (ce n'est pas par hasard).
Ça serait un hasard miraculeux de pouvoir relier le gène X et le gène Y par 100 mutations avantageuses dans l’océan des 10E600 possibilités. Si une telle « relation » existe effectivement, elle serait une exception à la règle et ne pourrait pas expliquer la provenance des 698 autres gènes.
Encore une fois, vous partez du principe erroné d'une distribution uniforme des 10E20 séquences utiles dans l'océan des 10E600 séquences possibles. C'est une supposition gratuite que rien ne justifie (j'ai déjà démontré pourquoi une grande diversité des gènes connus - même une diversité beaucoup plus grande que la diversité réelle - serait tout à fait compatible avec l'idée d'une distribution non-aléatoire, où tous les gènes utiles seraient regroupés en un seul "nuage" dans l'espace des possibilités, voir https://forum-sceptique.com/posts/44033.html#44033">https://forum-sceptique.com/posts/44033.html#44033">https://forum-sceptique.com/posts/44033.html#44033">https://forum-sceptique.com/posts/44033.html#44033">https://forum-sceptique.com/posts/44033.html#44033">https://forum-sceptique.com/posts/44033.html#44033">https://forum-sceptique.com/posts/44033.html#44033 ).
Vous ne parvenez donc à donner un semblant de crédibilité à votre proposition qu'en faisant abstraction des données biologiques et en introduisant implicitement une prémisse (la distribution aléatoire des séquences utiles) qui n'est non seulement pas justifiée mais qui, en plus, est fausse.
Julien : D’ailleurs, il demeure PARFAITEMENT clair en biologie qu’un gène ne peut pas muter énormément sans perdre sa fonction où devenir néfaste.
Platecarpus : Vous avez une référence à ce sujet ? C'est exactement le contraire de ce qu'on a observé lors de nombreuses expériences.
Julien : Votre croyance vous rend ridicule au point d’essayer de négocier les bases de la biologie ! On aura tout vu avec vous.
Tiens, ça faisait longtemps que vous n'aviez pas utilisé l'échappatoire rhétorique : "mais voyons, c'est une base de la biologie ! Je n'ai pas à citer de référence pour la justifier !" (arguement d'autant moins recevable que plus une donnée est basique, plus les publications la citant abondent ; un simple manuel niveau lycée devrait suffire).
Heureusement pour la biologie, ses bases ne sont pas celles que vous voulez lui attribuer. Sinon, elle ne tiendrait pas longtemps.
Vous avez le don de prendre des exceptions et les extrapoler en règle biologique. Les mutations sont 10000 fois plus souvent néfastes qu’utiles. Donc, règle générale, un unique gène ne peut pas subir un paquet de mutations et accomplir la même fonction.
Toujours en contradiction avec les observations, mais passons. Les mutations sont utiles une fois sur 10 000. Le reste du temps, elles ne sont pas systématiquement néfastes, mais le plus souvent neutres.
La substitution d’une seule base peut affecter significativement la structure tridimensionnelle d’une protéine et donc, son potentiel réactif. De plus, les enzymes sont très spécifiques envers les réactifs (substrats) avec lesquels ils réagissent. Pourquoi est-il nécessaire de vous faire un dessin pour vous faire comprendre qu’on ne peut alors pas passer d’un gène à l’autre (avec 75% ou plus de différence dans la séquence) en passant par des stades fonctionnels.
Oui, il arrive que de petites mutations altèrent significativement la propriété chimique d'une protéine, et alors ? Le plus souvent, une petite mutation n'altère pas du tout la propriété en question. Le reste du temps, elle l'altère un peu (les petites mutations ont généralement de petits effets, quand ils ne sont pas nuls). Je ne vois décidément pas pourquoi une accumulation de petits changements ne devrait pas conduire à un grand changement (surtout si on sait que pour pouvoir s'accumuler, tous ces petits changements doivent être fonctionnels).
Continuez à jouer avec les exceptions tirées par les cheveux mais ça ne vous avance à rien. L’édifice de la biochimie et mon calcul reste des réalités bien établies.
Des exceptions tirées par les cheveux ! Donc, maintenant - nouvel argument - les données concrètes sont "tirées par les cheveux" et les calculs bidons des créationnistes (qui ne s'appuient sur aucune donnée vérifiable) sont des "réalités bien établies".
Quant à l'édifice de la biochimie, vous ne savez pas qu'il repose tout entier sur l'évolution ? Ôtez les bases de l'évolution, et la biochimie s'effondrera aussi sûrement que si vous enleviez les lois de la physique. L'évolution des systèmes biochimiques est souvent nécessaire à leur compréhension (vous ne pouvez pas comprendre pourquoi les gènes mitochondriaux sont séparés des gènes nucléaires - ce qui n'est le cas d'aucun autre organite à une seule exception près, les chloroplastes - si vous ne faites pas référence à l'origine des mitochondries). Votre affirmation d'être cohérent avec la biochimie (comme si les biochimistes étaient plus nombreux du côté "création" que du côté "évolution") est donc parfaitement exagérée.
J : Savez vous combien d’ensembles de 10E8 séquences choisies parmi 10E600 il existe ? De ce nombre, une fraction relativement imperceptible répondra au critère « les séquences sont reliées de façon à pouvoir passer d’une à l’autre par une séquence de l’ensemble ».
Aucun rapport avec le problème. Le nombre 10E8 a précisément été obtenu en calculant le nombre des séquences reliées les unes aux autres nécessaire à l'évolution des plus gros génomes connus. Vous me répondez en disant : "Oui, mais de tous les ensembles possibles de 10E8 séquences connues, seule une infime partie contient des séquences reliées" ! C'est exact, mais ça n'a strictement rien à voir. Les 10E8 séquences proposées forment un ensemble de séquences intermédiaires. Elles sont donc par définition reliées les unes aux autres.
--modified at Tue, Feb 04, 2003, 15:22:50
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